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我是R和计算生物学的新手。我正在尝试查看已发布的数据集，以便为我自己的项目检查基因表达。我很难找到教我如何从GEO NCBI数据库中分析R上的单细胞RNA测序数据的材料。
这是我试图访问的数据
如果您对教程有任何指导或建议，我将非常感谢。
谢谢!
浏览 12提问于2020-04-14得票数 0
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我一直在开发一个用于单细胞RNA-seq分析的R软件包，我使用的函数之一是通过n个基因来计算给定的m细胞矩阵的余弦不同矩阵。我编写的函数如下：
CosineDist <- function(input = NULL) {
if (is.null(input)) { stop("You forgot to provide an input matrix") }
dist_mat <- as.dist(1 - input %*% t(input) / (sqrt(rowSums(input^2) %*% t(rowSums(input^2)))))
retu
浏览 0提问于2020-09-05得票数 0
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我想问一个问题，在寻找了一段时间，但没有找到答案。这与单细胞RNA测序数据分析有关.
是否有可能创造一个小提琴图，在X轴上有基因，Y轴上有归一化表达，而不是X轴上的簇或细胞类型，Y轴上有基因，而选择分析的细胞是用户定义的？
例如，假设我有500个细胞型"A“，它们表达的遗传特征大致相似，但有几个基因是可变表达的。我能把基因表达想象成这500个细胞的小提琴图吗?基因位于X轴上，而不是每个基因的小提琴作图，因为我只看一种细胞类型？
谢谢你在这个问题上的任何想法！我也查看了scCustomize包，没有发现任何跳出我的任何东西，但这是完全合理的，我可能错过了一些东西！
浏览 11提问于2022-10-01得票数 0
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嗨，我正在使用公共数据pbmc来练习单细胞分析，我在这一点上被这个错误信息卡住了。刚从R开始，遇到困难，有人能给一个指针吗？非常感谢
山脊地块-从格格里奇。可视化每个集群中的单细胞表达式分布
代码: RidgePlot(pbmc3k.final，features = features，ncol = 2)
FetchData.Seurat中的错误(对象=对象，vars =功能，槽=槽)：找不到对象的特性
浏览 3提问于2022-08-11得票数 0
我希望由开发人员okugami79安装okugami79 github软件包。我为同样的脚本编写了以下脚本：
install.packages("githubinstall")
require(devtools)
library(githubinstall)
install_github('sentiment140', 'okugami79')
library(sentiment)
但它犯了一个错误：
安装失败:未能连接到raw.githubusercontent.com端口443:超时警告消息:不推荐用户名参数。请使用okugami79 79
浏览 4提问于2018-01-12得票数 0
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我使用R，但最近正在尝试在我的模型上实现控制工程中应用的模型预测控制，但与Matlab相比，R中似乎不存在这一领域，在Matlab中，很容易进行系统识别并创建可以部署在模型预测控制模块中的传递函数。有人知道去哪里看吗，或者在R中使用哪个包来构建MPC模型和传递函数？
浏览 2提问于2016-07-06得票数 1
我正在从事微软Azure的文本分析服务。它可以很好地从给定的非结构化文本中找到情感和关键词提取，但我更感兴趣的是从给定的文本中找出词性的一部分。有什么解决办法或实现这一目标的方法吗？
浏览 1提问于2015-07-15得票数 0
我在excel中有一个单元格，其中包含m:d:yyyy h:mm (单细胞)格式的时间戳。Excel将格式称为自定义格式。我如何提取组件？谢谢。
例如：
Timestamp
12/4/2012 0:32
...
会变成
Timestamp month day year hour minute
12/4/2012 0:32 12 4 2012 0 32
...
