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cd-hit去冗余

由于宏基因组样品中可能包含相似物种，拼接结果中可能会存在一部分冗余序列，导致预测出来的基因包含冗余部分，可以通过聚类进行去冗余。...通常去冗余采用的聚类算法根据序列相似度对序列进行聚类，需要进行 all by all 的比较，例如 orthoMCL，不过这种方法非常耗时。...大家互动交流可以前去论坛，地址在下面，复制去浏览器即可访问，弥补下公众号没有留言功能的缺憾。 bioinfoer.com 有些板块也可以预设为大家日常趣事的分享等，欢迎大家来提建议。

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对表型数据框进行去冗余

很明显，有些信息是冗余的，有些是有效信息可以用来分组，但是表型记录太多，看起来会混淆，所以需要去除那些冗余信息，就是在所有样本里面表型记录都一致的列。...然后我发现，非常多的学员都无从下手，其实就是数据框取子集，我一直强调了3种方法，坐标、列名和逻辑判断，这个时候很明显应该是逻辑判断，就是看看每一列是否是冗余信息。...我们首先判断第一列非冗余元素的个数，下面的代码 length(unique(pd[,1])) 然后对每一列都使用同样的代码，那就是apply技巧： apply(pd, 2, function(x){...这样虽然是判断了每一列的非冗余元素个数，但并不是逻辑值，没办法去用来对数据框取子集。...需要加上一个判断，就是元素个数大于一才保留； apply(pd, 2, function(x){ length(unique(x)) > 1 }) 现在就是依据每一列返回一个逻辑值，这个逻辑值就可以去原始数据框里面进行取子集操作

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宏基因组基因集去冗余：CD-HIT

很多情况下由于内存限制等原因无法将多个样本混合在一起拼接，这样每个样品单独拼接、预测获得的基因集在合并分析时可能会有很多冗余。...要构建多个样品、多个项目的非冗余基因集，需要根据一定的相似度阈值对不同样品的基因序列进行聚类。常用的软件有CD-HIT、MMseqs、Linclust等。...宏基因组多样品的混合组装 Contigs与genes丰度计算免组装宏基因组群落分析 GraPhlAn物种谱可视化宏基因组编码基因预测宏基因组binning: Metabat 宏基因组bins质量评估宏基因组基因集去冗余...③基于word filter的方法使得使用每个长度的word能够处理的冗余性水平有限，如使用长度为2的word只能够得到相似性在50%以上的序列，长度为3的word只能够得到相似性在66.7%以上的序列类...，默认为2，也即去冗余后还可能会保留有2%的冗余 -d：聚类信息文件中各个聚类组中序列名的长度，默认为20，设为0则将取完整序列名 -s：序列长度差异阈值，默认为0，如果设置0.9较短序列应该达到代表序列长度的

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GO和KEGG富集分析及去冗余工具及原理

2 去冗余因为GO条目的分级特性，其富集结果会有冗余，对结果的分析造成影响，其中一个策略是计算两个GO terms之间的语义相似性，去除冗余。

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python 的 tuple 是不是冗余设计？

Tuple类型对于Python自身来说是非常重要的数据类型，比如说函数调用，实际上会将顺序传入的参数先组成一个tuple；多返回值也是靠返回一个tuple来实现的。...对程序员来说如果没有什么美学上的追求的话，tuple最大的便利在于它是一个hashable的类型，而且hash算法与值直接对应，这样在Python里很容易用多个值的组合来做key生成一个dict，比如说我们网络里有...Immutable类型不存在Mutable类型的同步问题；因为不可变，Immutable类型的内存结构设计就少了很多假设性条件，带来的直接好处就是性能优化； Python里只有Immutable类型是...Tuple的使用场景 List跟Tuple使用场景上的一点主要区别看到好多Python程序员都喜欢第一时间就用List，不管合不合适（当然有时候是需要可修改的）： [['张三', 35], ['陈八'...此外，其实Python中大量运用Tuple。好比上图代码里，在sorted中指定排序顺序的字段。然后再看看person.items()，其结构类似上面的输出，里面同样藏着Tuple结构。

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冗余分析

上一次给大家介绍了如何用R语言进行主成分分析，今天介绍的主角也是PCA的好朋友噢，掌声欢迎我们的第二位小伙伴——冗余分析（RDA）。...1 冗余分析简介冗余分析（Redundancy Analysis,RDA），是一种回归分析结合主成分分析的排序方法。...还可以可通过names()查看冗余分析输出的对象列表。...4 结语冗余分析在生物统计中应用较多，概念比较难懂，本文中也只是对RDA做出了一个简短的解释，想进行更深入的学习可以参考下述资料： R语言实现冗余分析完整代码[2] 数量统计学生态笔记||冗余分析[3.../article/details/106267551 [3] 数量统计学生态笔记||冗余分析: https://www.jianshu.com/p/00f69e8bd5ef

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Python文本去重

用法：命令行python unique.py -f file.txt 输出：去除重复字符后的output.txt # -*- coding:utf-8 -*- #auther_cclarence_2016

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Python 中文去标点

老师让把每一次写东西遇到的问题都记录下来，个人觉得很有用，就以此为第一篇博文吧⁄(⁄ ⁄•⁄ω⁄•⁄ ⁄)⁄ 在写K-Means聚类时，对文本分词处理遇到去标点的问题，之前一直使用的是 .translate

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Python 去英文标点

Python版本：3.4.1 >>> import re >>> punc = '[,.!\']' >>> data = 'a,b.c!

