我想分析基因在TCGA (癌症基因组图谱)数据中的表达，这些数据是从宽频火龙下载的。我下载了结直肠癌(COAD)基因表达数据。该数据是由329个变量的20531个观测结果组成的数据框架(命名数据)。行是单个基因，每一个样本的归一化读取。标题或列名是TCGA示例代码。示例代码如下所示：
TCGA-3L-a1b-01A-11R-A37K-07
当我把表上传到R中时，它会变成
TCGA.3L.AA1B.01A.11R.A37K.07
我想要做的是提取出第四件事是01的样本。例如，对于上面的列标题，第四件事是01A，重要的是它是01，这表明它是一个原发性肿瘤。如何提取列标题中的第四件事是01的
浏览 0提问于2019-01-28得票数 2
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我有一个数据框架，cul7_expr，有一行和22列。我想要创建一个新的数据框架，其中一个列包含来自cul7_expr的所有数值，另一个列包含所有列名(TCGA.BC.)。新的数据框架将有2列22行。但是，当我试图获取cul7_expr行时，会弹出一个警告，数据帧为空。
样本数据(cul7_expr)：
df <- structure(list(TCGA.BC.A10Q.11A=819.3685,TCGA.BC.A10Q.01A=2757.486,
TCGA.DD.A1EB.11A=698.5818,TCGA.DD.A1EB.01A=1625.094,TCGA.DD.A1EG.11A=
浏览 2提问于2017-09-24得票数 0
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我想用1212过滤一个数据帧，这样它就只包含一个单独列表中列出的样本。这个列表有多个值，我不知道该怎么做。
下面的df称为RNASeq2
RNASeq2Norm_samples Substrng_RNASeq2Norm
1 TCGA-3C-AAAU-01A-11R-A41B-07 TCGA.3C.AAAU
2 TCGA-3C-AALI-01A-11R-A41B-07 TCGA.3C.AALI
3 TCGA-3C-AALJ-01A-31R-A41B-07 TCGA.3C.AALJ
4 TCGA-3C-AALK-01A-11R-A4
浏览 14提问于2019-10-27得票数 2
我对广义线性模型使用MCMCglmm软件包。这是我的代码和Final_KIRC_met_act包括路径分数。
> g<-factor(g, levels=c("MALE","FEMALE"), labels=c(0,1))
> data<-cbind(Final_KIRC_met_act, g)
> data2<-as.data.frame(data)
> head(data2)
M00001_C00022 M00002_C00022 M00003_C05345 M00004_R0273
浏览 1提问于2017-08-21得票数 1
我想知道是否有人知道如何将我的数据转换成这个理想的表单(每个SampleID都是冒号)。非常感谢!
我的数据
SampleId miRNA_ID x
1 TCGA-2K-A9WE-01A-11R-A38N-13 hsa-let-7a-1 7817.009
2 TCGA-2Z-A9J1-01A-11R-A38N-13 hsa-let-7a-1 5915.546
3 TCGA-2Z-A9J2-01A-11R-A38N-13 hsa-let-7a-1 3632.037
4 TCGA-2Z-A9J3-01A-12R-A38N-13 hsa-let-7
浏览 2提问于2019-08-09得票数 0
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正如标题中提到的，TCGA2STAT R package在windows中不起作用。(用于从broad服务器下载压缩的TCGA数据)
当我运行getTCGA函数时，出现以下错误：
错误:系统中未安装TAR。数据解压缩失败。
我试图安装cygwin，Rtools，7zip等基于互联网搜索结果，但他们都没有工作。
我不知道Windows本身是否有问题。
除了在Linux上运行之外，还有其他解决方案吗？
提前谢谢你。
BH Kim
浏览 30提问于2018-06-09得票数 0
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我有一个以TCGA患者ID作为列名的数据集。我想要做的是去掉名字的后半部分，但保留名字的前部份。我的数据：
GeneID | TCGA-3L-AA1B-01A-11R-A37K-07 | TCGA-4N-A93T-01A-11R-A37K-07 | TCGA-4T-AA8H-01A-11R-A41B-07
