python n50_Python:处理python列表_Python ConnectionRefusedError：[Python 10061] - 腾讯云开发者社区

对于不同kmer或者不同软件的基因组组装结果，我们通常会通过N50等指标来进行评估。...上图中N50的长度就是60，和N50的概念类似，还有N75, N90等说法，这些指标可以统称为Nx。Nx越大，说明组装出来的片段长度越长一定程度上，证实了组装结果越好。...sourceforge.net/projects/quast/files/quast-4.6.3.tar.gz tar xzvf quast-4.6.3.tar.gz cd quast-4.6.3/ quast基于python...开发，以来matplotlib库进行绘图，保证python和matplotlib安装好，然后直接下载源代码，解压缩就可以使用了。...用法如下 python quast.py -t 10 -o test1_out contigs.fasta -t参数指定线程数，-o参数指定输出结果的目录。

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脚本分享—快速统计基因组组装结果

我们小编欢乐豆有个压箱底的 perl 脚本，由于编程语言"洁癖"，想要彻底抛弃 perl 语言转向 python，于是他使用 AI 辅助下进行了转换，由于脚本相对简单，转换竟然就成功了。...安装python模块 # 使用pip安装 pip install biopython 查看脚本参数 python N50Stat.py -h usage: N50Stat.py [-h] -i INPUT_FILE...函数: calc_n50(seq_lengths, percentile)：计算给定序列长度列表和指定百分位数的 N50 长度。calc_median(arr)：计算给定列表的中位数。...例如，要运行脚本：python script_name.py -i input.fasta -o output_statistics.txt此脚本计算各种统计信息，如总序列数、总碱基数、最小和最大序列长度...、平均和中位数序列长度，以及 N25、N50、N75、N90、N95 长度。

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quast评估

2、完整性拼接序列条数接近染色体数据；片段长度长； N50，N90长；基因完整性高；一般是互斥的，准确性高完整性低，准确性低完整性高。...二、N50与N90 N50：N50是基因组拼接之后一个评价指标，将拼接得到的所有的序列，根据序列大小从大到小进行排序，然后逐步开始累加，当加和长度超过总长一半时，加入的序列长度即为N50长度...N50越长，拼接得到的更长的序列越多，类似的还有N90等一般软件都有统计的结果可以找下日志。

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（1）TBtools | 序列工具之序列信息提取

⑤Total_GC_content（GC含量） ⑥Minimum Len（最小序列长度） ⑦Maximum Len（最大序列长度） ⑧Mean Len（平均序列长度） ⑨Median Len（序列中位数长度） ⑩N50...附，N50含义：在此之前我们需要先明白reads、conting、scaffold的意义和关系。...N50：比如一个基因组大小是1M，然后把contig 和 scaffold 从长到短进行排列，然后相加，当恰好加到1M的50％，也就是500k的时候，那一条 contig 或者scaffold 的长度就叫做...Contig N50和Scaffold N50。

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20220518_基因组contig与scaffold的N50大小统计

20220518_基因组contig与scaffold的N50大小统计 01 assembly_stats软件安装 (base) root@dell-server..."L50": 13, "N10": 14612419, "N20": 12596737, "N30": 10356262, "N40": 7972914, "N50..."L50": 5, "N10": 45097400, "N20": 25348148, "N30": 23763320, "N40": 21293100, "N50

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三代测序 - Oxford Nanopore (ONT) 数据分析 - 数据质控和过滤

alignment2.bam alignment3.bam --downsample 10000 -o bamplots_downsampled #实际使用 $ NanoPlot -t 12 --N50...--dpi 300 \ --fastq samplename.fq.gz \ --title samplename \ -o samplename \ # -N50 在片段长度N50处划线 # -...累计半总长的片段大小(N50) : 3,819.0 STDEV read length: 2,335.6 Total bases 总碱基数:...软件安装 #pip安装 $ pip install NanoComp #This script is written for Python3....github.com/wdecoster/chopper Rust implementation of NanoFilt+NanoLyse, both originally written in Python

