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在Python中绘制聚类图
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我已经有了一种聚类我的图的方法，所以聚类的过程不是这里的问题。我想做的是，一旦我们对所有节点进行聚类-在Python中绘制聚类图，如下所示：我研究了networkx、igraph和graph-tool，但它们似乎完成了聚类，而不是绘图。我应该使用什么库来绘制已经聚集的图，这将最小化交叉链接的数量，有什么想法和主张吗？
浏览 6提问于2013-05-22得票数 6
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我如何在Python中进行分层聚类(在本例中是针对基因表达数据)，以显示基因表达值矩阵和树状图？我的意思是像下面这样的例子：
如何在Python中使用numpy/scipy或其他工具执行此操作？编辑:很多人建议使用聚类包，但我仍然不确定如何绘制上面在Python中链接的图像。
浏览 0提问于2010-06-05得票数 3
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在Python中，如何将树状图绘制在值矩阵的顶部，并适当地重新排序以反映聚类？下面是一个示例：
我使用scipy.cluster.dendrogram制作树状图，并对数据矩阵执行分层聚类。那么，我如何将数据绘制为矩阵，其中行已被重新排序，以反映在特定阈值下切割树状图所导致的聚类，并使树状图与矩阵一起绘制？我知道如何在scipy中绘制树状图，但不知道如何绘制数据的强度矩阵，并在其旁
浏览 5提问于2010-06-06得票数 51
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我需要对Brown聚类、图划分、聚类进行一些实验。2)是否可以在Mac上为集群安装图形界面？4)我可以在几个小时内学到的用于聚类的其他软件？
谢谢
浏览 0提问于2015-05-31得票数 3
我正在尝试使用python Sea born包绘制集群图但图像似乎不是这样的data‘’character‘= 'A'，'B'，'B'，'C'，'C’如果聚类图的顺序与我的数据帧的顺序相同但事实并非如此
如何才能使聚类映射顺序与数
浏览 2提问于2018-03-06得票数 0
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我想写代码来绘制一个树状图在python。有没有一种简单的方法。我已经编写了标识点数据集中的聚类的代码，并希望生成一个树状图，以显示每次迭代产生的聚类的数量
并在第二次迭代中进行2个聚类
那么，如果我使用scipy树状图，我将如何将其转换为链接格式？
浏览 0提问于2012-03-11得票数 9
我使用的是完全相同的图，但我得到了一个错误。代码cl = g.community_spinglass()File "/Library/Python/2.7/site-packagesigraph.InternalError: Error at clustertool.cpp:286: Cannot work with unconnected graph, Invalid value
我确实有边和顶点，并且相同的图可
浏览 4提问于2015-12-29得票数 1
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我已经实现了一个算法来解决图中的聚类问题。我使用python库"python- graph“来表示图形。现在，在我的计算的每一步(算法是迭代的)，我必须绘制树状图的一部分。实际上，该算法是分裂的，因为从原始图开始计算聚类。现在，我不知道用什么来绘制树状图(有人建议使用PIL，但我正在寻找简单的东西，我不知道如何使用PIL)……你能给我一些建议，并告诉我如何用它来进行绘图吗？注意:我读了其他问题，但似乎所有问题都使用了自动计算
浏览 5提问于2011-06-26得票数 8
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我正在考虑使用马尔可夫聚类算法，然而，我想伸出手看看这是否是最好的使用。亲缘关系的传播呢？在这两种情况下，工作流是什么？您是否通常有一种方法来衡量结果的聚集程度。有相当于剪影的分数吗？
浏览 0提问于2015-01-28得票数 6
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我有以下热图的示例图像(我现在有数百个这样的images...for，以后会增长)：
用我的人眼，我会说heatmap1，3和4是相似的，或者3和4是最相似的，我不确定我希望能够根据模式和强度将最相似的热图图划分成不同的组。
例如，中的每个heatmap包含24行和5列(行表示时间，列表示功能)。每列中的每一种颜色代表一个介于0到1之间的数字。与其他热图相比，第1列中用于heatmap 3和4的模式和强度更相似。但是，我不想看每一列，而是要比较每个热图的总体模式和强
浏览 10提问于2017-05-11得票数 0
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使用python的networkx库，可以从图G中提取k核，但是否可以提取某个k的所有k核？我想做图聚类，我的想法是为k的大值提取k核，并定义这样的集群。
浏览 2提问于2014-02-26得票数 4
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就像只使用聚类算法的分组部分一样，我一直在尝试使用阈值，但是在不会形成循环集群的情况下，它不会产生好的结果。
📷
浏览 0提问于2019-02-11得票数 3
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我有一组大小不同的9张有向图，我想使用图聚类来创建一个树状图，说明它们的结构相似性，类似于在NetConfer网络比较工具中所做的工作。据我所读，图核似乎是一种公认的量化图之间相似性的方法，而包图核使得许多图核方法在R ()中可用。该包承诺“使用由包计算的内核矩阵，我们可以轻松地执行诸如classifi阳离子、回归和对图结构样本的聚类等任务”1。
但是，我不知道如何通过聚</
浏览 1提问于2020-06-24得票数 0
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我需要构建一个交互式聚类图。理想情况下，当用户在集群中放大时，会在一定的缩放级别上分裂成更小的集群。任何建议都很感激。
浏览 0提问于2021-09-08得票数 1
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相似矩阵上的图和热图
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我已经为数据的成对比较计算了一个相似矩阵，我希望使用分层聚类和热图来可视化数据。热图不是一个问题，但是对于分层聚类，它似乎是对我的相似性矩阵做了一个距离矩阵(如果有变化，我将使用包aheatmap )，然后进行聚类。什么是最好的方法来指定它已经是一个基于数据的相似矩阵和聚类，就在热图的旁边？
谢谢!
浏览 1提问于2018-04-06得票数 1
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聚类多网络
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我在寻找网络中的社区检测方法。例如，如果我有一个由100人组成的网络(每个节点都是一个人)，那么如何集群节点呢？将这些人分组的最佳方法是什么？我知道这个问题很开放，但我只是在寻找一个正确的方向。
浏览 0提问于2017-04-06得票数 0
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给定python中的任意有向图DG，是否可以优雅地使其成为无向图？(这都是关于networkx库的)。
我试图计算一些统计数据，如平均聚类、三角形数等等。然而，这些都是为无向图定义的，所以我想知道把有向图转换成无向图是否很简单。
浏览 5提问于2016-03-30得票数 0
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我正在尝试运行python脚本来生成热图和聚类树状图。但我收到一条错误信息说：我是linux和python的新手
浏览 0提问于2015-11-04得票数 2
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