跑完一个RNA-SEQ项目，下意识的看了看bam文件大小，还有最后的文库统计情况，发现非常的 诡异，首先是bam文件大小就很奇特： 29M Apr 29 12:15 S12.bam 30M Apr...因为RNA-SEQ项目我早就搭建好了，很少出这样的幺蛾子，这个坑有点类似于我三年前分享的：做过1000遍RNA-seq的老司机告诉你如何翻车 然后是文库统计情况： ?...sort排序问题 这个问题来源于我自己的操作习惯，我制作配置文件一直使用 ls /home/jianmingzeng/rna/raw_data/*1.fq.gz > 1 ls /home/jianmingzeng.../rna/raw_data/*2.fq.gz > 2 wc 1 2 cut -d"/" -f 8 1 |cut -d"_" -f 1 cut -d"/" -f 8 1 |cut -d"_" -f 1
每个亚基由RNA链和蛋白质组成，剪切体分为主要剪切体（major spliceosome）和次要剪切体 （minor spliceosome），主要剪切体负责对接GU-AG的形式，次要剪切体对接AT-AC...可变剪切种类主要可以分为以下五类： 可变剪切分析软件 RNA-seq可变剪切一般分析过程： 比对软件：hisat2、 star、 tophat AS识别软件:依赖已有的gtf文件，Asprofile、rmats
/SraRunTable.txt')b## Run Assay.Type AvgSpotLen Bases BioProject## 1 SRR12207279 RNA-Seq...295 4512474269 PRJNA645812## 2 SRR12207280 RNA-Seq 296 6542603004 PRJNA645812## 3 SRR12207283...RNA-Seq 300 4108168500 PRJNA645812## 4 SRR12207284 RNA-Seq 300 4536921000 PRJNA645812...name_list #选择所需要的样品信息列## [1] "RNA_mESCs" "RNA_mESCs" "RNA_EpiSCs" "RNA_EpiSCs"class(name_list)## [...need_DEG), fromType = "SYMBOL", toType = "ENTREZID", OrgDb = OrgDb) #人数据库
和RNA-Seq技术的世界 使用Unix/Linux命令行和使用远程计算集群Uppmax的入门读物 基本的R语言学习（RNA-Seq分析通常是用R编程语言进行的，学习一些基本的R是很有用的） 介绍RNA-SEQ...在此期间，我们每隔一天收集一次结肠组织样本，然后进行RNA测序(RNA-seq)。...接下来，我们对整个实验过程中的结肠样本进行了RNA-seq分析，并利用Edger计算差异表达基因(Degs)，将完整的表达动力学考虑在内，以估计p值。...Quality control 在对映射的RNA-seq读数进行任何其他分析之前，对映射的读数进行质量控制总是很重要的，确保您的RNA-seq数据中没有任何明显的错误。...small RNA analyses RNA-SEQ差异分析工作流程对来自果蝇的microRNA进行分析 Assembly & annotation 使用两种方法将原始测序短片段组装成转录本。
bioconda.github.io/ 三 用conda安装转录组分析软件 -hisat2 samtools sratoolkit -htseq-count -fastqc trimmomatics 生信技能树RNA-seq
前面RNA-seq分析：从软件安装到富集分析部分已经把转录组全部流程走完了一遍，这次利用RNA-seq(2)-2:下载数据中下载的肝癌数据进行分析，不在赘述细节，所以有看细节的还是请去这里。...) 我的fastq文件在/mnt/f/rna_seq/data 我的reference在/mnt/f/rna_seq/data/reference 我的index在/mnt/f/rna_seq/data...(base) kelly@DESKTOP-MRA1M1F:/mnt/f/rna_seq$ for ((i=2;irna_seq/data.../reference/index/hg19/genome -1 /mnt/f/rna_seq/data/SRR31621${i}.sra_1.fastq.gz -2 /mnt/f/rna_seq/data...((i=2;irna_seq/data/reference/index/hg19/genome -1 /mnt/f/rna_seq/data
#RSEM定量后直接生成FPKM，无需标准化#RNA-seq下游-1有些混乱，重新整理#与原文存在差异的原因是原文mRNA-seq要对注释gtf文件对进行过滤甲基化区域和polyA尾以及原文用的hg19...---title: "RNAseq-下游分析-2"output: html_documentdate: "2023-10-26"---R Markdown#RSEM定量后直接生成FPKM，无需标准化#RNA-seq...下游-1有些混乱，重新整理#与原文存在差异的原因是mRNA-seq要对gtf文件去database <- read.table(file = "D:/huage1/rnaseq1014/xiaohe/output.matrix
