要开始使用 Dash Bio,请使用 pip install dash_bio 安装,然后转到 Dash Bio 的文档: http://dash.plot.ly/dash-bio
Conda是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统,主要用于Python程序,但也可以用于其他编程语言。它能够跨平台运行,支持多种操作系统,如Linux、OS X和Windows。Conda主要用于安装和管理软件包及其依赖关系,可以在不同环境中轻松切换,使得软件包的安装和管理更加方便。
之后会出现more,是还有更多,让enter翻页的意思,持续按enter,第一个enter下来是空白行,不要担心继续往下按,直到出现
Jupyter Notebook 是一个把代码、图像、注释、公式和作图集于一处,实现可读性分析的交互式笔记本工具。借助所谓的内核(Kernel)的概念,Jupyter Notebook 可以同时支持包括R、python2、python3、Ruby 在内超过50多种不同编程环境。 基于 Kernel,Jupyter Notebook 可以支持的编程语言: (其实 Jupyter Notebook 可以支持的编程语言,远不止这几种。下图只是个不完全列表。) 📷 说了那么多,开始今天的主题:如何在 Jupyter
找后缀.sh的点击并复制下载链接(一定要.sh而不是.exe,sh是脚本脚本的意思,我因为搞了个.exe一直错 笑哭)
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
按照学习要求练习了几个基本命令:pwd、mkdir、ls、rm、cd、vi、cat、cp、mv。
进入网址:https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
文章目录 python 扩展包基本信息 基本功能介绍 python 扩展包基本信息 https://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/ 基本功能介绍 A APSW,另一个Python Sqlite封装。 Aspell-python,Aspell软件的Python绑定 Assimulo,求解常微分方程的软件包,需要numpy + MKL。 Astropy,python天文学软件的核心包。 Atom,原子,高效的内存的Python对象,这个包与谷歌的GData有冲突。 Aut
biopython网站:https://biopython.org/wiki/Documentation
Biopython是Python的最大,最受欢迎的生物信息学软件包。它包含许多用于常规生物信息学任务的不同子模块。它由Chapman和Chang开发,主要使用Python编写。它还包含C代码,以优化软件的复杂计算部分。它可以在Windows,Linux,Mac OS X等操作系统上运行。
即想要通过 Python 在线获取某个转录本对应的基因 symbol 时,发现出现 SSL 无法获取本地证书:unable to get local issuer certificate (_ssl.c:1056)!
序列比对是生物信息学分析中的常见任务,包含局部比对和全局比对两大算法,局部比对最经典的代表是blast, 全局比对则用于多序列比对。在biopython中,支持对序列比对的结果进行读写,解析,以及运行序列比对的程序。
biopython和bioperl, biojava项目类似,都是Open Bioinformatics Foundation组织的项目之一,旨在提供一个编程接口,方便生物信息数据的处理。OBF的成员项目部分如下
根据fastq序列的id,从原始fastq中提取序列这个操作,应该是大家在处理序列文件的过程中经常遇到的。如果大家用过Biopython,应该知道Bio模块在做fastq这些文件的处理时非常方便。但是有时序列达到几百万几千万条的时候,Bio的速度可能就无法满足要求了。
比较序列相似性(sequence similarity)可以考虑用biopython或者emboss的几种比对方法。
作者: zifanwang 发布于2020-05-16
用过网页版本 BLAST 的童鞋都会发现,提交的序列比对往往在几分钟,甚至几十秒就可以得到比对的结果;而通过调用 API 却要花费几十分钟或者更长的时间!这到底是为什么呢?