浏览 6提问于2012-12-04得票数 0
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如果您的最终目标是将Python用于数据科学，那么是否有必要从第一步学习Python？我在数据科学上经常使用R。但是，我是否可以通过研究其他数据科学问题及其Pythonic方法来充分地学习Python？
浏览 0提问于2016-08-30得票数 0
在包含多行的data.frame表达式中是否有添加单个单元格的解决方案？e.i
单细胞应该看起来像：
这是单行
在R数据帧中的表示
简单例子
浏览 1提问于2018-11-07得票数 0
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有人能帮我吗?如果我有一个由4个时间序列组成的多变量时间序列，其中一个是非文具的，需要差分才能使其成为文具，而其他的已经是文具了。我应该使用哪种类型的VAR模型？水平上的VAR还是差异中的VAR？如果我对整个多变量时间序列进行一次差分，并拟合某个VAR(p)，并找到一些预测，那么如何恢复到原始水平的预测，而不是差分序列的预测。另外，我如何检查协整？我在R工作，在R上的任何帮助都是值得的。谢谢
浏览 2提问于2014-01-28得票数 0
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如何检测pytest需要运行的测试？
到目前为止，我在CI中进行了所有的测试。太慢了。
难道没有一种方法可以自动检测哪些测试需要运行，并且只执行整个测试套件的一小部分？
背景:我正在读谷歌SE ( Google )的书，还读到了他们巨大的单细胞体，他们的工具火焰可以检测到哪些测试需要运行。听起来很酷。
浏览 9提问于2021-05-05得票数 7
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在Playfair密码中，我们创建一个具有指定密钥的5*5矩阵来加密明文。在创建矩阵的同时，将字母i、和 J连接成单细胞有什么具体原因，或者我们可以选择任意一对字母？
浏览 2提问于2017-02-08得票数 0
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我正在尝试在一个非常大的矩阵上做一些k-means聚类。
矩阵大约是500000行x4000个cols，但非常稀疏(每行只有几个"1“值)。
整个文件不适合内存，所以我把它转换成一个稀疏的ARFF文件。但是R显然不能读取稀疏的ARFF文件格式。我还有一个普通的CSV文件格式的数据。
在R中有没有包可以有效地加载这样的稀疏矩阵？然后，我将使用集群包中的常规k-means算法来继续。
非常感谢
浏览 0提问于2010-06-15得票数 9
2回答
我有一个很大(500k X 500k)的稀疏矩阵。我想知道它的主要组成部分(实际上，即使只计算最大的PC也可以)。随机化的PCA效果很好，除了它本质上是寻找协方差矩阵的特征向量，而不是相关矩阵。使用大型稀疏矩阵的协方差矩阵找到PCA的软件包有什么想法吗？最好是在python中，尽管matlab和R也可以工作。
(作为参考，向提出了类似的问题，但方法涉及协方差矩阵)。
浏览 1提问于2012-11-28得票数 3
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死代码:未使用的方法
Fortify正在发现lambda方法未被使用。例如:我有以下方法：getCountryCode，尽管它在许多地方都使用过，但fortify报告它是一种未使用的方法。
private List<String> getCountryCodeAsList(Map<Long, String> countryData, List<String> nationalityRestriction) {
return nationalityRestriction.parallelStream().filter(r -> !org.
