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Pytorch 使用 nii数据做输入数据操作

使用pix2pix-gan做医学图像合成的时候,如果把nii数据转成png格式会损失很多信息,以为png格式图像的灰度值有256阶,因此直接使用nii的医学图像做输入会更好一点。...先来了解一下pytorch中读取数据的主要途径——Dataset类。在自己构建数据层时都要基于这个类,类似于C++中的虚基类。...return ConcatDataset([self, other]) 根据自己的需要编写CreateNiiDataset子类: 因为我是基于https://github.com/junyanz/pytorch-CycleGAN-and-pix2pix...seg_name).get_data() seg = np.array(seg) np.save(saveseg_path + str(seg_name).split('.')[0] + '.npy 以上这篇Pytorch...使用 nii数据做输入数据操作就是小编分享给大家的全部内容了,希望能给大家一个参考。

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    【深度学习】Pytorch 教程(十一):PyTorch数据结构:4、张量操作(2):索引和切片操作

    torchaudio pytorch-cuda=12.1 -c pytorch -c nvidia 三、PyTorch数据结构 1、Tensor(张量)   Tensor(张量)是PyTorch中用于表示多维数据的主要数据结构...,类似于多维数组,可以存储和操作数字数据。...这些操作函数能够高效地利用GPU进行并行计算,加速模型训练过程。 1....】Pytorch教程(九):PyTorch数据结构:3、张量的统计计算详解 4、张量操作 1....张量变形 【深度学习】Pytorch教程(十):PyTorch数据结构:4、张量操作(1):张量变形 2. 索引   在PyTorch中,可以使用索引和切片操作来访问和修改张量的特定元素或子集。

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    PyTorch模型微调实例

    __version__ Out[1]: '1.0.0' Fine tuning 模型微调 在前面的介绍卷积神经网络的时候,说到过PyTorch已经为我们训练好了一些经典的网络模型,那么这些预训练好的模型是用来做什么的呢...PyTorch里面提供的经典的网络模型都是官方通过Imagenet的数据集与训练好的数据,如果我们的数据训练数据不够,这些数据是可以作为基础模型来使用的。 为什么要微调 1....新数据集比较小和原始数据集合差异性比较大,那么可以使用从模型的中部开始训练,只对最后几层进行fine-tuning 3....新数据集比较小和原始数据集合差异性比较大,如果上面方法还是不行的化那么最好是重新训练,只将预训练的模型作为一个新模型初始化的数据 4....固定层的向量导出 PyTorch论坛中说到可以使用自己手动实现模型中的forward参数,这样看起来是很简便的,但是这样处理起来很麻烦,不建议这样使用。

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    【colab pytorch】保存模型

    保存模型总体来说有两种: 第一种:保存训练的模型,之后我们可以继续训练 (1)保存模型 state = { 'model': model.state_dict(), 'optimizer':optimizer.state_dict...(), 'epoch': epoch } torch.save(state, path) model.state_dict():模型参数 optimizer.state_dict():优化器 epoch...:保存epoch,为了可以接着训练 (2)恢复模型 checkpoint = torch.load(path) model.load_state_dict(checkpoint['model']) optimizer.load_state_dict...(checkpoint['optimizer']) start_epoch = checkpoint['epoch']+1 第二种:保存测试的模型,一般保存准确率最高的 (1)保存模型 这时我们只需要保存模型参数就行了...torch.save(model.state_dict, path) (2)恢复模型 model.load_state_dict(torch.load(path))

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    pytorch中读取模型权重数据、保存数据方法总结

    pytorch中保存数据策略在长时间的深度训练中有很大的作用,我们可以通过保存训练好的权重,然后等到下次使用的时候再取出来。另外我们也可以通过迁移学习使用别人训练好的数据进行训练。...pytorch保存数据 pytorch保存数据的格式为.t7文件或者.pth文件,t7文件是沿用torch7中读取模型权重的方式。而pth文件是python中存储文件的常用格式。...pytorch读取数据 pytorch读取数据使用的方法和我们平时使用预训练参数所用的方法是一样的,都是使用load_state_dict这个函数。 下方的代码和上方的保存代码可以搭配使用。...读取的方法汇总,但是要注意,在使用官方的预处理模型进行读取时,一般使用的格式是pth,使用官方的模型读取命令会检查你模型的格式是否正确,如果不是使用官方提供模型通过下面的函数强行读取模型(将其他模型例如...pytorch模型([0-255,BGR]),我们可以使用: model_dir = '自己的模型地址' model = VGG() model.load_state_dict(torch.load(model_dir

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    Pytorch基础】线性模型

    线性模型 一般流程 准备数据集(训练集,开发集,测试集) 选择模型(泛化能力,防止过拟合) 训练模型 测试模型 例子 学生每周学习时间与期末得分的关系 x(hours) y(points) 1 2 2...设计模型 观察数据分布可得应采用线性模型: \hat y = x * w + b 其中 \hat y 为预测值,不妨简化一下模型为: \hat y = x* w 我们的目的就是得到一个尽可能好的...使模型的预测值越 接近 真实值,因此我们需要一个衡量接近程度的指标 loss,可用绝对值或差的平方表示单 g 个样本预测的损失为(Training Loss): loos = (\hat y - y...因此,对于多样本预测的平均损失函数为(Mean Square Error): MSE = \frac{\sum_{i=0}^{n}(\hat y_i - y_i)^2}{n} # 定义模型函数 def...mse_list.append(loss_sum / len(x_data)) 具体实现 import numpy as np import matplotlib.pyplot as plt # 准备数据