------------- | -------------------------------| -----------------------------|------------------------------
100130426 | 0.5174
浏览 0提问于2018-07-31得票数 0
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我需要将我的数据帧转换成一个数字矩阵。然而，当我使用data.frame函数时，小数被转换成一个不同的数字，我不知道为什么。有人能告诉我发生了什么吗？
> head(x[,1:5])
TCGA-AA-3520-01A-01R-0821-07 TCGA-AA-3532-01A-01R-0821-07 TCGA-AA-3553-01A-01R-0821-07 TCGA-A6-2674-01A-02R-0821-07 TCGA-AA-3521-01A-01R-0821-07
ELMO2 -0.840833333333333
浏览 4提问于2015-03-04得票数 5
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我的tcga数据的条形码，行名，看起来像这样。
TCGA-4P-AA8J-01A-11D-A390-01
我想使用for循环将其更改为此表单。-> TCGA.4P.AA8J.01A
r=c()
for (x in rownames(df)) {
r <-c(substr(gsub("-",".",x),1,16))
rownames(df)<-r
print(r)
}
.？
浏览 4提问于2022-10-02得票数 0
我在R中创建ggplot抖动图时遇到了问题。我有一个数据帧aa，并希望用每个基因名称来标记x轴(即AADAT)。我希望y轴显示折叠值(来自aa的数值)。此外，我有两个列表，b1和b2，其中包含每个基因的一定数量的TCGA样本及其折叠变化值。我想根据抖动图中的所有折叠变更值是属于b1还是b2，对它们进行着色。我该怎么做呢？
dput(aa)：
structure(list(TCGA.BC.A10Q = c(2.54076411223946, 1.11243159235432,
-8.07819965644818), TCGA.DD.A1EB = c(0.437216525767862, 0.4
浏览 3提问于2017-08-31得票数 0
我有一个向量列表L1和一个数据帧df2。我想从df2中获取值，并用这些值替换L1的值。例如，当L1的ABCC10表示"TCGA_DD_A1EG“时，我希望将其替换为第1行(ABCC10)第3列(TCGA.DD.A1EG)中的值2.193205。我想对每个值都这样做。
L1看起来像这样：
$ABCC10
[1] "TCGA_DD_A1EG" "TCGA_FV_A3R2" "TCGA_FV_A3I0" "TCGA_DD_A1EH" "TCGA_FV_A23B"
$ACBD6
[1] "TCGA_DD_
浏览 8提问于2017-08-30得票数 1
在使用脊线和套索回归时，我得到了以下错误。
storage.mode(y) <- "double“中的错误:更改因子的存储模式无效
我的数据集如下所示：
> as_data_frame(blca.only)
# A tibble: 315 x 435
Tags TCGA.BL.A5ZZ.01 TCGA.XF.AAN1.01 TCGA.DK.A2I4.01 TCGA.XF.A9T4.01
<fct> <dbl> <dbl> <dbl>
浏览 1提问于2019-04-08得票数 1
我希望通过raw_clin数据names的列名来子集common数据的行名。
common数据格式示例
common = pd.DataFrame([["PPP1R15A", -0.5880, 1.3980, -0.9402, -0.3741], ["AVPR1A", 1.5472, -0.8588, -0.1703, -0.5198], ["RGR", -0.3225, 0.8372, 0.2006, -0.0271]], columns=['Hugo_Symbol', 'TCGA-02-0010-01', &#
浏览 6提问于2022-05-04得票数 0
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我有一个如下所示的数据文件(来自TCGA的miRNA数据)：
A X X X Y Y Y Z Z Z
B a b c a b c a b c
0
1 regular 5x9
2 data matrix
3
4
A描述第一个标题行，B描述第一个列。我希望使用pandas.read_csv返回一个DataFrame，这样我就可以通过df[0]之类的东西访问行，通过df['X']['a']之类的东西来访问列，从而最终删除选定的行和/或列。在我的搜索中，我发现MultiIndex可以帮助我的，但是df = pandas.read_csv("datafil
