觉得jupyter+R挺配的，可以每块代码直接在下面输出结果，适合R语言学习。我觉得我就是因为这个工具+生信技能树的R语言入门教程而入门的R语言。当然，入门一门语言很可能不能靠一本书，而是需要多本书才能实现。
写在前面： 在如何通过Google来使用ggplot2可视化这篇文章中，我们曾经介绍过R语言在生物信息学中的重要性。 这篇文章也激发了很多小伙伴学习的热情。学习R语言必然会安装各种各样的包，很多人在这一步就遇到了困难， 刚开始学习R语言的时候我们经常会遇到各种包安装错误，比如 package ‘airway’ is not available(for R version 3.1.0)等等， 这篇文章我们就来系统性地整理一些新手可能遇到的问题以及解决方案。 当然，你不一定现在就会遇到，但是如果你遇到了，请记住
如果你的用户名不幸是中文的，那就必须改为英文，否则无法安装Rstudio,中文处理方法，参考
这个是R语言的控制台，Console的名词意思就是操作台、控制台，我们在Source里面写好的命令，点击运行后，都会在这个窗口中运行命令，并且显示结果。
不满意Jupyter Notebook只有Python 2环境，还打算让它支持Python 3与R？没问题，本文一步步帮助你实现这个愿望。
写在前面： 谨以此文献给那些“奋斗”在转发送别人资源，为了博人眼球，而践踏别人的辛勤的劳动成果的公众号们。 当然了，R包本来就是免费的，你只是不会下载而已，所以重新发下这篇优秀的文章，教大家如何解决R包安装问题。如果你使用了别人的R包，一定要在写文章的时候引用，尊重别人的劳动。 刚开始学习R语言的时候我们经常会遇到各种包安装错误，比如 package ‘airway’ is not available(for R version 3.1.0)等等， 这篇文章我们就来系统性地整理一些新手可能遇到的问题以及解决
这个时候，你无需理会你的服务器的R语言版本或者R包啦，因为你每次都会 conda activate r 激活你自己的R语言环境哦。我们在这个环境里面安装了 bioconductor的 singlecelltk和singlecellsignalr，因为它们本身就会依赖大量的其它R语言包，所以理论上这个时候你的这个 conda activate r 小环境，已经是比较好的可以用来做单细胞转录组数据分析的啦！
Note! 提醒大家一下，如果大家需要经常使用Bioconductor上的包进行生信分析的话，即使你是M1的用户，也推荐你选择intel版本的R
提示：R-project网站 https://www.r-project.org/
学习R语言最快的方式就是找代码、打代码。那么我们代码往哪里打呢，安装R软件中其实有很多需要我们注意的地方，比如路径不能有中文名什么的（这里我强烈建议大家的电脑用户名最好也是英文，自己的英文名什么的）等。
function()是创造函数的函数，括号里是形式参数，有默认值就写上，例如这里的m=2
一般来说， 假如大家有一些R包安装非常困难，或者某个数据分析的流程基于了一系列R包，我们会使用conda来安装R语言及其配套的R包，比如：singlecelltk和singlecellsignalr，很简单的几句话代码，主要是安装适合自己用户的R语言环境及相关的R包：
（原网址http://www.bio-info-trainee.com/3727.html）
R语言是用于统计分析，图形表示和报告的编程语言和软件环境。 R语言由Ross Ihaka和Robert Gentleman在新西兰奥克兰大学创建，目前由R语言开发核心团队开发。
函数与参数 形式参数与实际参数 形式参数99%可以删除 图片 命名新的函数 > jimmy <- function(a,b,m = 2){ + (a+b)^m + }。#命名jimmy这个函数，自己设置 m=2是默认值 > jimmy(a = 1,b = 2) [1] 9 > jimmy(1,2) #省略写法 [1] 9 > jimmy(3,6) [1] 81 > jimmy(3,6,-2) #更改m的值 有2改为-2 [1] 0.01234568 图片 复习：绘图函数plot() par(mfrow
如果你平常会用到Ubuntu、conda、R语言、Python、Julia， 那你肯定为安装各种包、库、软件而烦恼过！
1找到并打开打开R语言官网 2点击主页面上的download R 3在跳转的镜像界面，下拉选择中国的镜像，这里选择第一个清华大学地址。 4根据自己的操作系
plot绘图：当需要绘制 plot(iris[ ,1],col=iris[ ,5]) ;plot(iris[ ,2],col=iris[ ,5]) ; plot(iris[ ,3],col=iris[ ,5]) ; plot(iris[ ,4],col=iris[ ,5])时，可以自定义函数方便快捷的完成。
应后台有人询问Mac苹果版本的安装和更新，故写写mac版本R语言的安装。因用苹果版本的R语言已经有三个月，总体感觉非常NICE，相比于Windows版本，更喜欢MAC，运行速度较快。
默认参数是函数作者预先设置的，使用函数时不是所有参数都需要使用者指定，没指定的都使用默认值；
当我们使用服务器分析数据，我们使用miniconda，如果在自己的电脑上使用anaconda。Anaconda安装网上有很多教程，也可以在淘宝上买个安装服务（至少节省一上午时间）。
忽略提示。先从第一行开始，一行行run，每run一行观察左下角窗口的输出信息，没有关键词 error 且返回一个大于号 > 再run下一行
我不生产知识，我只是知识的搬运工，以下内容是源于 B站 – 徐州更 的安装教程：可能是最好的R语言安装指南哔哩哔哩bilibili
如上图所示：在Rgui和Rstudio中都遇到了一个问题，使用install.packages()出现错误，阅读error发现是无法连接到镜像的包集合中。其大概原因是因为镜像连接问题，无法下载R语言所需要的包。