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高通量测序常见名词解释

什么是Contig N50？ Reads拼接后会获得一些不同长度的Contigs。将所有的Contig长度相加，能获得一个Contig总长度。...将Contig按照这个顺序依次相加，当相加的长度达到Contig总长度的一半时，最后一个加上的Contig长度即为Contig N50。...Contig N50可以作为基因组拼接的结果好坏的一个判断标准。什么是Scaffold N50？ Scaffold N50与Contig N50的定义类似。...将Scaffold按照这个顺序依次相加，当相加的长度达到Scaffold总长度的一半时，最后一个加上的Scaffold长度即为Scaffold N50。...Scaffold N50可以作为基因组拼接的结果好坏的一个判断标准。

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生信工具 | 宏基因组测序数据的基因组组装方法基准测试

该基准测试涉及比较基本的contig统计信息，包括总组装长度（AL），基因组分数（GF），contig N50，NA50，归一化NGA50，错配和错误组装。...19种宏基因组组装工具的基准测试数据和工作流程基准测试表明：长读长组装工具生成了高contig N50，但未能揭示一些中等和高质量的MAGs。...3）linked-read组装工具的contig N50显著高于短读长组装工具。...4）Athena在来自人类肠道微生物组的数据集中表现出比cloudSPAdes更高的contig N50，并且在所有组装器中生成了最高的#NC。...5）长读长组装工具表现出较高的contig N50，但生成的#MQ和#HQ较短读长和linked-read组装工具要小。 6）MetaFlye、Canu和Lathe比其他长读长组装工具表现更好。

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新物种基因组组装

我看最近的雷公藤通过 PacBio，10×Genomics 测序，研究者获得了高质量的雷公藤基因组（~365.95Mb，Contig N50=4.36Mb）；结合 Hi-C 数据，将~315.08Mb...的序列挂载到23条染色体上，Scaffold N50=13.52Mb。...在Nature Communication杂志还可以看到很多新物种基因组组装，包括白羽扇豆染色体水平高质量基因组，基因组大小为~558.74Mb，Contig N50 = 1.76Mb，Scaffold...N50 = 18.66Mb，注释得到48,719个蛋白编码基因。...还有线虫的研究，通过 PacBio 和 Hi-C 测序技术，生成 C. remanei 染色体水平的基因组（~124.8Mb），Contig N50 = 4.042Mb，Scaffold N50 =21.502Mb

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测序数据拼接，首先需要了解这些概念！

，scaffold N50达到20Kb，单碱基错误率在十万分之一以下，一般采用小片段文库使用二代测序Hiseq完成。...精细图：指经生物信息学分析后，拼接得到的基因组覆盖度大于98%，基因区覆盖度达到99%以上，contig N50达到20Kb，scaffold N50达到300Kb，单碱基错误率低于十万分之一，gap数不超过...基于这些序列，可以确定一些Contig之间的顺序关系，这些先后顺序已知的Contigs组成Scaffold，如下图所示： N50：Reads拼接后会获得一些不同长度的Contigs。...将Contigs按照这个顺序依次相加，当相加的长度达到Contig总长度的一半时，最后一个加上的Contig长度即为Contig N50，可以作为基因组拼接的结果好坏的一个判断标准。...此概念很容易被误认为所有Contigs长度排名第50的序列长度，与之类似的有N90，N50与N90同样适用于Scaffolds。

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测序知识DAY7-Gaozsi

Contig N50：所有的Contigs按照从长到短进行排序，将排序后的contig长度依次相加,当相加的长度达到Contig总长度的一半时,最后一个加上的Contig长度即为Contig N50。...举例：Contig 1+Contig 2+ Contig 3+Contig 4=Contig总长度*1/2时，Contig 4的长度即为Contig N50。...Contig N50可以作为基因组拼接的结果好坏的一个判断标准。k-mer：k-mer是指将reads分成包含k个碱基的字符串，一般长短为m的reads可以分成m-k+1个k-mers。

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中科院遗传所课题组开发高质量基因组组装软件

在玉米、苦荞和人基因组中与已发表版本进行对比，玉米的Contig N50从1.3 Mb提升至61.2Mb，人的Contig N50从8.3 MB提升至54.4 MB，苦荞基因组Contig N50达到了

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猪狗的参考基因组构建索引

The N50 size is the length such that 50% of the assembled genome lies in blocks of the N50 size or longer...The N50 length for the contigs is 267,478 while the scaffold N50 is 45,876,610. ?