浏览 0提问于2018-01-18得票数 2
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我想通过只保留第三个连字符之前的子字符串来重命名我的熊猫数据索引。我的代码不修改索引。为什么？
import re
for i in meth_450.index:
re.sub(r"^[^-]*-[^-]*:[^-]*", "", i)
meth_450.index
Index(['TCGA-06-0125-01A-01D-A45W-05', 'TCGA-06-0125-02A-11D-2004-05',
'TCGA-06-0152-01A-02D-A45W-05', 'TCGA-
浏览 15提问于2022-06-01得票数 1
我在R中有一个非常简单的脚本，它在两个数据帧中加载，然后用mixOmics执行mixOmics
system('defaults write org.R-project.R force.LANG en_US.UTF-8')
## install.packages("mixOmics")
library(mixOmics)
TCIA <- read.csv("/Users/kimrants/Desktop/Data_for_R/TCIA",
header=TRUE,
se
浏览 0提问于2018-06-27得票数 4
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我想下载TCGA-LUAD清单和TSV文件。
并保存为“…”TCGA_LUAD.txt TCGA_LUAD.tsv“
我可以使用这样的东西: wget -O fileA\fileB weblink.com吗？
浏览 1提问于2022-01-27得票数 -1
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在R中，在mydata数据帧中，列名是基因id，行名是样本id： ENSG00000000003 ENSG00000000004 ENSG00000000005
TCGA-QQ-A5VB 0.1 0.2 0.3
TCGA-DX-A8BO 0.3 0.1 0.2
TCGA-MO-A47R 0.3 0.1 0.2 现在，我想要有一个值为行名(Mydata)的sample
浏览 10提问于2019-03-08得票数 2
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我开始学习熊猫，并停留在以下问题上：
我有两个大的DataFrames: df1=
ID KRAS ATM
TCGA-3C-AAAU-01A-11R-A41B-07 101 32
TCGA-3C-AALI-01A-11R-A41B-07 101 75
TCGA-3C-AALJ-01A-31R-A41B-07 102 65
TCGA-3C-ARLJ-01A-61R-A41B-07 87 54
df2=
ID
浏览 1提问于2018-04-03得票数 0
我有一个for循环，如下所示，它将产生
V2[name(N_cl)i][1] <- cnv_gene_expr[name(N_cl)i，gsub](“_”，：替换长度为零)中出现错误。
当我使用列表n_cl时，就会发生这种情况。但是，当我使用list，cl，它的结构实际上是一样的，代码工作得很好。这里少了什么？
循环：
for(i in 1:length(n_cl)){
for(j in 1:length(n_cl[[i]])){
v2[names(n_cl)[i]][[1]][j] = cnv_gene_expr[names(n_cl)[i], gsub("
浏览 1提问于2017-08-30得票数 0
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我正在做一些工作，以显示maftools在web服务器上生成的图片，但subsetMaf() "query“参数似乎无法从web服务器获得闪亮的反应性值输入。下面是一个简单的测试: subsetMaf()在R上的控制台上工作得很好，如下所示：
读取数据
library(magrittr)
mc3_pass <- readr::read_rds(file.path(config$database, "TCGA", "snv", "snv_mutation_mc3_public.pass.filtered_maf-4cancers.rds.gz
浏览 3提问于2018-01-04得票数 0
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我有一个巨大的文件(癌症基因表达数据-~2 GBs .csv文件)，有55000行和1800列。我的桌子是这样的：
