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BrainStat:一个用于全脑统计和多模态特征关联的工具箱

神经影像数据分析和解释需要结合多学科的共同努力,不仅依赖于统计方法,而且越来越多地依赖于与其他脑源性特征相关的关联,如基因表达、组织学数据、功能和认知结构。在这里,我们介绍了BrainStat,它是一个工具箱,包括(i)在体素空间和皮层空间的神经影像数据集中的单变量和多变量线性模型,以及(ii)死后基因表达和组织学的空间图谱,基于任务的功能磁共振成像元分析,以及几个常见静息态功能磁共振成像大脑皮层模板在内的多模态特征关联。统计和特征关联结合成一个关键的工具箱简化了分析过程并加速了跨模态研究。工具箱用Python和MATLAB实现,这两种编程语言在神经影像和神经信息学领域中广泛使用的。BrainStat是公开提供的,并包括一个可扩展的文件。

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建立脑影像机器学习模型的step-by-step教程

机器学习的日益普及导致了一些工具的开发,旨在使这种方法的应用易于机器学习新手。这些努力已经产生了PRoNTo和NeuroMiner这样的工具,这并不需要任何编程技能。然而,尽管这些工具可能非常有用,但它们的简单性是以透明度和灵活性为代价的。学习如何编程一个机器学习管道(即使是一个简单的)是一个很好的方式来洞察这种分析方法的优势,以及沿着机器学习管道可能发生的扭曲。此外,它还允许更大的灵活性,如使用任何机器学习算法或感兴趣的数据模式。尽管学习如何为机器学习管道编程有明显的好处,但许多研究人员发现这样做很有挑战性,而且不知道如何着手。

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