我已经使用DB浏览器创建了一个数据库,我想把我从PubMed得到的所有研究结果放到数据库中,包括标题和文章,我可以把它们拿出来,但当我把它们输入到数据库中时,我总是出错。
以下是我的代码
import requests
import re
num=[]
page=1
for i in range(1,page+1):
try:
html=requests.get(f"https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/?term=covid19&page={i}").text
num.extend((re.findal
我正在使用Python3.x的Biopython从PubMed数据库进行搜索。我正确地得到了搜索结果,但是接下来我需要提取搜索结果的所有日志名称(全名,而不仅仅是缩写)。目前,我正在使用以下代码:
from Bio import Entrez
from Bio import Medline
Entrez.email = "my_email@gmail.com"
handle = Entrez.esearch(db="pubmed", term="search_term", retmax=20)
record = Entrez.read(hand
我有两个表,A和B,它们位于同一MySQL服务器上的不同数据库中。我想从表A和表B创建一个派生的表C,作为两个表之间的内部连接。
如下所示(伪代码):
create table C as select A.gene, B.pubmed_id, B.pubmed_text from A inner join B ...
这样做会不会有业绩问题呢?将表A和表B加载到同一个数据库中是否更谨慎?这两张都是很大的桌子,有数百万张记录。
您好,我正在尝试获取所有/pubmed/数字,这些数字将我链接到来自特定作者的文章摘要。问题是,当我尝试这样做时,我只能一次又一次地获得相同的数字,直到for循环结束。
我试图获取的href应该取自for line in lines循环的输出(具体的href在输出示例中)。这个循环似乎工作得很好,但是for abstract in abstracts循环只重复相同的href。
任何建议或想法我遗漏了什么或做错了什么。我没有太多使用bs4的经验,所以我可能没有很好地使用这个库。
#Obtain all the papers of a scientific author and write its
我已经安排好了以下路线。我需要使索引操作自动使用下面的pubmed_search路由。
resources :users do
resources :publications do
collection do
get :pubmed_search
post :pubmed_list
end
end
end
我试过了
resources :users do
resources :publications do
collection do
get 'pu
我编写了下面的脚本,它接受包含代码列表的csv文件,所有这些代码都是网页URL的一部分。然后,它打开每个网页,扫描它寻找PUBMED ID (一个8位数字),并返回它找到的每个PUBMED ID,该ID由一个逗号从完成URL的代码中分离出来,这样就可以将其写入CSV文件:
import csv
from urllib2 import urlopen
from bs4 import BeautifulSoup
import re
def get_PMID(y):
url = 'http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/' + y +
我试着用PubmedID从Pubmed中提取60K篇文章的摘要。我正试图把这些摘要导出到字典里去。我想我正在使用的代码有一些问题,尤其是在解析公共ID的时候。请帮助纠正代码,并让我知道哪里是错误的。
from Bio import Entrez
import sys
Entrez.email = 'anonymous@gmail.com'
abstract_dict = {}
without_abstract = []
pub_ids = sys.argv[1]
f = open(pub_ids, "r")
for i in f:
handle =
我正在使用Bio::DB::EU实用程序使用给定的PMID (Pubmed )查询Pubmed。
use Bio::DB::EUtilities;
use strict;
use warnings;
my @ids = (23298400);
my $factory = Bio::DB::EUtilities->new(-eutil => 'efetch',
-email => 'mymail@foo.bar',
我正在寻找一个脚本,它将使我能够从PubMed下载一组抽象(或文章元数据),方法是向它提供PubMed ID (PubMed ID,PMID)编号的列表(例如,从.csv文件)。理想的脚本是R,然后是Python,但我当然愿意接受任何解决方案或建议。PubMed可以找到。
顺便提一句,我确实找到了一个叫MedlineR的旧包,但是这个包裹从来没有送到生物导体那里,而且似乎没有任何最近的传言。
我有三张桌子。蛋白质、PubMed和第三个表( protein_has_pubmed )正在连接这两个表。
我编写了如下sql代码:
delimiter $$
create function ListOfPubMedIds(pr_id varchar(15))
returns varchar(500)
begin
Declare xx varchar(500);
select GROUP_CONCAT(pu.PubMedId) into xx
from protein p
join protein_has_pubmed pr on
p.UniprotKB_Accession=pr.Prote
嗨,我编写了一个beam管道来读取目录,并使用pubmed_parse库解析下载的已发布的xml文件。这个库可以通过一个标准python程序很好地工作,但是如果我像下面这样把它翻译成apache束管道,那么ti在分析错误时失败了:希望能在解决这个问题上提供一些帮助。
File "/home/micdsouz/venv/medline/data-preprocessing.py", line 19, in process
pubmed_dict = pp.parse_pubmed_xml(element)
File "/home/micdsouz/venv/l
这是我的第一个Python程序,通过json文件获取数据以构建科学引用:
....
js = json.loads(data)
# here is an excerpt of my code:
print("Journal articles:")
for art in js['response']['docs']:
stuff = art['docType_s']
if not stuff == 'ART': continue
tit = art['title_s'][0]