Mozilla Firefox(简称Firefox,火狐)是由非营利组织 Mozilla开发的免费开源的Web浏览器,在 21 世纪初问世,是一款速度更快、设计更好的网页浏览器,目前用于Windows,macOS,Linux等主流操作系统。
在之前的文章『如何让PubMed自动显示最新影响因子并一键免费下载文献!』中,科研小助手为大家介绍了一款PubMed的插件PubMedy,可惜这个只支持Chrome以及Chrome内核的浏览器,对于F
最近正好在整理自己课题的知识点。不同的期刊、影响因子对应的文章,其实验设计也是差的挺远的。
Pubmed作为生物医药研究者最常用的免费文摘数据库,素有检索江湖上的泰山北斗之称,用好Pubmed,其他一切pubmed镜像网站都是浮云。
EasyPubMed插件能快速查询不同文献库的数据,第一时间了解各大期刊的论文动态,并且获取杂志的影响因子等数据,根据关键字、单位等信息快速筛选所需内容,还能对文本进行快速翻译,极大提升了科研人员的学术研究效率,有兴趣的小伙伴快来下载体验吧!
可能是因为大家(包括我自己)习惯了老版本pubmed的搜索界面和各种插件的帮助,好多人都是沿用旧版本,直到其最终下架。
Scholarscope是国内开发的一款浏览器插件,主要解决文献影响因子显示的问题。它能自动加载 PubMed 期刊的影响因子,帮助用户筛选更为优质的文献;此外还有一些其他的好用功能,如查看杂志的分区、导出Endnote引用格式的文本、添加文献下载链接,在校外也能一键下载文献(基于Sci-Hub)等。
An updated version of PubMed is now available. Come see the new improvements to the interface!
今天我们就以小白的课题——自噬 (Autophagy) 为例,给大家展示一波。这个时候给大家隆重介绍我们的——PubMed。
如果你非要用狗哥,可以试试他的镜像,比如这个网站上的Guidebook | 让工作学习生活更高效![1]:
很多人在看外文文献时,苦于无法下载全文,而pubmed、sci-hub在国内又经常挂机,需要一个稳定的文献获取工具。今天给大家介绍GeenMedical
其实我自己是没有特别多的抓取文献的需求的。最近正好在捯饬[[22-用researchrabbit联动zotero打造文献一条龙]],就来复习一下。
从官网可以下载到适配不同浏览器的 scholarscope插件:http://blog.scholarscope.online,非常详细,一看就会。
作为火狐浏览器(Firefox)的忠实粉丝兼科研爱好者,米老鼠当然不会放过在火狐里寻找能够辅助科研的各种小工具了,今天就和大家分享一款特别实用的火狐插件“Scholarscope”,中文翻译为学术探索,听名字是不是就很霸气?当然它的功能更霸气,它可以直接在PubMed里显示SCI杂志的影响因子,可以直接给出文献的Sci-Hub链接,让你随时随地享受高效而舒适的科研生活。话不多说,咱们赶快来一起学习一下吧!
在个人浏览器的使用上,一直在使用谷歌浏览器。主要原因还是在于很多开发者基于谷歌浏览器开发了很多辅助工作的插件,这些插件可以提高我们在科研检索的时候的效率。今天就来给大家推荐几个谷歌浏览器的插件吧!
Web: https://www.scholarscope.cn/index.html
从学术网站浏览到文献阅读下载,再到文章润色纠错,可以说是豪华全家桶科研套餐,让你的Chrome秒变科研神器!
今天学习了一些关于 R 爬虫的知识,后续会陆续写一些笔记,当然对于爬虫有更好的一些工具来进行爬取数据,作为入门小白,我自己先从 R 语言尝试开始吧。
如何快速查找指定基因的调控网络介绍了使用在线查询数据库 (http://evexdb.org/)对PubMed和PubMed Central中发表文章的摘要和全文为依据进行文本挖掘探寻基因直接可能的相互作用的工具。反响很好,但现在网站似乎出了点问题,获得的相互作用细节信息不能展开了(推测可能是使用的JS库无法加载)。有朋友留言推荐 Cytoscape literature search,一个存在历史挺久的Cytoscape插件,通过给定关键字搜索文献,并且基于搜索结果构建互作网络,帮助研究者快速搜索和提取基
尤为重要的是随着单细胞转录组的流行,它附带的大量数据的探索和展示也开始需要独立的网页工具,也就是说一篇单细胞文章就得开发一个网页工具。而网页工具的开发其实是一门比较专业的技术,底层三剑客包括:html, js, css, 超出了咱们生信工程师的技能范畴。但是R语言的shiny框架能让你在起步的时候突破网页工具的开发技术限制,简单的几句R代码,一个活灵活现的网页工具就出现在你眼前。
R包安利 ② pubmed.mineR—又一个PubMed利器 https://mp.weixin.qq.com/s/bndecTSABox2dcr7aoheig
1.一些搜索方式谷歌,必应,虫部落快搜(大神很多),知乎,微信,github生信星球:Bioplanet520@outlook.com2.利于学习的一些工具Chrome插件(如实现即时翻译的”沙拉查词”,实现pubmed直接显示影响因子的Scholarscope)快捷截图软件 snipaste:双击打开,快捷键是F1,可以在截出的图添加一些箭头、文字标记。思维导图类软件:如xmind,marginnote3.今日练习作业(用markdown格式写文)markdown是什么:Markdown编辑器本身是内容写
这个教程是一棵树zj(https://github.com/yikeshu0611)