r语言的包中，集成了众多函数，大大扩展了r的功能且降低了使用难度。本篇文章就来介绍r语言中包的两种安装方式：install.packages和从github安装包。
作者 CDA 数据分析师 数据科学家被认为是21世纪最性感也是最具发展前景的职业，目前有75%左右的数据科学家使用R语言，有35%左右的数据科学家将R语言作为首选统计分析工具。今天，我们来了解一下
生信技能树-数据挖掘课程笔记 函数与参数 #查看函数使用方法 ?rep() 函数的帮助文档： 函数分为形式参数和实际参数 形式参数由函数作者指定，使用者输入实际参数时可省略实际参数 函数的自定义 #自
提高下载安装包的速度。如下分别为bioconductor与CRAN选择了清华的镜像源
1.l[2] 返回的是列表 l 的第二个元素（注意，是一个长度为 1 的列表），而不是该元素所包含的对象。如果你想取出该元素所包含的对象，需要再加上一个 [[ ]]。
学生信为啥要学R语言：R语言拥有丰富的图表和Biocductor上面的各种生信分析R包。
生物R包网站Bioconductor-安装方式BiocManager::install("包名")
1.进入官方网址：https://www.r-project.org,点击download R
这一篇微信文章是2017年2月写的了，距离现在7年，语言生动有趣跟现在的风格还有点不一样，那时候曾老师竟然一个个回点评还用颜文字嘞，而且17年就自称老一辈的生信工程师（难道现在是木乃伊辈的生信工程师？），感觉好有趣，但是针对R的内容仍然非常准确。
R语言在使用 install.packages() 安装package的时候，默认会在官方的源（https://cran.rstudio.com/）搜索R包，然后下载到你的电脑或者服务器上。但是官方的源并不在中国，下载速度往往会受到很大的限制，因此当我们安装好R之后，第一步就应该是把R的安装源修改为国内的源（也称镜像，Mirror）。
R语言是统计领域广泛使用的诞生于1980年左右的[S语言]的一个分支。可以认为R是S语言的一种实现。而S语言是由AT&T贝尔实验室开发的一种用来进行数据探索、统计分析和作图的[解释型语言]。最初S语言的实现版本主要是S-PLUS。S-PLUS是一个[商业软件]，它基于S语言，并由MathSoft公司的统计科学部进一步完善。后来新西兰奥克兰大学的Robert Gentleman和Ross Ihaka及其他志愿人员开发了一个R系统。由“R开发核心团队”负责开发。R可以看作贝尔实验室（AT&T BellLaboratories）的RickBecker，JohnChambers和AllanWilks开发的S语言的一种实现。当然,S语言也是S-Plus的基础。所以,两者在程序语法上可以说是几乎一样的,可能只是在函数方面有细微差别,程序十分容易地就能移植到一程序中,而很多一的程序只要稍加修改也能运用于R。
哈喽，我是学习生物信息学的阿榜！非常感谢您能够点击进来查看我的笔记。我致力于通过笔记，将生物信息学知识分享给更多的人。如果有任何纰漏或谬误，欢迎指正。让我们一起加油，一起学习进步鸭? 这份思维导图可以
深感遗憾，我以前的教程还特意选择了他，比如下面的安装最新版R语言： sudo vi /etc/apt/sources.list# deb http://mirrors.xmu.edu.cn/CRAN/bin/linux/ubuntu/ xenial/sudo apt-get updatesudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys 51716619E084DAB9sudo apt-get updatesudo apt-get in
在R语言中可以使用png()等函数生成图片，例如： png(“aa.png”)可以生成图片。
恰好看到了无法在线下载安装GitHub包？其实答案就隐藏在报错里面,正好之前也遇到了相似的报错，然后就整理一下笔记分享给大家叭!
但是这个过程中，总有学员抱怨到自己的C盘空间不够， 我们的R语言会不会耗费磁盘空间。我们通常是先安慰一下，R仅仅是几十个M而已，各种R包通常是几个M，不会太耗费磁盘空间的。
打开conda官方网站，查看版本和下载链接：https://repo.anaconda.com/miniconda/
这个对初学者来说，的确很难理解，如果你参加学习班的话，就有讲师和助教团队协助解决了（感兴趣的可以点击下面两个课程）
1.依次安装R语言、Rstudio、Rtools，Rstudio相当与VS code，直接bing搜索R，不选镜像，选择原网站的download R,跳转到https://cloud.r-project.org/，点击`Download R for Windows`
上一期的答疑互动也是彩蛋多多，现在整理完毕马不停蹄的分享给大家。接下来的8月7号就是最新一期的直播互动授课啦，有需要的朋友赶快上车哈：
运行最后library代码，报错提示缺啥就安装啥，安装方法有 BiocManager::install('xx') 或 install.packages('xx')，逐一尝试，没有明显的 ERROR 关键词就不要管。
第一步：安装R语言及Rstudio 首先根据操作系统来安装R语言软件 最好是安装最新版 Download R for Windows from CRAN Download R for macOS from CRAN Download R for Linux from CRAN Note for macOS: If you do not already have X11 installed in Applications > X11, download and install it. 这个很容易，就跟下载QQ
R 语言是为数学研究工作者设计的一种数学编程语言，主要用于统计分析、绘图、数据挖掘。
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