我们在进行生信分析时经常要处理大文件，如果用串行运算往往费时，所以需要并行运算以节省时间。目前，流行的生信工具通常都可以并行运算，比如bwa。通常来讲，我们进行并行运算可以选择多线程或者多进程。那么二者有什么差别呢，我们又该如何选择呢？
1. 报告要求 并行化 提高运行速度 突显cache友好 对比实验 对关键步骤描述算法 2. 初步草案 选择实现语言。我选择了较为熟悉的python作为编程语言。因为python的库numpy在底层调用c与fortran，并且采用优化过的算法，因此在矩阵运算方面速度极高。 选择预测方法。由于要突显cache友好，且实现并行化，我认为logistic regression能符合要求。 选择训练方式。训练方式不外乎三种：BGD, mini BGD, SGD。其中SGD在运行中占用的内存最小(每次处理一组数据即可
大数据文摘作品，转载要求见文末 作者 | Adam Geitgey 编译 | 元元、Lisa、Saint、Aileen Python绝对是处理数据或者把重复任务自动化的绝佳编程语言。要抓取网页日志?
上两节我们建了一个并行运算组件库，实现了一些基本的并行运算功能。到现在这个阶段，编写并行运算函数已经可以和数学代数解题相近了：我们了解了问题需求，然后从类型匹配入手逐步产生题解。下面我们再多做几个练习
上节我们讨论了并行运算组件库的基础设计，实现了并行运算最基本的功能：创建新的线程并提交一个任务异步执行。并行运算类型的基本表达形式如下： 1 import java.util.concurr
作者：Vamei 出处：http://www.cnblogs.com/vamei 欢迎转载，也请保留这段声明。谢谢！ 闭包(closure)是函数式编程的重要的语法结构。函数式编程是一种编程范式 (而面向过程编程和面向对象编程也都是编程范式)。在面向过程编程中，我们见到过函数(function)；在面向对象编程中，我们见过对象(object)。函数和对象的根本目的是以某种逻辑方式组织代码，并提高代码的可重复使用性(reusability)。闭包也是一种组织代码的结构，它同样提高了代码的可重复使用性。 不同的
我们在日常使用Python进行各种数据计算处理任务时，若想要获得明显的计算加速效果，最简单明了的方式就是想办法将默认运行在单个进程上的任务，扩展到使用多进程或多线程的方式执行。
进程是计算机系统中资源分配的最小单位，也是操作系统可以控制的最小单位，在数据科学中很多涉及大量计算、CPU密集型的任务都可以通过多进程并行运算的方式大幅度提升运算效率从而节省时间开销，而在Python中实现多进程有多种方式，本文就将针对其中较为易用的几种方式进行介绍。
· 向量化代码Vectorized Code: 加速器执行向量化代码性能会很好因为计算自然地映射到硬件的运算内核上。ArrayFire函数本质上是量化的，因此，如果您使用ArrayFire，你正在编写向量化代码。 · 内存传输:避免过多的内存传输。每个casting操作在CPU存储器和加速器存储器之间来回移动数据。 ArrayFire已经做了很多自动优化，以尽量减少这些存储器之间的传输，只有在万不得已才传输数据。 · 串行对比并行运算: CPU是串行计算设备，而加速器是并行计算设备。对于小的或者并行运算，
FunDA是一个开源的函数式数据处理工具库，是Slick的补充。它增加了recordset数据集逐行处理功能，并支持并行运算。FunDA还使用reactive-streams标准，对大量数据进行后台缓存，然后逐块输出。
如果scalaz-stream真的是一个实用的数据流编程工具库的话，那它应该能处理同时从多个数据源获取数据以及把数据同时送到多个终点（Sink），最重要的是它应该可以实现高度灵活的多线程运算。但
tf.ConfigProto()主要的作用是配置tf.Session的运算方式，比如gpu运算或者cpu运算，设置性质如下：
上一篇介绍了OptaPlanner 7.32.0.Final版本中的SolverManager接口可以实现异步求解功能。本篇将继续介绍SolverManager的另一大特性 - 批量求解。
通过一段时间的学习和了解以及前面几篇关于Slick的讨论后对Slick这个函数式数据库编程工具有了些具体的了解。回顾我学习Slick的目的，产生了许多想法，觉着应该从实际的工作应用角度把我对Sl
