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批量运行多个R脚本

一个小技巧分享,假如有人写了很多绘图脚本,比如文献:《Preoperative immune landscape predisposes adverse outcomes in hepatocellular...里面就有很多R代码 : 代码文件很多 如果把这些R代码文件一个个打开,然后一个个运行,工作量也不小,所以我们推荐一个技巧: fs=list.files('..../',pattern = '*.R$') fs lapply(fs, function(x){ print(x) source(x) }) 这个技巧有一个小问题,就是有一些脚本可能是缺包或者里面有小...其实理论上应该是在运行每个脚本的时候加上try catch,不过咱们的目标是批量运行每个代码并且保证成功,所以跳过那些运行失败的解决不了问题,反而应该是勇往直前解决问题。...,然后批量运行成功为止。

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批量运行多个R脚本代码

今天,我们利用健明老师推荐的批量运行多个R脚本代码,见证一下该代码的优势。...patients with liver transplantation》的 GitHub (https://github.com/sangho1130/KOR_HCC) ,我们发现其共包含19个R脚本...然后,我们一个一个打开脚本检查了一下其所用到的R包,下载好所要用到的所有R包。但是在下载R包过程中我们发现RGtk2和rsgcc这两个包一直报错,没有解决掉这个问题。...所以,我们把包含这两个包的5个脚本剔除,把剩下的14个R脚本进行批量运行。 #这两个R包下载失败了,如果你们下载成功了,也欢迎分享以下方法!.../',pattern = '*.R$') fs lapply(fs, function(x){ print(x) source(x) }) #正常运行结果 [1] "Figure_1A.R

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    批量运行多个R脚本并打印运行状态

    曾老师曾经有一篇推文《批量运行多个R脚本》,介绍了批量运行R脚本的思路,同时也提出了一些问题,今天就这个学徒作业,我们来探究一下。 首先前往github[1]下载R脚本。...打开以后可以发现这里有19个R脚本,如果把这些R代码文件一个个打开再运行,无疑增加了很多工作量。...实测在我的R环境下,运行到第3个代码遇到了报错,此时Fig 1A和Fig 1B的结果已经产生。 这个时候我们希望脚本继续运行,同时打印各个脚本运行情况。...我们参考教程R语言tryCatch使用方法:判断Warning和Error[2]和中断运行 r 忽略报错 继续运行[3](这个教程中的代码有些问题,需要自己修改调试),使用「tryCatch」来解决这个问题...,再用for in循环依次执行tryCatch,依次运行每一个脚本,如果运行过程中有warning,就会提示「warning @ 脚本名 @ warning的具体内容」,如果运行中有error,就会提示

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    新加坡服务器上如何实现自动脚本运行

    在新加坡服务器运行脚本涉及几个关键步骤,包括连接到服务器、上传脚本、配置环境以及实际执行脚本。以下是详细的步骤指南,适用于Linux服务器:1....上传脚本使用SCP上传脚本如果脚本在本地机器上,可以使用SCP(Secure Copy)将脚本上传到服务器。...运行脚本赋予脚本执行权限确保脚本有执行权限。chmod +x /remote/path/to/your-script.sh运行脚本直接运行脚本。...其他工具screen 或 tmux:用于在断开SSH连接后继续运行脚本。nohup:让脚本在后台运行,即使关闭终端也不会中断。...sh复制代码nohup /remote/path/to/your-script.sh &通过这些步骤,你可以在新加坡服务器上成功上传、配置和运行脚本。确保按照脚本要求配置环境,以确保脚本运行顺利。

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    后台运行python脚本

    在Linux系统中,可以使用nohup命令将一个进程放到后台运行,并将该进程的输出重定向到一个文件中。以下是在后台运行Python脚本的步骤: 打开终端,并进入Python脚本所在的目录。...输入以下命令: nohup python script.py > output.log & 其中,script.py是要运行的Python脚本的文件名,output.log是输出日志的文件名。...&符号表示将该命令放到后台运行,nohup命令可以保证即使关闭终端,该进程也能继续运行。 执行完上述命令后,可以关闭终端。...Python脚本将在后台继续运行,同时将输出重定向到output.log文件中。 如果需要停止后台运行的Python脚本,可以使用ps命令查找进程ID,然后使用kill命令停止该进程。

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    Java中运行shell脚本

    exceShell(String pathOrCommand) { List result = new ArrayList(); try { // 执行脚本...(参数为脚本路径) 参数为脚本路径,脚本内容就不贴了 ShellUtils.exceShell("/opt/project/firewalld_status.sh"); package com.example.portinterpretationplugin.utils...br.close(); } catch (Exception e) { e.printStackTrace(); } return result; } } 前提是:你的脚本有权限去运行...,即在linux上有权限去运行,否则不通; 如果不满足,如果不满足,下下策为执行脚本之前先执行以下赋予权限的命令 ,在执行你的命令 ShellUtils.exceShell("chmod -R 777...(在jar包里) (1)复制sh到操作系统的某个目录下(亲测,可用) 从jar包内复制文件到系统目录内_CBeann的博客-CSDN博客_java将jar包中文件复制到 (2)用方式二执行脚本

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    R语言入门系列之三:R脚本

    写好的R语言程序一般保存为R脚本,这样在以后完成相似数据处理任务时可以方便地直接调用。...在linux系统命令行,我们可以使用“Rscript”命令来调用运行写好的程序,并添加一些必须的命令行参数;在Windows系统的Rstudio中,可以使用source()函数来调用写好的R脚本。...我们可以直接在R运行上面程序然后使用这个函数,也可以保存为R脚本然后使用source()函数调用。...: 5命令行参数 当在Linux系统命令行运行R脚本时,可以使用commandArgs()设置命令行参数来增强脚本的适用性,我们可以通过下面脚本来查看R语言命令行参数设置规则: Args <- commandArgs...在Linux系统命令行运行结果如下所示: 可以发现,前五个为R内置参数,用户输入参数从第6个开始,R脚本中的命令行参数的使用示例如下所示: 如果想忽略R内置参数,则可以如下设置: Args <- commandArgs

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    使用expect运行动态脚本(r6笔记第19天)

    ,所以单纯使用ssh来执行命令,第4,5步就没法完成,这个时候我们可以有几种思路来做,一种是通过连接工具录制脚本,比如secureCRT录制一段脚本,操作一遍之后,以后每次执行就需要重放脚本即可。...如果受到工具的限制,或者觉得录制脚本也不够动态,比如有100台服务器,我们就需要录制100个脚本,查找,运行相比而言工作量还是不少,这个时候我们可以使用Linux中的expect命令来DIY expect...我们假设下面的脚本为test.sh 需要在脚本前声明 #!..."uname -a \r" send "sqlplus -v \r" send "exit \r" send "exit \r" expect eof 运行命令 ...."uname -a \r" send "cat /etc/hosts|grep `hostname` \r" send "sqlplus -v \r" interact 命令的运行结果如下: spawn

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