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基因组重测序的unmapped reads assembly探究【直播】我的基因组86

kmergenie.bx.psu.edu/kmergenie-1.7044.tar.gztar zxvf kmergenie-1.7044.tar.gzcd kmergenie-1.7044make python...reads组装之后有272007条contigs 组装之后： Prinseq v0.20.4 was used to calculate assembly statistics, including N50...prinseq-lite.pl -verbose -fasta output_prefix.contigs.fa -stats_assembly 就是给出一些指标，如下； stats_assembly N50

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序列工具使用中所涉及的基础知识

Gff:ID=……，parent=…… Gtf:transcript_id=……，gene_id=…… 4、reads，conting，scaffold，N50 ?...，从而获得一定片段的两端序列，这些序列可以确定contig的顺序关系和位置关系，最后contig按照一定顺序和方向组成scaffold，其中形成scaffold过程中还需要填补contig之间的空缺 N50...将Contig按照这个顺序依次相加，当相加的长度达到Contig总长度的一半时，最后一个加上的Contig长度即为Contig N50。...举例：Contig 1+Contig 2+ Contig 3 +Contig 4=Contig总长度*1/2时，Contig 4的长度即为Contig N50。

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Commun. Biol. | 中国农科院多单位联合发布首个中国菰染色体水平基因组，并鉴定落粒性相关基因

研究团队运用第三代Nanopore、二代Illumina和高通量染色体捕获技术进行全基因组测序与组装，获得中国菰基因组全长547.38Mb，其中含有38 852个基因以及52.89%的重复序列，重叠群（Contig N50...）为4.78 Mb，基因组骨架（Scaffold N50）为32.79 Mb，其中545.36 Mb基因组序列被定位到17条染色体上，挂载率高达99.63%（图2）。

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G96G97指令中的计算

G96 示例） N10 G21；（公制单位） N20 G96 S91；（常数 Vc=91 米/分钟） N30 G00 Z0 X25.4；（定位） N40 G01 Z2.0 F0.25（车削 Φ1"） N50...G97 示例） N10 G21；（公制单位） N20 G97 S700；（恒定 RPM n=700） N30 G00 Z0 X25.4；（定位） N40 G01 Z2.0 F0.25（车削直径Φ 1"） N50

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Pyfastx：一个快速随机读取基因组数据的Python模块

今天介绍一个同门师兄开发的 Python 模块：pyfastx，用于快速随机访问基因组序列文件。作品发表在生信顶刊上，必须强行安利一波。...Pyfastx: a robust python module for fast random access to sequences from plain and gzipped FASTA/Q file...一个接口同时满足 FASTA/Q 文件读写需求轻量级、内存节约随机访问压缩的 FASTA/Q 文件逐条迭代读取 FASTA 文件计算 FASTA 文件的 N50 和 L50 计算序列的 GC 含量和核酸组成...Fasta 文件类 Fastq 类，封装好的 Fastq 文件类 Sequence 类，提供 Fasta 记录的常用操作 Read 类，提供 Fastq 记录的常用操作安装目前，pyfastx 支持 Python...seq.name) >>> print(seq.seq) >>> print(seq.description) FASTA 类 FASTA 对象有许多属性和方法可供使用，如计算 GC 含量、计算 N50

1.8K4 0

JGG发表三代食蟹猴参考基因组

相比于MF 5.0，三代基因组在连续性和完整性方面都有显著提升（contig N50和 scaffold N50 分别提高75和1.7倍)，并且补充Y染色体数据。

4502 0

G20指令编程实例

程序参考： N10 T0505 N20 G92 S1200 N30 G20 G97 S900 M03 N40 G96 S130 G00 X0 Z0.5 N50 G01

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QUAST:评估基因组组装效果

脚本分享—快速统计基因组组装结果

quast评估

（1）TBtools | 序列工具之序列信息提取

20220518_基因组contig与scaffold的N50大小统计

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