Signac) library(Seurat) library(EnsDb.Hsapiens.v86) library(BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38) # load the RNA...seqlevels(annotation) <- paste0('chr', seqlevels(annotation)) # create a Seurat object containing the RNA...adata pbmc <- CreateSeuratObject( counts = counts$`Gene Expression`, assay = "RNA" ) # create ATAC...此外，对于那些在RNA或ATAC检测中计数特别低或特别高的细胞，我们也会进行剔除。...( LSI )，以处理 scATAC-seq 数据集的相同方式处理 DNA 可及性检测。
（2）客户端版：IPA（IPA不是用的GO和KEGG数据库）和FUNRICH，后者更新速度很慢，但里面有好玩又实用的功能，并且可以加载自己的数据。...clusterProfiler) library(DOSE) library(org.Mm.eg.db) #get the ENTREZID for the next analysis setwd("F:/rna_seq...gsea.jpeg 后记：做完这部分富集分析，接着按我的流程进入下一部分分析RNA-seq(10):KEGG通路可视化，因为直接用到这部分数据， 参考Y叔的包说明，里面写的特别详细 还有lxmic的简书
数据库 我们从存储信息的必要数据库中检索有关过程、途径等（涉及基因的信息）的信息。您选择的数据库将取决于您要获取的信息类型。...sets **Reactome:**生物通路数据库 Human Phenotype Ontology: 与人类疾病相关的基因数据库 CORUM: 人、小鼠、大鼠的蛋白质复合物数据库 … 这不是一个详尽的列表...，还有许多其他可用的数据库未在此处列出。...如果您查看我们返回 NA 的查询中的一些 Ensembl ID，它们会映射到假基因（即 ENSG00000265439）或非编码 RNA（即 ENSG00000265425）。...数据库之间的差异（我们可以预期观察到）是由于每个数据库都实现了自己不同的计算方法来生成基因构建。
Limma包也可以用来分析RNA-seq数据，但主要用于分析芯片数据，现在用的人不多了。当然如果用泊松分布来做差异表达分析的话，也存在缺点，可能会忽视生物学样本间的个体差异。...这里，我将RNA-seq数据差异表达分析大体分为差异表达基因鉴定和后续分析两个部分。 ?...2 edgeR edgeR包也是分析RNA-seq数据最常用的R包，它的input数据也是原始的gene counts。
文章：AKAP95 regulates splicing through scaffolding RNAs and RNA processing factors....PMID: 27824034 很容易在文章里面找到数据地址GSE81916 这样就可以下载sra文件作业，看文章里的methods部分，把它用到的软件和参数摘抄下来，然后理解GEO/SRA数据库的数据存放形式...共下载7个文件，我仿写了个代码，如下： 运行起来速度还是很好，平均5M/S. cd /mnt/f/rna_seq/data for ((i=56;i<=62;i++));do ascp -QT -v
这个挑战在2019年得到了初步解决，细胞定义，一些数据库和工具被开发出来，主要有三种模式： marker gene：看某个亚群的marker gene和数据库中那种细胞类型的marker gene一致。.../47/8/e48/5364134）， Moana: A robust and scalable cell type classification framework for single-cell RNA-Seq
这是GATK Best Practice系列学习文章中的一篇，本文尝试使用: Gatk RNA -Seq Germline spns-indels Pipeline 来分析鼻咽癌(NPT) 分析流程如下...gtf.interval_list 使用gatk IntervalToBed工具从ucsc.hg19.gtf.bed转换来的interval文件 分析结果 分析结果 流程用到的变量（程序、reference文件和数据库.../ucsc.hg19.gtf 文件 refs.bed /opt/ref/RNA/ucsc.hg19.gtf.bed 文件 refs.interval /opt/ref/RNA/ucsc.hg19.gtf.interval_list...-d "/opt/ref/RNA/$star_length-1-pass-index" ]; then mkdir -p /opt/ref/RNA/$star_length-1-pass-index...${tools.gatk} MergeVcfs \ $vcfs \ -O ${result}/${sn}.vcf 10-VariantFiltration：对于RNA-Seq，推荐使用硬过滤
A survey of best practices for RNA-seq data analysis ,我把它叫做RNA-seq数据分析指南。...这篇文章概述了RNA-seq生物信息学分析的现行标准和现有资源，为人们提供了一份RNA-seq数据分析指南，可以作为开展RNA-seq研究的宝贵参考资料。...可以看出RNA-Seq测序技术的应用最为广泛。 实验设计 RNA-seq到底测的是什么？ mRNA在生物个体内RNA的组分中只占很小的一部分，rRNA占绝大多数。...一般我们说RNA-seq指的都是mRNA-seq，后面的流程也都是主要针对mRNA-seq数据分析的。在科学家们的努力下，可以把那些非编码RNA提取出来建库，进行测序。...其他RNA-seq应用 小RNA： 1.
