R 作为入门级编程语言,被经常运用在数据整理、数据可视化、以及机器学习中。 本篇文章将主要介绍在R中如何可视化数据 (基础+进阶)。 R绘图的原理 使用R绘图,我们需要在脑海中明确几个必要元素。首先,需要有一张空白的画布, 如下图所示。其次,我们需要根据数据确定X轴、Y轴,以及X轴Y轴的取值范围,因为一个平面直角坐标系在R绘图过程中是必不可少的。接下来,我们就可以选择适当的图表类型(折线图、柱状图、点状图等),并根据数据坐标在坐标系中描绘数据。最后,我们还可以在画布上添加额外信息,例如图表名称,图例等,当然
之前的ggplot2入门实践篇已经更新告一段落,也已经做了归总分类分享给大家。 最近翻看突然发现少了一个知识点,就是分面中没有讲填充多边形分面的应用,虽然其理念跟其他的常用图表类型一致。 但是鉴于多边形填充本身就比较复杂,再加上分面肯定能把大部分小伙伴儿绕晕,这里还是亲自实践一篇案例详细讲解一下实际用法。 如果你还不懂如何使用ggplot2制作数据地图的话,你可以参考以下序列文件: 地图部分(ggplot2) 你想要的地图素材资源,我都帮你整理好了~ 一篇文章教你搞定JSON素材,从此告别SHP时代~ 大道
请此图是完全交互式的:当鼠标移到系列上时,将显示各个值。还可以选择要放大的图形区域(双击缩小)。
课前准备,R语言的安装和配置都OK了吗?生物信息系列课程-R语言入门;挖掘GEO速成SCI文章系列教程(3)-R语言基础。小板凳排排坐,飞飞老师要开课~
今天跟大家分享的是数据地图系列的第七篇——使用R语言制作热力数据地图! 也许很多小伙伴儿对于R语言还很陌生,感觉很神秘。 确实,R语言的数据地图需要使用很长的代码来写。但是就像我们学习高数和微积分一样,再复杂再庞大的公式,都会有计算软件帮你代劳,而你只需要知道怎么调整参数、控制路径,并且明白每一句代码的实现功能就可以了,无需记住每一串代码的详细内涵和写法。 而且接下来要写的诸多代码,大部分都并非自己写的,而是从网上拼凑,经过整理与汇总后的。坦白的说,绝大部分自己都写不出来,语法也很费解,只是勉强知道大概可以
在数学上,可以通过选择结点并使用(通常是三次)回归来估计结之间的点,并使用演算来确保每条单独的回归线连接在一起时曲线都平滑,从而重现该过程。平滑的程度由参数控制,通常在0和1之间的范围内。
也给大家介绍了如何使用R自带的heatmap函数+gplots的配色方案来绘制热图
今天我们接着讲绘制热图时候的一个小技巧,如何显示样本的类型。我们经常还在文章中看到类似下面这样的热图。会在列的上方用颜色标注样本的类型。这样可以一目了然的看出找到的差异表达基因能否很好的将不同类型的样本区分开。今天我们就来用R代码来实现。
在这些内容的基础上,我们在这个部分为大家介绍一些实用知识,包括描述工作区结构、图形设备以及它们的参数等问题,还有初级编程和数据输入输出。
RColorBrewer包提供了3类调色板,用户只需要指定配色方案的名称,就可以用包中的brewer.pal()函数生成颜色。这3类包括:
上次分享了小提琴曲线(violin plot)的作图方法,今天小仙同学给大家介绍一下如何用R画出漂亮的密度图(density plot)。
这一节将介绍更多的R图形资源。首先是定制R图形的一些常用方法,主要涉及数据和模型的图形绘制。然后是如何自定义其他类型的图形或点线等元素。
建国70周年大庆即将到来,各行各业都在积极筹备迎接祖国的生日,在这个举国欢腾的时刻,我们决定以一种特殊方式来表达自己对祖国母亲的祝福:一副用R语言绘制的中国地图。
利用R语言也可以制作出漂亮的交互数据可视化,下面和大家分享一些常用的交互可视化的R包。
本文介绍在ArcGIS下属的ArcMap软件中,基于Mosaic工具,批量对大量栅格遥感影像文件加以拼接、镶嵌的方法。
之前有过一段时间,特别热衷于数据地图,也分享很多篇关于地图制作的教程(涉及到各种作图软件),但大多是整理拼凑,自己发挥的不多。 最近在看哈德利.威科姆的那本火遍全球的R语言数据可视化经典教程——《ggplot2——数据分析与图形艺术》。书内虽然关于数据地图的内容很少,但是ggplot所渗透的可视化图层理念实在让人叹为观止。 书中完全将复杂的地图图表语言拆解成常规图表思维,通过图层叠加、分组填色、空间映射,让我对地图这种深度可视化形式有了更多深入的理解。 今天这一篇主要分享美国地图的绘图代码,同样是我们之前分
数据可视化是数据分析过程中探索性分析的一部分内容,可以直观展示数据集数据所具有的的特征和关联关系等。R语言不仅提供了基本的可视化系统graphics包,简单的图+修饰,例如:plot、 hist(条形图)、 boxplot(箱图)、 points 、 lines、 text、title 、axis(坐标轴)等;还提供了更加高级的图形系统lattice和ggplot2.