TCGA-4N-A93T-01A-11R-A37K-07, **TCGA-5M-AAT4-11A-11R-A41B-07**, TCGA-5M-AATE-01A-11R-A41B-07, TCGA-A6-2677-01B-02R-A277-07, **TCGA-A6-2677-11A-01R-0821-07**
例如，在第四个位置的TCGA-5M-AAT4-11A-11R-A41B-07列中，我有-11A，现在我的问题是，我不得不删除整个列，其中包含-11
浏览 1提问于2018-03-30得票数 0
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我最近开始使用TCGAbiolinks来处理TCGA数据库中的一些基因表达。我所需要做的就是把数据下载到一个R文件中，网上有很多例子。然而，每次我尝试示例代码时，它都会使我的R工作区崩溃，有时甚至使我的PC完全崩溃。
下面是我使用的代码：
library(TCGAbiolinks)
queryLUAD <- GDCquery(project = "TCGA-LUAD",
data.category = "Transcriptome Profiling",
data.t
浏览 35提问于2021-08-03得票数 0
我有一个数据文件(两个标题行、索引列、选项卡分隔)，如下所示：
Hybridization REF TCGA-2V-A95S-01A-11R-A37G-13 TCGA-2V-A95S-01A-11R-A37G-13 TCGA-2V-A95S-01A-11R-A37G-13 TCGA-2Y-A9GS-01A-12R-A38M-13 TCGA-2Y-A9GS-01A-12R-A38M-13 TCGA-2Y-A9GS-01A-12R-A38M-13 TCGA-2Y-A9GT-01A-11R-A38M-13 TCGA-2Y-A9GT-01A-11R-A38
浏览 0提问于2018-01-22得票数 3
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我有一个名为name的变量，我想将它设置为矩阵的列名，但在进行此操作之前，我需要在名为name的变量中编辑名称。
>name
[722] "TCGA-OL-A66N-01A-12R-A31S-13.isoform.quantification.txt"
[723] "TCGA-OL-A66O-01A-11R-A31S-13.isoform.quantification.txt"
[724] "TCGA-OL-A66P-01A-11R-A31S-13.isoform.quantification.txt"
我想把字母保存在第四-之前
预期产出
浏览 0提问于2014-05-28得票数 5
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下面是由变量mutation排序的以下数据。我使用xtabs将因子变量ID (行)与基于attribute值的因子变量subregion (列)交叉起来。若要根据元素在数据集中显示的顺序重新排序，我使用forcats::fct_reorder。基于(截断的)输出，这适用于下面给出的非常小的数据集。然而，我的数据有966个唯一的IDs和~58000唯一的subregions。当我运行下面类似的代码时，它没有按正确的顺序给出列和行。
早期出现在数据集中的个人可能会在稍后重复出现，因为他们在以后的位置有一个突变，但是子区域不会在数据集中稍后出现，因为他们是由他们的位置决定的。此外，对于重复的ID和s
浏览 2提问于2019-03-26得票数 1
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比如说，我有两个数据帧列表。数据帧列表的大小是， len(list_df1)
20
list_df1
[ Gene_id TCGA-A1-A0SM-01A-11R-A084-07 \
0 ENSG00000000003_PC 2.609759e+05
1 ENSG00000000005_PC 2.046517e+02
2 ENSG00000000419_PC 6.300425e+05
3 ENSG0
浏览 19提问于2020-07-17得票数 2
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我现在在R中预处理我的数据，然后将它导入python，但是如果我可以在python中完成所有的事情，那就更方便了。有人知道如何将下面的代码转换为python吗？
aggregate(mrna[,c(2:178)],by=list(mrna$GeneSymbol), FUN=function(x) x=max(x))
谢谢!