parallel的-j参数是一个非常重要的参数，用于指定同时运行的作业数。-j参数后跟一个数字，表示同时运行的最大作业数。这通常与你的 CPU 核心数有关，但也可以根据任务的性质和资源需求进行调整。
疫情在家的这段时间，想系统的学习一遍 Pytorch 基础知识，因为我发现虽然直接 Pytorch 实战上手比较快，但是关于一些内部的原理知识其实并不是太懂，这样学习起来感觉很不踏实， 对 Pytorch 的使用依然是模模糊糊， 跟着人家的代码用 Pytorch 玩神经网络还行，也能读懂，但自己亲手做的时候，直接无从下手，啥也想不起来， 我觉得我这种情况就不是对于某个程序练得不熟了，而是对 Pytorch 本身在自己的脑海根本没有形成一个概念框架，不知道它内部运行原理和逻辑，所以自己写的时候没法形成一个代码逻辑，就无从下手。这种情况即使背过人家这个程序，那也只是某个程序而已，不能说会 Pytorch， 并且这种背程序的思想本身就很可怕， 所以我还是习惯学习知识先有框架（至少先知道有啥东西）然后再通过实战（各个东西具体咋用）来填充这个框架。而这个系列的目的就是在脑海中先建一个 Pytorch 的基本框架出来， 学习知识，知其然，知其所以然才更有意思；)。
symbol 可以说是 MXNet 最重要的一部分API了，主要定义了计算流程。在此之前，我觉得有必要说一下不同的编程方式：
强化学习算法的并行化可以有效提高算法的效率。并行化可以使单机多cpu的资源得到充分利用，并行化也可以将算法中各个部分独立运行，从而提高运行效率，如将环境交互部分和训练网络部分分开。我们这里介绍如何使用分布式框架Ray以最简单的方式实现算法的并行化。
FunDA最重要的设计目标之一就是能够实现数据库操作的并行运算。我们先重温一下fs2是如何实现并行运算的。我们用interleave、merge、either这几种方式来同时处理两个Stream
对于data.frame大家应该很熟悉，它可以存储不同数据类型的向量数据。今天给大家介绍一个升级版的data.frame，其不仅可以存储不同数据类型还可以进行多列的并行运算。包的安装我们就不再赘述了（install.packages(“data.table”)）。
好久不见。有一年了。 很久没有更推文了，我的错。额，进入正题吧。到了年底，很多App都会放出“你今年听了多少歌”、“你今年看了多少帖子”、“你今年剁手了多少次”等等的用户数据，并在其中进行较多的数据挖
分享一篇AAAI 2021录用论文：YOLObile: Real-Time Object Detection on Mobile Devices via Compression-Compilation Co-Design作者来自于美国东北大学、匹兹堡大学和William & Mary。
Python在处理大的数据集的时候总是速度感人。代码一旦开始运行，剩下的时间只好满心愧疚地刷手机。
关键时刻，第一时间送达！ 【CSDN 编者按】在数据科学领域，你最常用的编程语言是哪种？对此，不同职业背景下的开发者答案各尽不同，一般来说，Python 和 R 语言是需要重点掌握的，但是如今有一枝独秀悄然而至，其创作理念是像 Python 一样通用、像 R 语言一样适用于统计、像 Perl 一样适用于字符串处理、像线性代数 Matlab 一样强大、像 Shell 一样擅长粘合程序，且可以像 C 语言一样高效，它的名字叫做——Julia。如今，在面对 Python 俨然已成为数据科学和机器学习领域的中流砥柱
WPS只是WRF运用实际数据模拟的准备过程，这就好比开车要先上车。讲完前处理过程之后 WRF模式之WPS的配置运行，就要开始模拟了。
好久不见，我叫阿Q，是CPU一号车间的员工。我所在的CPU有8个车间，也就是8个核心，咱们每个核心都可以同时执行两个线程，就是8核16线程，那速度杠杠滴。
本文原来只计划直接翻译OptaPlanner官网一篇关于SolverManager下实时规划的博文《Real-time planning meets SolverManager》，但在翻译过程中，发现该文仅从具体的技术细节上描述使用SolverManager及其相关接口实现在批量规划过程中的实时响应。因此，只能对具体使用OptaPlanner的开发人员有一定帮助，对于相关的业务分析和决策人员关注的适用场景，该文并未作深入描述；因而，未能从业务场景到工程实践的角度和过程，来描述批量规划与实时规划的实用意义。
