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    ICML 2024 | MolCRAFT:连续参数空间中基于结构的药物设计

    今天为大家介绍的是来自清华大学的周浩团队的一篇论文。近年来,用于基于结构的药物设计(SBDD)的生成模型显示出令人鼓舞的结果。现有的工作主要集中在如何生成具有更高结合亲和力的分子,忽略了生成的3D构象的可行性前提,从而导致假阳性。作者对在SBDD中应用自回归方法和扩散方法时出现的不良构象问题的关键因素进行了深入研究,包括模式崩溃和混合连续离散空间。在本文中,作者介绍了MolCRAFT,这是第一个在连续参数空间中运行的SBDD模型,并结合了一种新颖的降噪采样策略。实证结果表明,作者的模型在结合亲和力和更稳定的3D结构方面始终表现优异,证明了模型准确建模原子间相互作用的能力。据作者所知,MolCRAFT是第一个在相似分子尺寸下实现参考级Vina评分(-6.59 kcal/mol)的模型,较其他强基线模型大幅领先(-0.84 kcal/mol)。代码可在以下网址获得:https://github.com/AlgoMole/MolCRAFT。

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