对于机器学习/数据科学的研究者而言,回归分析是最基础的功课之一,可以称得上是大多数机器学习/数据科学研究的起点。
散点图(scatter graph、point graph、X-Y plot、scatter chart )是科研绘图中最常见的图表类型之一,通常用于显示和比较数值。散点图是使用一系列的散点在直角坐标系中展示变量的数值分布。在二维散点图中,可以通过观察两个变量的数据变化,发现两者的关系与相关性。
源自|一览众山小-可持续城市与交通 微信ID:SustainableCity 文|James 译|LapYeung 编辑:Ivy 当我开讲R语言课程时,开场白通常是:纽约时报的视觉部门
贝叶斯回归分位数在最近的文献中受到广泛关注,本文实现了贝叶斯系数估计和回归分位数(RQ)中的变量选择,带有lasso和自适应lasso惩罚的贝叶斯
(1)R是一种编程语言,也是统计计算和绘图的环境,它汇集了许多函数,能够提供强大的功能。
colorRamp()和colorRampPalette()都可用于建立调色板。通过传入希望得到颜色渐变,如蓝、紫,colorRamp()和colorRampPalette都会返回一个函数。二者返回的函数区别为:colorRamp()返回的函数像grey()一样,输入的参数为[0,1]之间的数列,数列中数字个数即为函数返回的色彩数。返回的是RGB颜色值,例如,(0,0,255)表示是蓝色。
关于配色的话题,已经聊过很多次了,但是就像是之前说过的,对于图形可视化而言,配色决定着作品的“颜值”,谈再多次都不嫌多。 今天是R语言配色系统综合篇的上篇(当然是有下篇啦,下篇将会教你如何优雅的提取各种高大上配色主题,作为己用。经过几天的研究,小魔方已经发现了如果将各种高质量配色包中的主题色板通过函数的形式在高级绘图系统和低级绘图系统之间相互共享)。 今天的内容主要包含两部分: R预置色彩系统的色板 R语言自定义颜色调用 其实在R语言的色彩系统中,有两大类颜色系统,一类是预设的调色盘,通过调色盘,你可以获取
今天我们接着来聊heatmap这个函数绘制热图,这次我们使用gplots这个R包里面的配色方案
为何会有这种应用场景呢?本地有图片,如果用PS之类的软件,像素太模糊。所以用R语言读取,然后合并,就很方便,这里介绍一下,像素没有变化,非常方便。
刚刚结束了本年度的最后一次扩增子课程和宏基因组课程(都是爆满,2020年的课程提前开始报名了。就看后面的转录组和单细胞课程的参与度了),数据分析得到的大部分结果都可以用ImageGP绘图展示。在运行流程之余,收到学员的反馈,说希望有一个手册来熟悉网站有哪些功能。在此之前,我们也零星收到一些关于网站的使用咨询和功能建议,因次借这次的ImageGP答疑,来给ImageGP正正名,是的,它不是imagp,也不是imap,更不是GPS(此处有个省略50字的悲伤故事)。它是ImageGP — 画个Picture。
R语言是即使一款功能强大的统计语言,也是一款内容丰富的绘图工具。从原则上讲,你可以用R语言绘制出你能想到的任何图形。
本示例说明如何创建并可视化Markov链模型的结构和演化 。考虑从随机转移矩阵中创建马尔可夫链的四状态马尔可夫链,该模型模拟了国内生产总值(GDP)的动态
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今日学习任务:1、安装R和Rstudio;2、认识R和Rstudio;3、学会外观设置和基本操作;4、完成第一个R做的图
TCGA是不错的癌症研究数据资源,但癌症研究不只是有TCGA。ICGC国际癌症基因组联盟,有亚洲、澳大利亚、欧洲、北美和南美17个行政区的89个项目,包括25,000个肿瘤基因组。目的是To obtain a comprehensivedescription of genomic, transcriptomic and epigenomic changes in 50 different tumor types and/or subtypes which are of clinical and societ
昨天我们介绍了使用Excel进行直方图的绘制,今天我们来介绍R语言和Python下的绘制方法。
期刊 Forest Ecology and Management 农林科学二区top 影响因子3.55
本文授权转自数据派(datapi) 原文标题:Code for my educational gifs 作者:Rafael Irizarry 翻译:贾琳 编辑:黄继彦 Rafael Irizarry是哈佛大学以及the Dana-Farber Cancer Institute的应用统计教授,他专注于研究基因组学,并且教授数门数据科学课程。在本文中他公开了自己授课时所使用的gif动图的R语言源码,同时也对涉及的几个话题进行了简单的论述,对于希望了解数据科学原理、如何使用R语言来进行可视化的读者都有所