编辑: mrna示例
GeneSymbol TCGA.2J.AAB1.01A TCGA.2J.AAB4.01A TCGA.2J.AAB6.01A TCGA.2J.AAB8.01A TCGA.2J.AAB9.01A
A1BG 81.9122
浏览 1提问于2021-11-25得票数 1
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我有两个数据集:维度为53*17237的"datExprSTLMS“和维度为99*22144的"datExprSTF”。在两个数据集中，一些列(Gene_names)是常见的。基于在两个数据集的同名之间使用match()，我已经建立了15711(真) gene_name作为它们之间的相交基因。现在，我想提供"datExprSTLMS“的一个子集，这样"datExprSTLMS”的维度将是53*15711。为此，我编写了以下代码： dim(datExprSTF)
#[1] 99 22144
dim(datExprSTLMS)
#[1] 53
浏览 40提问于2019-04-23得票数 0
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我正在操作我的计数数据(fcm)，并将我的条形码ID作为列名，格式为: TCGA.BH.A0DQ.11A.12R.A089.07等。
我接着使用：
CountCol= colnames(fcm)
Barcode = strsplit(as.character(CountCol), ".", fixed=TRUE)
为我提供所有拆分字符串的列表，如：
head(Barcode,2)
[[1]]
[1] "TCGA" "3C" "AAAU" "01A" "11R" "A41B"
浏览 2提问于2017-08-07得票数 1
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我有一个列名的数据帧列表，我想替换掉一些字符串，但是我做得不好。
list:
[1]
cpg value.TCGA.06.5415.01A value.TCGA.02.0003.01A value.TCGA.16.1062.01A
cg02726808 0.934641544 NA NA
cg04243127 0.8828403 NA NA
[2]
cpg value.TCGA.QH.A6CV.01A value.TCGA.E1.A7Z4.01A value.TCGA.E1.5303.01A
cg02726808 0.938556343 0.92163563 0
浏览 1提问于2016-09-27得票数 2
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多类直方图
、、
我是新的R和Im尝试创建一个直方图。
我的数据如下：
id age sub.types inter
1 TCGA-A8-A07O 60 Infiltrating duct carcinoma, NOS 6
2 TCGA-A7-A0CJ 65 Infiltrating duct carcinoma, NOS 6
3 TCGA-A7-A0CH 88 Infiltrating duct carcinoma, NOS 8
4 TCGA-A7
浏览 0提问于2018-11-28得票数 0
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data_me
TCGA-05-4244-01A-01R-1107-07 TCGA-05-4249-01A-01R-1107-07 TCGA-05-4250-01A-01R-1107-07
ENSG00000000003 5001 4383 5316
ENSG00000000005 0
浏览 6提问于2022-07-29得票数 0
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我有第一个有1099列的文件
#rnaseq/SNPID hg19Location Gene TCGA-BH-A0C0-01A TCGA-A2-A3XY-01A TCGA-XX-A89A-01A TCGA-B6-A0I2-01A TCGA-LL-A6FP-01A TCGA-EW-
rnaseq - ?|100133144 7.8666 9.6884 22.3240 1.8760 2.0161 7.8383 5.3991 0.0857 4.5513 15.4363 15.0035 4.3
浏览 0提问于2017-02-15得票数 0
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我的输入数据框架包含100多个列和行。如果列的头是相同的，我想将它们组合起来。
以下是我的输入数据框架
Case.ID HRAS TP53 MAP3K1 MAP3K1 TP53
TCGA_1 MSE; MSE;
TCGA_2 MUT;
TCGA_3
TCGA_4 MUT; AMP;
TCGA_5 MSE;
TCGA_6
浏览 7提问于2022-08-07得票数 0
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我有一个原始的向量samples，并希望对其进行子集，这样我就有一个更小的向量to，它只包含以"01A“结尾的项。我尝试过使用grepl、grep和subsetting，但它们给出了不正确的值。
下面是代码的样子：