浏览 1提问于2018-12-03得票数 3
我正在发出一个POST请求，将文件上传到我的服务器，并使用以下指令：
requests.post(url = 'https://foo/upload/', files=files)
如果我多次上传一个文件，那么第一次上传要花费很长时间，而其他的则要快得多。
我想用Python来分析请求中的每个包及其延迟，这样我就可以知道延迟是来自第一个包还是来自第一个请求的每个包。
对于GET请求，我执行了以下操作：
r = requests.get(path)
for chunk in r.iter_content(1024):
# Get packet info
r.close()
浏览 1提问于2020-04-15得票数 0
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Gephi中的动力学
、、、
我想做一个带有一些动态的社交网络分析图。我想要的动态是在某些日期，我希望节点改变颜色和标签，但我希望链接保持不变。在R中有一些做社交网络分析的包，比如igraph，igraph0，network和sna，但这些包在可视化方面相当有限。
我也尝试过Gephi，并在动态方面取得了一些成功，我可以让节点/链接在特定的时间点出现/消失。(如果人们愿意，可以给出代码)。但就我想要的动态而言，正如上面提到的，我在网上读到，目前gephi不能做这样的动态。
因此，我的问题是:会有一个gephi版本来实现这种动态吗?或者什么是最好的开源社交网络分析可视化软件来实现这种动态？
提前干杯
附注:我不确定这个问题的
浏览 1提问于2012-09-11得票数 1
4回答
用于数据分析的R
、、
我已经编程一年了，我对数据分析和机器学习非常感兴趣。我参加了几个在线课程，正在读几本书。
我所做的每一件事都使用R或Python，我正在寻找关于我是否应该专注于一种语言(如果是的话)还是同时使用这两种语言的建议；它们是相辅相成的吗？
--我应该提到，我在学校使用C#，但通过自学熟悉Python .
浏览 0提问于2013-01-03得票数 60
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R有许多针对数据分析(如JAGS、BUGS、ARULES等)的库，并在流行的教科书中被提到，如: J.Krusche，进行贝叶斯数据分析；B.Lantz，“机器学习与R”。
我已经看到了5TB的指南，将数据集视为大数据。
我的问题是:R是否适合在大数据问题中通常看到的数据量？在这样的数据集中使用R时是否使用策略？
浏览 0提问于2014-05-14得票数 55
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在运行dotnet sonarscanner实用程序向我们的sonarqube实例发送数据时，我得到了一个非致命异常。
在执行"dotnet sonarscanner end“命令时，抛出异常”分析失败，启动eslint-bridge的Node.js命令是:/usr/bin/Node.js /builds/app-namespace/app-name/.sonarqube/out/.sonar/.sonartmp/eslint-bridge-bundle/node_modules/eslint-bridge/bin/server 44002 java.lang.IllegalState
浏览 53提问于2019-07-26得票数 0
我在Stata (dta)文件中读取了R中的数据片段，如下所示：
short
# A tibble: 200 x 5
q4_1 q4_2 q4_3 q4_4 treatment_cur
<dbl+lbl> <dbl+lbl> <dbl+lbl> <dbl+lbl> <chr>
1 NA(z) NA(z) NA(z) NA(z) Contr
浏览 1提问于2020-09-11得票数 1
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有人能总结一下SBML是什么吗？这个首字母缩写代表什么，它的目的是什么？我听说它跟系统生物学和计算生物学有关？它用于什么类型的计算生物学？
浏览 64提问于2020-02-08得票数 2
我的问题在标题中有说明。我该怎么做呢？
我有一个开放的连接，我想“劫持”它并通过它发送我的自定义消息。根据我的理解，这是用套接字及其处理程序完成的。
任何语言都可以，但最好使用C#.NET。
谢谢
更新：到底想实现什么:我想为postgresql客户端实现一个保持生存的系统。这意味着打开postgresql数据库的所有连接，每5分钟查询一次数据库"select version()“，以保持连接正常。事情就是这样。主要是为了教育目的。
但我想用它来做任何连接。
有没有人？想法？什么都没有吗？
浏览 3提问于2010-04-30得票数 2
4回答
在R中使用NLP进行词干分析时，有没有办法获得基本单词而不是词根单词？
代码：
> #Loading libraries
> library(tm)
> library(slam)
>
> #Vector
> Vec=c("happyness happies happys","sky skies")
>
> #Creating Corpus
> Txt=Corpus(VectorSource(Vec))
>
> #Stemming
> Txt=tm_map(Txt, stemDocum
浏览 0提问于2011-07-12得票数 12
我在MATLAB R2014b上，有一个问题，我将用下面的例子来说明。
我们可以按以下方式或制作。
在路径上创建一个包文件夹+test，其中包含四个函数文件：
+test
a.m
b.m
c.m
d.m
a.m含量
function a
disp 'Hello World!'
