TranscriptomeAssemblyTools/RemoveFastqcOverrepSequenceReads.py"，第46行，在leftseqs=ParseFastqcLog(opts.l_fastqcfastq file')
parser.add_argument('-fql','--fastqc_left',dest='l_fastqc',type=str,help='fastq
浏览 0提问于2020-04-20得票数 0
): return expand("{output}/fastqc/{sample}" + config["R1"] + "_fastqc.html", sample=SAMPLES) return expand("{output}/fastqc/{sample}" + config[&qu
浏览 6提问于2022-08-29得票数 0
查看日志，我们可以看到它正在尝试运行示例"FAQ20773_pass_barcode01_68fda206_1“的fastqc_pretrim。/FAQ20773_pass_barcode01_68fda206_1.html, qc/fastqc_pretrim/FAQ20773_pass_barcode01_68fda206_1_fastqc.zip/FAQ20773_pass_barcode01_68fda206_1.html, qc/fastqc_pretr
浏览 54提问于2021-08-26得票数 1
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我有以下zip归档结构：Archive: Undetermined_S0_L004_R1_00144 Undetermined_S0_L004_R1_001_fastqc/
0 10-10-14 14:44 Undetermined_S0_L004_R1_001_fastqc_L004_R1_001_fa
浏览 0提问于2016-12-12得票数 2
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列表权限
、、、
他的脚本与make[2]: *** [/home/kat/gentrap.git/gentrap_OUT/1_Bira_TAAGGCGAGAGTAG_R1.fastqc] Error 1
make[2]: Leaving directory `/home&#x
浏览 0提问于2014-05-08得票数 0
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我有以下名称的序列文件：Meoh_R2.fastqR3G_R2.fastq # Run fastqc
fastqc -o ./${i%}_fastqc -f fastq ./rnaseq/${i%}_R</e
浏览 0提问于2016-04-30得票数 0
2回答
_S7_L002_R2_001_output_paired_fastqc.zip/batch3/0046-CL7_S7_L004_R2_001_output_paired_fastqc.zip
/batch3/0046-CL7_S7_L001_R2_001_output_paired_fa
浏览 0提问于2016-02-26得票数 0
_fastqc.zipqc/fastqc_premerge/DEX-13_S9_L002_ngc1838-10_L002_ds.6369bc71fac44f00931eecb9b0a45d59_r1_/BOMB-3-2-19D_S
浏览 28提问于2021-01-29得票数 0
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/{basenames}_R1_fastqc.html", SCRATCH + "trimmed+ "fastqc/{basenames}_R1_trimmed_fastqc.html",
SCRATCH + "fastqc<
浏览 9提问于2022-01-05得票数 0
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raw_qc = expand( SCRATCH + "fastqc/{basenames}_R1_fastqc.zip", basenames=SAMPLE_LIST), raw_zip = SCRATCH + "fastqc/{basenames}_R1_fastqc.zip"
浏览 3提问于2022-01-05得票数 0
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/qc/id/{sample}/fastqc_raw/{sample}_R1_fastqc.html", sample=config["samples_short"]),
expand("..
浏览 0提问于2020-12-15得票数 0
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_1/{sample}_fastqc.html", shell: expand("outputs/fastqc_1/{sampl
浏览 7提问于2022-05-15得票数 1
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我有一个目录，里面有各种fastq.gz文件(例如K1_R1.fastq.gz、K1_R2.fastq.gz、K2_R1.fastq.gz等)，我在上面运行了fastqc。SAMPLES = [ "K1", "K2", "W1", "W2" ]
PathtoWD = '/home/hban
浏览 21提问于2020-01-15得票数 1
当我到达fastqc步骤时，我突然发现每个样本有两个文件(一个R1和一个R2文件)。考虑以下规则： rule fastqc: os.path.join(fastq_dir, '{sample}_R1_001.fastq.gz'),我还尝试了以下几种方法： rule fastqc: expand([os.path.join(fastq_dir, '{sample}_R
浏览 39提问于2019-01-09得票数 3
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+ "{sample}_R1_001_fastqc.html", sample=SAMPLES), output:
FASTQC_DIR + "{sample}_R1_001_f
浏览 0提问于2020-03-12得票数 1
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我正在使用fastqcr R软件包生成多个qc和单一qc报告的fastq文件，用于RNAseq分析。#for multi-qcqc.file1 <- "F:/SUDI@UCSF01/COURSES/RNA se
浏览 6提问于2020-05-25得票数 0
1回答
/raw/{sample}_{number}_fastqc.html",
zip = OUTPUTDIR + "/FastQC/raw/{sample}_{number}_fastqc.zipbowtie_ref}}{ending}", ending=[".1.bt2",".2.bt2",".3.bt2",".4.bt2",".rev.1.bt2"
浏览 3提问于2021-10-25得票数 0
2回答
/fastq/{sample}_1.filt.fastq.gz", input: R2 = ".._2.filt_fastq
浏览 0提问于2020-09-04得票数 1
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'上调用工作流)： rule fastQC: R1 = FQDIR + "{sample}_R1_001.fastq.gz", output: conda:
"en
浏览 31提问于2020-04-08得票数 1
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