如果说我看得比别人远些,那是因为我站在巨人的肩膀上(牛顿语录)。在我们科研的道路上,除了自己努力实验,数据库对我们而言就是巨人的肩膀,整理好的数据,分析可视化的图表甚至拿来就可以用于文章发表。但是数据库太多,哪里去找我们所需要的数据库呢,或者说有没有什么一劳永逸收集所有数据库呢。大多时候,只知道几个耳熟能详的数据库,比如肿瘤领域的TCGA,Oncomine,cBioportal等,但是数据库都各有优劣,怎么找到最合适的来解决自己的科研问题。
Flask框架是Python开发的一个基于Werkzeug和Jinja 2的web开发微框架,它的优势就是极其简洁,但又非常灵活,而且容易学习和应用。因此Flask框架是Python新手快速开始web开发最好的选择,此外,使用Flask框架的另一个好处在于你可以非常轻松地将基于Python的机器学习算法或数据分析算法集成到web应用中。
2.看样子是 64 位的,然后去找miniconda for Linux 64的最新版本,顺利下载到了 biosoft 目录下
1.进入https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
上节课我们说到的Tomcat,并且给予了一般的tomcat配置,和配置的作用,提到了HTTP/1.1
把《Python生物信息学数据管理》这本书看完了,然后也写了一些笔记,和大家分享一下。
目的:安装64位最新版本(Miniconda3-py39_24.1.2-0-Linux-x86_64.sh)
通过biopython, 我们可以方便的读取这些格式的文件,并提取其中的信息。具体地,通过以下3个子模块来处理序列数据
2015年有一篇文献中提到了hpv的研究现状 As of May 30, 2015, 201 different HPV types had been completely sequenced and officially recognized and divided into five PV-genera: Alpha-, Beta-, Gamma-, Mu-, and Nupapillomavirus. 文献地址: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26086163
KEGG数据库称之为基因组百科全书,是一个包含gene, pathway等多个子数据库的综合性数据库。为了更好的查询kegg数据,官方提供了对应的API。
英文全称 Application Programming Interface。在这个时代,大多数应用程序都需要使用 API(应用程序编程接口)来与其他应用程序或服务进行通信。
了解一个研究方向和相关研究领域的大佬,收集文献是必不可少的操作。 作为一名生信人,我们可以通过编程来自动化实现以上流程,今后只需要一行代码,研究领域情报尽在囊中。
scVI(Single-Cell Variational Inference)是基于深度学习的整合算法,多次被评价为最佳的整合算法之一。scVI发表于2018年的Nature Methods上,后续经过多次的更新改进,文章题目是《Deep generative modeling for single-cell transcriptomics》。
当谈到 Python 的更新历史时,通常是指 Python 主要版本(Major Versions)的发布历史。Python 从 1991 年(居然跟我同岁)的第一个版本开始,经历了多个主要版本的更新。以下是 Python 的主要版本更新历史:
个推作为国内第三方推送市场的早期进入者,专注于为开发者提供高效稳定的推送服务,经过9年的积累和发展,服务了包括新浪、滴滴在内的数十万APP。由于我们推送业务对并发量、速度要求很高,为此,我们选择了高性能的内存数据库Redis。然而,在实际业务场景中我们也遇到了一些Redis大key造成的服务阻塞问题,因此积累了一些应对经验。本文将对大key的发现、解决大key删除造成的阻塞做相应的介绍。
我们在安装完conda后,自动会创建一个名为base的基础环境,后面的*号说明我们目前处在这个环境中。
(1)numpy.save , numpy.savez , scipy.io.savemat
学习生信的过程中怎么能少了Linux呢。但是很多人都是Linux新手,又不想花钱买服务器,这里有个免费的网页版Linux服务(链接在文末),足够学习基础的Linux命令!
电话A 打电话给 1001 需要用到中转设备来指路,走那条线路可以到达目的地。如果表中没有,则不管他!
这里记录一段时间我在互联网上看到的有意思的内容与信息,防止它们在我的脑袋里走丢了。
open(file, mode='r', buffering=-1, encoding=None, errors=None, newline=None, closefd=True, opener=None)
今天学习的是linux环境下的软件安装,因为花花老师的教程特别棒,所以操作上基本没出现特别难的地方。
进化树以树状结构形象的展示各个节点的进化关系,在物种进化,亲缘关系研究领域广泛应用。在biopython中,通过Bio.Phylo子模块,可以方便的访问和展示树状结构中的信息
早在 2018 年的时候我在"生信草堂"的公众号上写过一篇关于 RSS 的文章《使用 RSS 打造你的科研资讯头条》,介绍了关于 RSS 的一些内容和如何使用 inoreader 来订阅你感兴趣的一些科研资讯。 今天主要来给大家推荐一些常用的生物信息学的 RSS 订阅源,通过这些订阅源你可以及时掌握和了解到一些比较前沿的生物信息学研究资讯。
作者:王岳王院长 知乎:https://www.zhihu.com/people/wang-yue-40-21 github: https://github.com/wavewangyue 编辑:yuquanle
背景 前面介绍了纳米孔测序的原理与碱基识别,本次带大家认识纳米孔测序数据的格式,以及怎么质控与处理。
The Snakemake workflow management system is a tool to create reproducible and scalable data analyses. Workflows are described via a human readable, Python based language. They can be seamlessly scaled to server, cluster, grid and cloud environments, without the need to modify the workflow definition. Finally, Snakemake workflows can entail a description of required software, which will be automatically deployed to any execution environment.
格式化字符串(string formatting)是以指定输出参数格式和相对位置来“美化”字符串。输出参数格式包括数字的小数点位数、字符串大小写等,相对位置标注出被格式化的词是在句中的位置。比如
叶绿体基因组类的文章通常会有一幅图来展示叶绿体基因组的相似性(Sequence identity plot),出图的工具是mVISTA:mVISTA分为本地版和在线版两种。本文简要介绍使用在线版mVISTA获得Sequence identity plot的步骤。
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