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    【colab pytorch模型定义

    其实只是模型的话还是很好弄的,按照别人的模型,舔砖加瓦。...torch.nn.functional.normalize(X) # L2 normalization 3、多卡同步BN 当使用 torch.nn.DataParallel 将代码运行在多张 GPU 卡上时,PyTorch...的 BN 层默认操作是各卡上数据独立地计算均值和标准差,同步 BN 使用所有卡上的数据一起计算 BN 层的均值和标准差,缓解了当批量大小(batch size)比较小时对均值和标准差估计不准的情况,是在目标检测等任务中一个有效的提升性能的技巧...model.modules() 会迭代地遍历模型的所有子层,而 model.children() 只会遍历模型下的一层。...# 取模型中的前两层 new_model = nn.Sequential(*list(model.children())[:2] # 如果希望提取出模型中的所有卷积层,可以像下面这样操作: for layer

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    【小白学习PyTorch教程】一、PyTorch基本操作

    「@Author:Runsen」 什么是 PyTorchPyTorch是一个基于Python的科学计算包,提供最大灵活性和速度的深度学习研究平台。...], [2.2087e-01, 6.6702e-01, 5.1910e-01], [1.8414e-01, 2.0611e-01, 9.4652e-04]]) 直接从数据构造张量...张量运算 在下面的示例中,我们将查看加法操作: y = torch.rand(5, 3) print(x + y) 输出: tensor([[0.5429, 1.7372, 1.0293],...和 NumPy的转换 NumPy 是Python 编程语言的库,增加了对大型、多维数组和矩阵的支持,以及对这些数组进行操作的大量高级数学函数集合。...接下来在这个 PyTorch 教程博客上,让我们看看PyTorch 的 AutoGrad 模块。 AutoGrad 该autograd包提供自动求导为上张量的所有操作

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    PyTorch 实战(模型训练、模型加载、模型测试)

    本次将一个使用Pytorch的一个实战项目,记录流程:自定义数据集->数据加载->搭建神经网络->迁移学习->保存模型->加载模型->测试模型 自定义数据集 参考我的上一篇博客:自定义数据集处理 数据加载...好吧,还是简单的说一下吧: 我们在做好了自定义数据集之后,其实数据的加载和MNSIT 、CIFAR-10 、CIFAR-100等数据集的都是相似的,过程如下所示: * 导入必要的包import torch...from torch import optim, nn import visdom from torch.utils.data import DataLoader加载数据 可以发现和MNIST 、CIFAR...pytorch保存模型的方式有两种: 第一种:将整个网络都都保存下来 第二种:仅保存和加载模型参数(推荐使用这样的方法) # 保存和加载整个模型 torch.save(model_object...model.pkl则是第一种方法保存的 [在这里插入图片描述] 测试模型 这里是训练时的情况 [在这里插入图片描述] 看这个数据准确率还是不错的,但是还是需要实际的测试这个模型,看它到底学到东西了没有

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    pytorch随机采样操作SubsetRandomSampler()

    这篇文章记录一个采样器都随机地从原始的数据集中抽样数据。抽样数据采用permutation。...生成任意一个下标重排,从而利用下标来提取dataset中的数据的方法 需要的库 import torch 使用方法 这里以MNIST举例 train_dataset = dsets.MNIST(root...补充知识:Pytorch学习之torch—-随机抽样、序列化、并行化 1. torch.manual_seed(seed) 说明:设置生成随机数的种子,返回一个torch....torch.load('tensors.pt', map_location={'cuda:1':'cuda:0'}) 11. torch.get_num_threads() 说明:获得用于并行化CPU操作的...OpenMP线程数 12. torch.set_num_threads() 说明:设定用于并行化CPU操作的OpenMP线程数 以上这篇pytorch随机采样操作SubsetRandomSampler(

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    Pytorch-张量形状操作

    reshape 函数 transpose 和 permute 函数 view 和 contigous 函数 squeeze 和 unsqueeze 函数 在搭建网络模型时,掌握对张量形状的操作是非常重要的...网络层与层之间很多都是以不同的 shape 的方式进行表现和运算,我们需要掌握对张量形状的操作,以便能够更好处理网络各层之间的数据连接,确保数据能够顺利地在网络中流动,接下来我们看看几个常用的函数方法...reshape 函数 reshape 函数可以在保证张量数据不变的前提下改变数据的维度,将其转换成指定的形状,在后面的神经网络学习时,会经常使用该函数来调节数据的形状,以适配不同网络层之间的数据传递。...在 PyTorch 中,有些张量是由不同的数据块组成的,它们并没有存储在整块的内存中,view 函数无法对这样的张量进行变形处理,如果张量存储在不连续的内存中,使用view函数会导致错误。...函数使张量在内存中连续存储 contiguous_tensor = tensor.contiguous() 使用 transpose 函数修改形状或者 permute 函数的处理之后,就无法使用 view 函数进行形状操作

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    深度学习模型加速:Pytorch模型转TensorRT模型

    目前常用的深度学习模型加速的方法是:将pytorch/tensorflow等表示的模型转化为TensorRT表示的模型pytorch和tensorflow我们了解,那么TensorRT是什么呢?...https://github.com/xy-guo/MVSNet_pytorch 是一个直接将 Pytorch 模型转换为 TensorRT 模型的库,但是不能保证所有的模型的都能转换成功,比如本文所转换的...在这种情况下,可以参考如下解决手段: 在数据准备阶段将数据转换好,从而在模型中移除该操作。...onnx-simplifier是一个对ONNX模型进行简化的工具,我们前面转换得到的ONNX模型其实是非常冗余的,有一些操作(比如IF判断)是不需要的,而这些冗余的部分在接下来的ONNX->TensorRT...至此,模型转换部分全部结束。 5、模型推断(Inference) 这部分我们要使用转换得到的.trt模型进行Inference,要解决的任务就是:如何加载该模型,输入测试数据并得到对应的输出。

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