学习内容了解可用的基因组注释数据库和存储信息的不同类型比较和对比可用于基因组注释数据库的工具应用各种 R 包检索基因组注释基因组注释对二代测序结果的分析需要将基因、转录本、蛋白质等与功能或调控信息相关联...数据库我们从存储信息的必要数据库中检索有关过程、途径等（涉及基因的信息）的信息。您选择的数据库将取决于您要获取的信息类型。...:生物通路数据库Human Phenotype Ontology: 与人类疾病相关的基因数据库CORUM: 人、小鼠、大鼠的蛋白质复合物数据库…这不是一个详尽的列表，还有许多其他可用的数据库未在此处列出...如果您查看我们返回 NA 的查询中的一些 Ensembl ID，它们会映射到假基因（即 ENSG00000265439）或非编码 RNA（即 ENSG00000265425）。...数据库之间的差异（我们可以预期观察到）是由于每个数据库都实现了自己不同的计算方法来生成基因构建。
本课程学习目标 描述设计单细胞RNA-seq实验的最佳实践 描述单细胞RNA-seq分析的工作流程步骤 使用Seurat和相关工具来执行单细胞表达数据的分析，包括数据过滤，QC，整合（降维），聚类和标记识别...为什么要学习single-cell RNA-seq 在整个人体组织中，细胞类型、状态和相互作用是非常多种多样的，为了更好的了解这些组织和存在的细胞类型，我们需要更高分辨率的技术，而scRNA-seq提供了在单个细胞水平上表达哪些基因的信息...sc_analyses.png scRNA-seq分析面临的挑战 在scRNA-seq之前，使用大量RNA-seq进行转录组分析，这是一种比较细胞表达平均值的简单方法。...尽管大量RNA-seq可以探索不同条件（例如治疗或疾病）之间基因表达的差异，但无法充分捕获细胞水平的差异。...总体而言，我们建议以下内容： 除非对感兴趣的实验问题有必要，否则不要进行单细胞RNA-seq。您首先要思考，您是否能使用批量测序来解决你的问题吗？这更简单且成本更低？
默认情况下，DESeq2 使用 Wald 检验来识别在两个样本之间差异表达的基因。给定设计公式中使用的因素，以及存在多少个因素水平，我们可以为许多不同的比较提取...
正文 单细胞RNA-seq简介 2.1 bulk RNA-seq 在00年代后期取得了重大突破（取代了微阵列（microarrays）并从此被广泛使用。...可以使用来自bulk RNA-seq的几种计算分析方法。 在大多数情况下，计算分析需要调整现有方法或开发新方法。 2.3 工作流程 ?...总体而言，实验性scRNA-seq方案类似于用于bulk RNA-seq的方法。我们将在下 一章讨论一些最常用的方法 2.4 计算分析 本课程涉及从scRNA-seq实验获得的数据的计算分析。...这些包括： Falco是云上的单细胞RNA-seq处理框架； SCONE（标准化表达的单细胞概述），是用于单细胞RNA-seq数据质量控制和标准化的包； Seurat是一个R包，用于质控，分析和探索单细胞...RNA-seq数据； ASAP（自动单细胞分析管道）是一种基于网络的交互式单细胞分析平台 2.5 挑战 bulk和单细胞RNA-seq之间的主要区别在于每个测序文库代表单个细胞，而不是细胞群。
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