文献搜索在每个科学家的日常生活中都是不变的。我们花费大部分时间来积累信息。无论是编写一个基金本子,设计/排除一个棘手的实验···这都需要我们了解领域的最新动态。其中,我们的大多数研究和文献搜索都是在线完成的。
大家好,我是一个不愿透露姓名的生信技能树2023年02月课程的学员O(∩_∩)O。
使用R语言查询单细胞转录组这个关键词在2010-2019年的文章数量! 如果没有,或者还没来得及动手,那么今天这个R包也可以尝试一下:
经常使用 PubMed 的童鞋可能已经发现,美国国家医学图书馆(NLM)在今年 10 月份左右发布了一个新的重新设计的版本以取代 PubMed 数据库的现有版本,新版本现在已经上线,可以通过下面的链接进行访问:https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/。
这里使用Windows自带浏览器(推荐使用谷歌Chrome,但是我用自带的用习惯啦)
对文献检索来说,搜索是极为关键的第一步,直接决定了搜索结果里面有没有你想要的。因此,对PubMed搜索还不是很熟悉的读者,可以结合第一期推送教程,加以操作实练,相信定会掌握不少。
文献是读研读博生活中必不可少的一部分。大家在刚刚入学的时候对于如何获取英文论文可能会稍有疑惑。本篇文章以开头提到的文献为例简要记录自己英文文献的下载方法,希望可以帮助到有需要的人。
考虑到有大量研究生即将开学,可能要面对老板的批量文献查阅任务,在此适时为大家安利PubMed文件检索利器(提高效率,增加摸鱼时间)。
“我们很高兴发布一种在PubMed上训练的新生物医学模型,这是构建可支持生物医学研究的基础模型的第一步。”——CRFM主任Percy Liang
生信技能树新晋学徒一枚,按照规矩要先经过魔鬼班的推文教程考核,大家近期会看到她在我的指导下分享的学习心得笔记。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/Pubmed,GG了
可添加插件如“沙拉查词”实时翻译,Scholarscope实现pubmed实时显示影响因子
查询文献你懂的,我认为Pubmed首选。当oncotarget杂志不再被Pubmed检索的收获,多少博士内心发慌,多少专家内心悔恨自己掏出的稿费。当然,用好Pubmed不能仅限于利用网页界面去检索那么几个关键词,AND 或者 OR。今天我来给大家介绍一下Pubmed API是如何在R语言中运用自如的。
之前在介绍 PubMed 检索界面的时候,提到了在检索界面可以自定义筛选项(PubMed使用指南(三): 检索界面介绍)。如果要制定筛选项的话,就需要这注册一个 PubMed 账号。这里就来介绍一下 PubMed 账号到底有什么用。
Endnote是一个文献管理软件,它可以帮助用户整理、存储、管理、搜索和引用文献。
学习一个工具最直接有效的方式就是阅读它的官方指南,今年我们来学习一下PubMed的最新指南。
如果我们想探索一下什么基因研究的最多,那就是检索pubmed数据库资源。在 NCBI的ftp里面关于人的一些基因信息 :
说到搜索英文文献,最常用的应该就是Pubmed了,但是Pubmed远非十全十美,比如说Pubmed就有以下缺点:
有些小伙伴反应,疫情期间在家闲得发慌,想要读点文献提升下自我吧,还要每天去盯着不同杂志搜寻自己感兴趣的内容非常的心累。所以平时状态就是:
Hiplot 项目发起于 2019 年,是由国内生物信息学开源社区 Openbiox 和多家单位和机构共同建设的一个免费、易用、部分开源的综合在线绘图系统(生物医学为主)。截至目前,该网站已提供超过 230+余个在线可视化分析功能,涵盖了基础科研绘图、组学可视化和部分临床模型可视化功能。总的注册用户已超过 2 万 5 千人,总访问量超过 300 万次,每日任务数已超 4000 余次。
前面文章什么基因研究最多??中下载的gene与pubmed的文献ID的文件,统计了研究基因与出版文献的对应关系。这里来探索一下你研究的基因,发表的文献,可以看看都发表在什么期刊,对题目进行文本挖掘,可以统计每年的发表文献数量等等。。。。
之前我们介绍了关于 PubMed 里面关键词检索的注意事项,以及使用 PubMed 检索的三个方法, 具体可见 [[pubmed-使用指南#pubmed 关键词检索]]。今天对高级检索进行一下说明。
前面我们详细的介绍了 [[pubmed-使用指南#pubmed 关键词检索]] 以及 [[pubmed-使用指南#pubmed 高级检索]]。今天就来介绍 PubMed 检索结果页面都有哪些内容。这里我们还是以:"mutation[Title/Abstract]" 的检索结果作为例子。
针对PubMed的搜索与结果筛选做了一个介绍。在该次推送,主要还是针对PubMed,给大伙在使用的时候,分享下笔者的一些技巧。主要有:
典型的是,这些基因是对你的实验调节反应比较强烈的基因(也就是差异基因)。下面讲描述三种和这些基因相关的输入网络数据到cytoscape的方法: A:querying相互作用数据库 B:通过文本挖掘计数建立关系网络 C:加载自己的网络数据(从text tile) 究竟选取哪一种方式基于那种是最适合你的案例的。想跟从下面步骤的话下载galFiltered.sif文件,继续步骤。这个文件中,最有效的网络的建立至少有250个interacitons。为了获取这样的一个网络,至少得有25个gene,也可以增加更多的基因和更多的关系获取最理想的size。
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