samples <- lihc_data[0,-1]
as.vector(samples)
tum <- subset(lihc_data[0,-1], grepl("01A$", lihc_data[0,-1]) == TRUE)
下面是samples向量的一小部分：
[1] TCGA.BC.A10Q.11A TCGA.BC.A10Q.01A
浏览 31提问于2017-07-22得票数 0
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我试图使用以下形式的数据完成一项任务(生物信息学，TCGA数据)：
df = pd.DataFrame({'ID':['TCGA-AB-0001','TCGA-AB-0001','TCGA-AB-0001','TCGA-AB-0001','TCGA-AB-0002','TCGA-AB-0002','TCGA-AB-0002','TCGA-AB-0002','TCGA-AB-0003','TCGA-AB-0002'],
浏览 2提问于2016-06-01得票数 2
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我对SQL及其语法很陌生，我无法理解如何使用R中使用RSQLite将多个值(例如向量或列表)传递给参数化查询中的单个参数。
我有两个表数据库(myTCGA)，其中的数据来自RNASeq数据。第一个(tcga_P)包含一些基因样本的表达值(FPKM)，而(tcgaMeta)包含这些样本的元数据信息。
#tcga_P
FPKM Sample Tissue GeneName
5550 0.0633 TCGA-AB-2803-03A Acute_Myeloid_Leukemia PLEKHN1
5551 0.2390 TCGA-AB-2
浏览 3提问于2019-08-20得票数 2
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使用tidyverse/dplyr命令，我想创建几个列1)一个列count，它对唯一的个体的数量进行滚动计数，直到至少有30个唯一的个体被选择为和 lastObsG==1和lastObsGE==1 (即一个基因的末端已经到达)。一旦count超过30个人，计数应该重置。( 2)列group，表示每组~30个个体的组数。
这些个体是根据突变的位置来排序的。
作为一个最低限度的工作示例，下面提供了我的数据集和创建变量lastObsG和lastObsGE的代码。我还包括了前40行的输出，其中包括额外的列以及它们中应该显示的值。
编辑 Per @Alexis的评论，我的意思是每个组应该包含至少30个人
浏览 0提问于2019-03-23得票数 2
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library(XML)
file <-"E:/aaa.xml"
doc = xmlInternalTreeParse(file)
ns=names(xmlNamespace(xmlRoot(doc)))
patient=getNodeSet(doc, path=paste("/", ns, ":tcga_bcr/", ns,":patient", sep=""))
row=xmlToDataFrame(nodes=patient, stringsAsFactors = F)
shared_stage:sta
浏览 1提问于2016-09-25得票数 0
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我想要创建一个分类变量type，如果索引的最后一个成分在01到09之间(即01-09 =肿瘤)，则样本被标记为“肿瘤”。否则，样品为“正常”(即10-19 =正常)。
clin_kipan = clin_kipan.assign(type=(
clin_kipan.index
.str.split('-')
.str[-1]
.str.contains(r'^0[1-9]', regex=True)
)).replace({'type':{True:'tumor', False:'no
浏览 7提问于2022-07-22得票数 0
我正在与DESeq2一起运行数据分析，其中包括来自Broad firehose的一些肺鳞癌数据。我使用了RNAseq数据，计数数据的原始计数，我的元数据是从CNV上的Broad firehose数据生成的。这两个数据集通过TCGA in关联，每个数据集都包含匹配的in，但是原始计数数据有几个与元数据中不匹配/不存在的“额外”TCGA in。counts length = 552，meta length = 501我需要以相同的顺序获取元数据和原始计数数据，并使数据集包含匹配的TCGA ID，并删除不匹配的ID/样本。 我一直在尝试使用，match和% in %的不同方法来完成这项工作，我可以
浏览 7提问于2021-01-27得票数 0
我有非常大的矩阵，我想从其他文件中映射它的行名。
基本上，我有两个文件：文件A，它包含名称和it。文件B是矩阵，它的行名来自文件A中的名称。我需要做的是，在文件B中读取矩阵的行名，并在文件A中找到它的关联ID，并将行名<code>E 211</code>替换为在矩阵B中找到的<代码>E 112</代码>ID>E 213</>。
有人知道如何在R中实现它吗？
这是我文件的结构：
A档案：
Names I
浏览 2提问于2014-05-07得票数 0