本来我可以起个骚气一点的名字 那一晚,我灌醉了这个男人,逼他说出了所有真相 但是那样很无聊,而且我不觉得有趣,我现在想做的就是,如何成为一位优秀的称职的R语言讲师。 其实我的目标是,中国会做实验的临床医生中最优秀的R语言老师。 这个是可以完成的。 一维世界比的是长度,二维比的是面积,三维空间比的是体积,我限定了实验,临床,R语言这三个维度,已经是很小的世界了。 就跟微博起初限定140字发言,大部分QQ空间用户不能理解一样, 我的课程被限制在3个小时当中,可是3个小时能学啥呢?别人不都是2天48小时的课程
这一篇跟大家分享R语言信息可视化——文字云。 R语言可以轻松处理信息可视化,并且很早就有专用的信息可视化包——WordCloud。 可是这个第一版的文字云工具,真的超级烂,不仅参数多,而且呈现效果烂,无法自定义形状,颜色也不好搭配。 今天的主角是WordCloud2,该包的升级版(虽然我不知道这两个包是否是同一个作者开发的)。 R语言配置环境: R x64 3.31/Rstudio 0.99.903/wordcloud2 0.2.0 加载字符云包: library(wordcloud2) 语法精要: wo
目录 R语言之可视化①误差棒 R语言之可视化②点图 R语言之可视化③点图续 R语言之可视化④点韦恩图upsetR R语言之可视化⑤R图形系统 R语言之可视化⑥R图形系统续 R语言之可视化⑦easyGgplot2散点图 R语言之可视化⑧easyGgplot2散点图续 ====================================== 根据组更改条形图颜色 可以将颜色指定为十六进制RGB三元组,例如“#FFCC00”或名称。还可以使用其他颜色比例,例如从RColorBrewer包中提取的颜色比例。
最近我们被客户要求撰写关于主成分分析PCA的研究报告,包括一些图形和统计输出。 降维技术之一是主成分分析 (PCA) 算法,该算法将可能相关变量的一组观察值转换为一组线性不相关变量。在本文中,我们将讨论如何通过使用 R编程语言使用主成分分析来减少数据维度分析葡萄酒数据
在R语言中, palette 是一个用于设置颜色调色板的函数。调色板是一组预定义的颜色集合,用于绘制图形、制作图表或设置绘图设备的颜色。通过使用 palette 函数,您可以选择不同的调色板来自定义图形的颜色方案。例如,您可以使用 palette("rainbow") 来设置彩虹色调色板,或使用 palette("heat.colors") 来设置热色调色板。
今天这篇跟大家分享我的R VS Pyhton学习笔记系列5——数据索引与切片。 我之前分享过的所有学习笔记都不是从完全零基础开始的,因为没有包含任何的数据结构与变量类型等知识点。 因为一直觉得一门编程语言的对象解释,特别是数据结构与变量类型,作为语言的核心底层概念,看似简单,实则贯穿着整门语言的核心思想精髓,所以一直不敢随便乱讲,害怕误人子弟。还是建议每一个初学者(无论是R语言还是Python,都应该用一门权威的入门书好好学习其中最为基础的数据结构、变量类型以及基础语法函数)。 今天我要分享的内容涉及到R语
今天分享R语言中的柱形图,所有图表语法都基于ggplot2包中的ggplot函数完成 。 其实R语言本身就带有各种作图函数,比如plot、bar、pie等,而且语法非常简单明了,为什么还要用ggplot2这种语法独立性很强、自成体系的作图包来作图呢? 一个例子就能感受到: plot(mpg$cty,mpg$hwy)#R语言内置散点图函数(无需加载任何辅助工具包) ggplot(mpg,aes(cty, hwy)) + geom_point(colour="steelblue")+labs(x = "City
今天这一篇跟大家分享R语言数据可视化之——TreeMap。 在R语言中制作树状图需要独立的树状图工具包——TreeMap的支持。 该包中提供特有的treemap函数结合各参数对树状图进行一系列元素进行个性化定制、调整。 数据集使用本人虚构的某公司在中国各个大区、省份的销售额、利润增长率指标(假设各省份都有业务)。 R语言环境: R x64 3.31/Rstudio 0.99.903/treemap 2.4-1 数据集导入: data <- read.csv("F:\\数据可视化\\数据分析\\R\\R语言学
让我们快速浏览一下这张图表: 这张可视化数据图(最初用Tableau软件创建 )是如何利用数据可视化来帮助决策者的一个很好的例子。想象一下,如果这些信息通过表格来告诉投资者,你认为你会花多长时间来向他
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