b.m含量
function b
a
如果从命令行运行b，则必须先导入test包(import test.*)或运行test.b。
运行b将导致错误，因为函数b的作用域不包含函数a。我们必须进口它才能被使用。为此，我创建了c.m
function c
import test
浏览 2提问于2016-05-23得票数 7
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我需要一个好的词干算法为我正在工作的项目。有人建议我看看Porter Stemmer。当我查看Porter词干分析器的页面时，我发现它现在已被弃用，取而代之的是"Snowball“词干分析器。
我需要一个好的词干分析器，但我不能真的花大量的时间来实现(或优化)我自己的词干分析器。什么是最好的“现成”，免费获得的词干？有没有价格合理的非免费词干分析器？或者，雪球词干是我最好的选择吗？
浏览 2提问于2008-10-22得票数 7
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我正在编制一个程序来评估条件命题(~ or和-> <->)。当用户输入命题变量和真值(真、假)和命题时，程序将通过输入返回整个命题的真值。
如果设置p= true__，q= true__，r= false并输入：p或q和r。
我是否可以先将其切成q和r，然后处理并返回结果(即false)，然后处理下一个位(p或false)？而且它必须继续切割比特(按优先级的适当顺序)，并将它们放回去，直到我离开时，只有一个是真的还是假的。
- And what I'm I supposed to use to hold user input (array, strin
浏览 1提问于2019-02-23得票数 2
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有人知道如何阻止在我的Asp.Net项目的bin目录中构建特定于语言的文件夹吗？
我已经构建了许多不同的intranet应用程序，它们永远不需要多语言，系统管理员正在质疑是否存在不需要的文件夹。
我可以手动删除，但我不希望在一开始就部署它们。
bin- de es fr it ja ko ru zh-Hans zh-Hant
浏览 3提问于2014-11-15得票数 5
我现有的Flutter项目面临着一些问题，这个项目已经开发了很长一段时间。我无法将SDK升级到版本。1.22或更高版本。在这样的升级之后，整个项目都发出红色的光芒，显示出数百个错误。
我注意到这可能是IDE插件或SDK本身的问题。
例如: SizeTransition小部件的构造函数中有5个参数：
但是IDE告诉我只有3个：
它告诉我没有定义参数sizeFactor。IDE希望我提供Animation参数，而不是它。
我相信这是SDK或IDE插件的问题。我尝试过在Android Studio和VS Code中更新插件，但没有成功。
所有的1.22 SDK版本和1.
浏览 1提问于2020-09-25得票数 0
我有一个表视图中显示的ATM计数器的列表。但一开始我是指最近的自动取款机中心，也就是第一排的单一自动取款机中心。在第一个自动柜员机( UITablecell )的底部，有一个UIButton显示剩余的自动取款机中心。
我的问题是“如何在UIButton单击中显示剩余的表单元格”。请对此有个想法。
浏览 3提问于2017-06-13得票数 0
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3回答
我正在寻找一个开源项目，用多种语言进行术语提取。
我已经找到了，它很好。但是，它不能处理除英语以外的其他语言。
你知道任何支持更多语言的开源术语提取项目吗？
谢谢!