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我想从R中ExpressionSet的phenoData中选择列。我要处理的数据是teset。
class(teset)
[1] "ExpressionSet"
attr(,"package")
[1] "Biobase"
teset
ExpressionSet (storageMode: lockedEnvironment)
assayData: 19420 features, 253 samples
element names: exprs
protocolData: none
phenoData
sampleNames: T
浏览 3提问于2015-09-02得票数 0
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我在R中过滤了Illumina人甲基化450 K数据为我感兴趣的cg的数据。看上去像这样：
head(x_filtered[1:3])
TCGA-WB-A81T-01A TCGA-WB-A81G-01A TCGA-WB-A815-01A
cg12150457 0.12335296 0.10067159 0.13113157
cg07035961 0.17139128 0.31152824 0.04598332
cg01089834 0.07643279 0.1100
浏览 1提问于2020-12-02得票数 1
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来自不同数据集的分组盒图
、、、
我试图可视化一个分组盒图，其中第1组的数据来自一个数据集，而另一个组来自另一个数据集。
我希望根据数据帧中最后一列包含四个特定名称的条件，绘制四组框图(每个组有两个方框图，每个组来自两个数据集)。所以每一个不同的名字都有一个盒子。
我想到了rbind()并组合了这两个数据集，但是列名是不同的，所以这是行不通的。
dataset1是：
structure(list(ZNF8 = c(6.535976, 5.617546, 5.520076, 6.173408,
5.636716, 5.600262, 5.220575, 4.743357, 4.901029, 4.925283, 5.83801
浏览 3提问于2022-06-21得票数 0
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下面，我有以下数据集(可重复示例的制表符分隔)。我使用dplyr函数集将四个列添加到数据框架中。如果前三个列是第一组(ID)、( 2)gene和( 3) gene+ exon的最后一个这样的观察，则将标记该列。我或多或少得到了最后两个，但由于某种原因，我无法得到第一个，如果观察结果是其ID组中的最后一个，则标记为第一个。
我的代码为2) gene和3) gene+exon中的最后观察生成标志
df2 <- df %>%
dplyr::group_by(gene) %>%
dplyr::mutate(lastObsFlagG =
浏览 0提问于2019-03-23得票数 0
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带t检验和打印p值的分组盒图
、、、、
我试图用r中的p值来可视化分组盒图。
我试过绘制盒子图，它可以工作，但是当执行t-测试，然后绘制重要的p-值时，我面临一个问题。
而不是数值p-值，它应该打印一个*的重要值，其他ns。
我的尝试是：
ttcluster_dataset %>%
tidyr::pivot_longer(cols = -Phenotype) %>%
ggplot()+
geom_boxplot(aes(
x =Phenotype,
y = value,
color=Phenotype,
fill= Phenotype
浏览 6提问于2022-06-22得票数 1
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我试图绘制一个热图，但我想要四个不同的垂直区域的热图。第一个是“代表神经”，然后是“神经”，然后是“经典”，最后是“间充质”。
我融化的数据样本如下所示：
dput(tdfdarkmagenta11 11:513，)
"TCGA.02.0011.01", "TCGA.02.0014.01", "TCGA.02.0024.01", "TCGA.02.0026.01",
"TCGA.02.0028.01", "TCGA.02.0046.01", "TCGA.02.0047.01", &
浏览 9提问于2022-06-19得票数 0
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我有600个制表符分隔的.txt文件，如下所示：
barcode gene.symbol value
1 TCGA-61-2610-02A-01R-1141-07 15E1.2 -0.78175
2 TCGA-61-2610-02A-01R-1141-07 2'-PDE -1.0155
3 TCGA-61-2610-02A-01R-1141-07 7A5 0.029
4 TCGA-61-2610-02A-01R-1141-07 A1BG 0.96575
5 TCGA-61-2
浏览 0提问于2011-09-17得票数 1
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