一个老工具，2011 发表于Bioinformatics，目前引用1018次。因为需要用所以看了一下原文。
随着其功能的不断优化与扩充，pandas已然成为数据分析领域最受欢迎的工具之一，但其仍然有着一个不容忽视的短板——难以快速处理大型数据集，这是由于pandas中的工作流往往是建立在单进程的基础上，使得其只能利用单个处理器核心来实现各种计算操作，这就使得pandas在处理百万级、千万级甚至更大数据量时，出现了明显的性能瓶颈。
随着全基因组选择统计模型的不断改进优化，模型的稳定性及准确性不断提高，但是依然面临两个重要的挑战，即计算准确性和计算效率；直接法(GBLUP为代表)计算效率较高，但是计算准确性略差于间接法(BayesB为代表)，虽然学者对直接法进行了改进，但是由于改进的策略中人为设定参数较多，因此模型的预测准确性受主观因素影响较大；间接法计算准确性较高，但是由于参数求解过程中计算量庞大，且无法实现并行运算，而育种讲求时效性，所以难以高效指导育种实践；因此，如何优化模型，尽可能减少人为设定参数，与机器学习方法有效结合，并融入高效可并行运算，既能保证较高准确性的同时，大大提升计算效率，是未来全基因组选择模型优化的方向。
实例中定义了两个数字data1, data2，一个是普通的int类型，一个是int32指针，data1用简单的++运算符递增，data2用atomic.AddInt32()方法递增。
众所周知，当我们利用R语言处理大型数据集时，for循环语句的运算效率非常低。有许多种方法可以提升你的代码运算效率，但或许你更想了解运算效率能得到多大的提升。本文将介绍几种适用于大数据领域的方法，包括简
转载于36大数据，原文作者：Selva Prabhakaran 译者：fibears
代码见：https://cs.adelaide.edu.au/~tjchin/apap/ 详细代码论文
画图分析 程序员要做的，将任务添加到队列；队列按照程序员指定的方式，调度任务。执行任务的方法：同步/异步 同步：一个任务没有结束，就不会执行下一个任务 异步：不用等待任务执行完毕，就会执行下一个任务
看一下Julia官网上的Benchmark，Julia综合速度，是R语言的42倍，是Python的15倍，是Java的3倍，是Fortran的1倍，和C语言速度不相上下。
scalaz-stream-fs2是一种函数式的数据流编程工具。fs2的类型款式是：Stream[F[_],O]，F[_]代表一种运算模式，O代表Stream数据元素的类型。实际上F就是一种延
PyTorch是一个开源的Python机器学习库，其前身是著名的机器学习库Torch。2017年1月，由Facebook人工智能研究院（FAIR）基于Torch推出了PyTorch，它是一个面向Python语言的深度学习框架，不仅能够实现强大的GPU加速，同时还支持动态神经网络，这是很多主流深度学习框架比如Tensorflow等都不支持的。PyTorch既可以看作加入了GPU支持的numpy，同时也可以看成一个拥有自动求导功能的强大的深度神经网络。除了Facebook外，它已经被Twitter、CMU和Salesforce等机构采用。作为经典机器学习库Torch的端口，PyTorch 为 Python 语言使用者提供了舒适的深度学习开发选择。
fs2的多线程编程模式不但提供了无阻碍I/O（java nio）能力，更为并行运算提供了良好的编程工具。在进入并行运算讨论前我们先示范一下fs2 pipe2对象里的一些Stream合并功能。我
对于 OTU 矩阵这样稀疏的组成数据，我们往往会用专门的统计方法来计算其相关性，进行网络分析，一般最常用的就是 SparCC，但其性能限制了高维数据集交互网络的计算。FastSpar 在 SparCC 算法的基础上进行改进，用 C++ 将算法重写，使其更为高效且支持并行运算。与 SparCC 相比，FastSpar 的运算结果几乎相同，同时可将计算时间减少 2-3 个数量级，并且占用内存更少。
大家好我是费老师，geopandas作为我们非常熟悉的Python GIS利器，兼顾着高性能和易用性，特别是在其0.12.0版本开始使用全新的shapely2.0矢量计算后端后，性能表现更是一路狂飙。
本地计算机是4核i5处理器，并发运行1w个协程，看到下面的执行结果，和大家预期的一样吗？
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