浏览 0提问于2010-12-30得票数 4
1回答
有人能告诉我如何让R正常显示所有人类语言吗？我的问题是，我有一个用欧盟所有语言编写的新闻文章标题的数据格式。糟糕的数据库设计注释到一边，我如何才能让R以其各自的语言显示每一行？
我读过，当将Sys.setlocale更改为一种语言时，这是有意义的，但是执行的最后一条命令是重要的。手动将数据库分离到每个语言桶中并为每种语言运行脚本是可能的，但我不想这样做。
感恩！
编辑：
R输入代码：
library(data.table)
library(XLConnect)
library(stringr)
library(stringi)
library(dplyr)
#load .xls
wb &
浏览 0提问于2018-11-19得票数 1
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我有3个分析组，共200个基因表达，分析前(16个样本)，一个月(16个样本)和分析后两个月(9个样本)。如何在R中分析这些数据？
这是我的数据示意图。
data = matrix(Group = c("AFT-1" , "AFT-2","BEF","AFT-1" , "AFT-2","BEF"),
Sample_code = c(10,10,10,11, 11, 11),
Sex = c("F","F","M","F","M&
浏览 0提问于2018-03-26得票数 0
1回答
我遇到了一个问题，我需要把非常简单的句子解析成BNF分析。我能够很容易地标记这些标记，并且有简单的句子起作用。然而，有几种情况下，可以应用约简规则，或者可能发生转移，而另一种减少可能发生。例如：
杰瑞德追着汤姆和曾傑瑞吃东西。
我有一条把名词连词减少为名词短语的规则，另一条把句子连词减少为复合句的规则。在“曾傑瑞”一词中，似乎自动假定句子是名词动词名词短语，而不是连接句，当遇到"ate“时会抛出一个错误，因为NP VP NP VP没有重写规则。
如果连词右边的单词是一个句子，它会把它解析为S CONJ S，但如果它不是，则被解析为NP VP NP？
编辑:为了澄清，下面是我的当前代码：
浏览 0提问于2018-04-19得票数 0
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当我?filter时，Rstudio让我选择：
Help on topic 'filter' was found in the following packages:
Linear Filtering on a Time Series
(in package stats in library C:/Program Files/R/R-3.5.3/library)
Return rows with matching conditions
(in package dplyr in library C:/Users/me/Documents/.checkpoint/2019-12-
浏览 0提问于2020-05-25得票数 3
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2回答
下面的文章解决了，问题的发生是由于对 公式的错误解释，强烈鼓励读者考虑页面：
我有以下奇怪的现象令我困惑！
我有一个分段恒定概率密度
using RandomGenType = std::mt19937_64;
RandomGenType gen(51651651651);
using PREC = long double;
std::array<PREC,5> intervals {0.59, 0.7, 0.85, 1, 1.18};
std::array<PREC,4> weights {1.36814, 1.99139, 0.29116, 0.039562}
浏览 4提问于2015-03-04得票数 8
我正在使用一个名为"Seurat“的R包进行单细胞RNA-Seq分析，我试图从插槽名'data‘中删除seuratobject (s4类)中的几个基因。这个对象中还有几个插槽，它们存储与插槽‘数据’相关联的信息。插槽‘数据’在行中有基因名，在列中有单元ID，其基因的表达值对应于矩阵中的每个单元。我希望根据唯一的基因名称删除整行，但在对象中保留结果。
示例：
Cell1 Cell2 Cell3
GeneA2 5 9 2
GeneA 3 1 0
GeneA1 2 1 3
我要删除矩阵中的行G
浏览 4提问于2018-01-10得票数 1
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3回答
我想知道是否有人找到了一个很好的包R分析眼睛跟踪数据？
我偶然发现了eyetrackR，但据我所知，没有可用的英语支持文档：
如果我需要的话，我会转到另一个处理眼睛跟踪数据的免费软件上，但我真的希望在R中有一些可以访问的东西。
想法？
干杯。
浏览 1提问于2014-02-24得票数 4
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在处理数据时，可能会发生许多可能更改结果的异常。例如，异常值、缺失值等。那么在这种情况下，有什么更好的工具来预处理数据呢？像MS这样的可视化工具，或者像R或Python这样的编程工具