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如何以超高的效率完成序列聚类、去冗余和跨数据库比较？

Weizhong Li团队开发的CD-HIT工具（Cluster Database at High Identity with Tolerance）正是解决这一问题的“神器”，它能以超高的效率完成序列聚类、去冗余和跨数据库比较...cd-hit & cd-hit-est：序列去冗余主力军 • cd-hit：：专攻蛋白质序列聚类（FASTA格式），通过设定相似性阈值（如90%），将高度相似的序列聚类为一组，仅保留代表序列。...例如对RNA-seq数据中的转录本进行去冗余时，它能将同一基因的不同剪接变体合并，显著降低后续差异表达分析的复杂度。 • 特点：速度快、内存占用低，支持多线程和大规模数据集。...• 基因组去冗余：构建非冗余基因组数据库，减少重复序列干扰。...• 低相似度（<40%）聚类需配合PSI-CD-HIT进行多轮迭代 • 处理宏基因组数据时先做质量过滤 • 比较新旧数据库时务必使用*-2d版本总结 CD-HIT凭借其高效、灵活的特点，成为生物序列去冗余和对比分析的

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Python数据清洗--类型转换和冗余数据删除

从表面上看，似乎没有看出数据背后可能存在的问题，那接下来就将其读入到Python中，并通过探索的方式发现数据中的问题。 ?...如果发现数据类型不对，如何借助于Python工具实现数据类型的转换呢？可参照如下代码的实现。...需要注意的是，Python中的函数有两种表现形式，一种是常规理解下的函数（语法为func(parameters)，如to_datetime函数），另一种则是“方法”（语法为obj.func(parameters...冗余数据的判断和处理如上过程是对数据中各变量类型的判断和转换，除此还需要监控表中是否存在“脏”数据，如冗余的重复观测和缺失值等。可以通过duplicated“方法”进行 “脏”数据的识别和处理。...假如读者利用如上的代码在数据集中发现了重复观测，可以使用drop_duplicates“方法”将冗余信息删除。

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segRDA: 分段冗余分析

冗余分析(Redundancy analysis)被广泛应用于物种与环境的关联。该分析假设响应变量在整个梯度上具有相同的连续的线性趋势，但通常真实情况并非如此。...为了克服这一问题，提出了分段冗余分析(piecewise redundancy analysis,pwRDA)。 pwRDA允许将响应和解释变量之间的关系分解为多个部分。

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冗余和故障转移

高可用设计的核心思想是冗余和故障转移，具体分析下业界比较流行的高可用中间件框架的高可用实现思想。

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冗余连接

输入一个图，该图由一个有着N个节点 (节点值不重复1, 2, ..., N) 的树及一条附加的边构成。附加的边的两个顶点包含在1到N中间，这条附加的边不属于树中...

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基于Python实现视频去重

基于Python实现视频去重基本原理一款基于Python语言的视频去重复程序，它可以根据视频的特征参数，将重复的视频剔除，以减少视频的存储空间。...它的基本原理是：首先利用Python语言对视频文件进行解析，提取视频的特征参数，如帧率、码率等；然后根据特征参数，生成视频的哈希值；最后，将每个视频的哈希值进行对比，如果哈希值相同，则表示视频内容相同，...实现方法基于Python实现视频去重小工具，需要使用Python语言的一些第三方库，如OpenCV、PIL等。...则表示视频内容相同 if hash_value == other_hash_value: # 剔除重复视频 pass # 释放视频文件 cap.release() 其它视频去重...= os.path.split(i) logger.error(name) def main(): path = popup_get_folder('请选择[视频去重

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python 列表内字典去重

set可以去重list里的元素为int、float、str、tuple如下,但是不能去重list、set、dict如下： >>> a=[(1,2),(1,2)] >>> set(a) set([(1,

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Python算法题----列表去重

解法一： Python的内置特性利用python set数据结构的不重复行，转换为set，然后再转为list，一行代码搞定 def uniqList01(data=None): return ...list(set(data)) 解法二：遍历搜索去重添加创建一个新列表，遍历旧的列表，先把第一个塞进新列表中，然后判断每一个元素在新列表中是否存在，不存在就塞进去。

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python opencv加水印去水印

None: cv2.imwrite(output_filename, dst) return dst 注意上面的代码要加上这两句才能显示原来水印的位置去水印代码如下

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基于Python实现图像去重

python图像去重(imagededup) github：https://github.com/idealo/imagededup 安装库 pip install imagededup 示例代码 from...实现图像去重(哈希算法、lshashbox、imagehash) 为了防止冗余的图片占用存储空间，我们常常需要进行图片去重操作。...Python具有丰富的图像处理库，因此Python图像去重也成为了一种流行的操作方法。...使用哈希算法进行图像去重哈希算法是一种非常常用的去重算法，通过对图片进行哈希计算，得到一个指纹，再通过比较指纹的方式找到相似的图片。...---- 图片数据清洗，图片去重，去掉模糊图片，去掉结构性相似的图片 1、python代码去掉完全相同的图片, 重复的图片移动到另一文件夹保存 import shutil import numpy as

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redis数据冗余与分片

redis数据冗余与分片数据冗余-主从复制 Redis 提供了主从库模式，以保证数据副本的一致，主从库之间采用的是读写分离的方式。 ?...而AOF文件记录的是每一次写操作的命令，写操作越多文件会变得很大，其中还包括很多对同一个key的多次冗余操作。

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