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    R语言实现DNA结构预测

    大家对DNA应该都有一定的了解,那么DNA同样不仅仅是具有一级结构的碱基序列,而且还具有二级结构(双螺旋),三级结构(超螺旋)的特征。今天给大家介绍一个来预测DNA结构的R包DNAshapeR,其从基因组测序数据中以超高速、高通量的方式预测DNA形状特征。该软件包以核苷酸序列或基因组间隔作为输入,并生成各种图形表示,以供进一步分析。DNA预测使用滑动五聚体窗口,其中512个不同五聚体中的每一个都有独特的结构特征,从而在每个核苷酸位置(周向)定义了小沟宽(MGW),滚动,螺旋桨扭曲(ProT)和螺旋扭曲(HelT)的向量(周 等人,2013)。MGW和ProT定义碱基对参数,而Roll和HelT代表碱基对步长参数。首先我们看下需要安装的包:

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