浏览 0提问于2019-10-19得票数 0
2回答
我在客户机/服务器之间生成了一些通信，并使用tcpdump捕获了数据包。现在，我想要分析这些数据包，以测量延迟和一些其他信息，如任何数据包丢失或acks丢失。有没有办法做到这一点。我试着用perl编写脚本来分析它。有一个名为net::tcpdump的perl实现。但是文档并不是非常详细。我不知道如何提取时间戳。任何想法都将不胜感激。
浏览 0提问于2010-11-26得票数 0
1回答
我有一个权重变量，我想要应用到我的数据集，以便我有加权总和。在SPSS中，这已经足够简单了。但是，在R中，我将变量乘以weight变量来创建一个新变量，如下面的示例所示： https://stats.stackexchange.com/questions/210697/weighting-variable-based-on-another-variable 在R中有更复杂的权重应用方法吗？ 谢谢。
浏览 23提问于2020-03-29得票数 0
我正在试着把其他人的名字列在满足分数的下面。在我的例子中，它需要超过7，我使用=INDEX($B$2:$B$16, SMALL(IF($E$2<=$C$2:$C$16, ROW($B$2:$B$16)-MIN(ROW($B$2:$B$16))+1, ""), ROW(A1)))作为数组。
我得到的输出被困在了Test2上。我做错什么了。有更简单的方法吗？
浏览 0提问于2016-09-01得票数 0
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使用，我可以扫描java和C代码文件，但是C#文件没有被扫描。有人知道这是什么原因吗？fortify中是否有使其扫描C#文件的配置？请帮帮忙。提前感谢
浏览 4提问于2016-08-30得票数 0
2回答
我正在使用source('scriptname.R').在R中运行一个脚本
我想得到这个脚本的运行时间。
有人能告诉我我该怎么做吗？
浏览 4提问于2013-10-26得票数 6
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1回答
我们有35个间充质干细胞(MSCs)单细胞RNA-Seq数据，并希望比较不同培养条件(即缺氧和常氧)中基因表达的异质性。换句话说，我们希望确定在缺氧条件下比在常氧条件下更同质性的基因。
我知道如何使用R上的car包为单基因运行leveneTest (请参见下面的两个示例)。然而，我不知道如何同时运行所有5,834个基因的leveneTest。您能帮助我吗?请查看我们的数据，网址：
更重要的是，如何将所有5,834个leveneTest结果转换为包含两列的表？第一列是基因符号，第二列是P值。非常感谢。
setwd("/Volumes/TOSHIBA EXT/20170305_Levene
浏览 3提问于2017-04-05得票数 0
1回答
我正在处理一个通过单细胞RNA测序获得的表达矩阵，但我有一个问题与一位伙伴发给我的R代码有关。
sort(unique(1 + slot(as(data_matrix, "dgTMatrix"), "i")))
# there isn't more details in the code...
从理论上讲，这个函数是删除未表达的基因(如果在所有样本中都是零，它认为……)，但我不可能理解它，有人能给我一个提示吗？
浏览 1提问于2017-06-06得票数 0
在iOS中，您可以使用NSLinguisticTagger为几种不同的语言做词性标记，甚至对一个单词进行词性标注(比如认识到“go”是动词"to go“的一种形式)。
有没有类似的东西可以用于安卓开发，可以在几种不同的语言中使用，比如iOS？我知道像斯坦福NLP这样的东西，但它似乎只适用于有限的几种语言(英语+5种其他语言)，这对我的目的是不够的。另外，我甚至不确定它是否能在android上工作。(如果我错了，请纠正我)
它需要在不访问网络的情况下工作，因此它必须在不连接到服务的情况下在设备上执行所有操作。
我担心在我花费大量时间开发自己的变通方法之前，我的回答是“不”...but询问
浏览 4提问于2017-01-02得票数 1
在我的数据库里
Linetext1 \r\nLinetext2
然后，我提供了数据：
while($row = $result->fetch_assoc()) {
$mydata_array = $row['myrow'];
}
然后回声部分：
for ($i = 0; $i <5; ++$I){
echo $mydata_array[$i];
}
但它实际上是在textarea (和fpdf中) Linetext1 \r\nLinetext2 2中输出。我确实尝试过其他问题中建议的字符串替换。
echo (str_replace('\r\n
浏览 1提问于2016-02-17得票数 0
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