sequencing - 腾讯云开发者社区

文章/答案/技术大牛

发布

图解三代测序（SMRT Sequencing）

目前主流三代测序平台除了Oxford 家的 Nanopore，还有 Pacific Biosciences（简称 PacBio）公司的 Single Molecule Real-Time（SMRT）Sequencing...SMRT Sequencing 测序过程中，每秒读取三个碱基，一个小时可检测大约一万多碱基。...6、检测碱基甲基化有意思的是，在SMRT Sequencing测序过程中，可以直接测到碱基被修饰的状态，聚合酶遇到碱基上带有甲基化的碱基，合成速度会明显变慢，而且光谱也会发生改变。...因此，SMRT Sequencing 可以检测到碱基的甲基化修饰情况。...2、Continuous Long Read (CLR) Sequencing 这种测序的优势在于可以读取更长的 Reads。 ?

2.7K3 1

图解三代测序（SMRT Sequencing）

文章目录一、基本原理二、构建文库三、测序芯片四、上机测序五、测序模型 1、Circular Consensus Sequencing (CCS) 2、Continuous Long Read...Biosciences（简称 PacBio）公司的 Single Molecule Real-Time（SMRT）Sequencing。...SMRT Sequencing 测序过程中，每秒读取三个碱基，一个小时可检测大约一万多碱基。...因此，SMRT Sequencing 可以检测到碱基的甲基化修饰情况。...2、Continuous Long Read (CLR) Sequencing 这种测序的优势在于可以读取更长的 Reads。 ?

1.5K2 0

您找到你想要的搜索结果了吗？

是的

没有找到

图解三代测序（SMRT Sequencing）

目前主流三代测序平台除了Oxford 家的 Nanopore，还有 Pacific Biosciences（简称 PacBio）公司的 Single Molecule Real-Time（SMRT）Sequencing...SMRT Sequencing 测序过程中，每秒读取三个碱基，一个小时可检测大约一万多碱基。...6、检测碱基甲基化有意思的是，在 SMRT Sequencing 测序过程中，可以直接测到碱基被修饰的状态，聚合酶遇到碱基上带有甲基化的碱基，合成速度会明显变慢，而且光谱也会发生改变。...因此，SMRT Sequencing 可以检测到碱基的甲基化修饰情况。...2、Continuous Long Read (CLR) Sequencing 这种测序的优势在于可以读取更长的 Reads。

2.5K2 0

Sentieon | 每周文献-Tumor Sequencing（肿瘤测序）-第三期

本研究对局部晚期或转移性儿童及青少年DTC队列的肿瘤样本进行二代测序，并对其临床资料进行回顾分析，初步描绘了中国局部晚期或转移性儿童及青少年DTC的基因突变分布...

2692 0

Sentieon | 每周文献-Long Read Sequencing（长读长测序）-第七期

PrecisionFDA自2015年起航，初衷是为美国食品和药物管理局（FDA）在基因组学领域的监管标准设立提供支持，随后其服务范畴已广泛覆盖至组学的所有领域。...

2350 0

Sentieon | 每周文献-Population Sequencing（群体基因组）-第一期

本文研究了不良童年经历（Adverse Childhood Experiences or Events，ACEs）与基因型-环境交互作用对体重指数（BMI）的影...

2230 0

如何选择测序类型

/ 常见测序类型的选择 / 测序（Sequencing）是一种实验技术，用来识别和确定 DNA 分子中碱基的顺序。不同的测序类型应该使用不同的方法来分析，最后的结果解读方式也会不同。...常见测序类型类型缩略词描述 Whole Genome Sequencing WGS Characterizes the entire genome reading sequences from DNA...in the cell reading sequences from RNA Targeted Sequencing Validation Capture, Valcap Characterizes...Whole Transcriptome Sequencing （RNA-seq，全转录组测序）全转录组测序（RNA-seq）是从细胞中捕获基因的 mRNA。...Targeted Sequencing（靶向测序）靶向测序或验证捕获测序 ( Valcap ) 是根据实验设计来捕获基因组中的特定区域。

1.5K3 0

加拿大生物信息学研讨会资源宝藏

（这部分 PDF 421 页）准备工作： 1) R Preparation tutorials: 2) UNIX Preparation tutorials: 3) Sequencing Terminology...Genotype and SNP calling from next-generation sequencing data Informatics for RNA Sequencing: A Web...Quality Control Consortium 接下来就是一周的课程安排 Module 1: Introduction to High-throughput Sequencing Module...Data 这部分PDF 182 页 Module 1: Introduction to High-throughput Sequencing Module 2: Data Visualization..._2017 Day 1 Module 1: Introduction to High-throughput Sequencing Module 2: Data Visualization Module

1.2K2 0

生信入门第七天

This is day 7 homework, the last one for BIC by 生信星球.The content for today is the introduction of DNA sequencing....1. three generations of DNA sequencing technologies1.1 1st generation: Sanger method is the most successful...genome analyzerABI SOLiD sequencer1.3 3rd generation: none-emplication, long reading, single molecule sequencing...The sequence of sequencers: The history of sequencing DNA byJames M Heather, Benjamin Chainfiliations

1641 0

单细胞转录组的质控降维聚类分群和注释哪个步骤最关键

populations with scRNASeq ｜ https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28712804 2018年2月的 Single-cell RNA sequencing...Clustering methods for single-cell RNA sequencing data ? 还有 Table 2....Trajectory inference methods for single-cell RNA sequencing data Table 3....Cell-type annotation methods for single-cell RNA sequencing data Table 4....Integrating datasets methods for single-cell RNA sequencing data 挺容易看懂的，今年入坑单细胞的，可以优先看看这个！

9262 0

2019年主流测序仪参数对比

数据来源，illumina官网（https://www.illumina.com.cn/systems/sequencing-platforms.html ）。...资料来源，官网（https://www.thermofisher.com/cn/zh/home/life-science/sequencing/next-generation-sequencing/ion-torrent-next-generation-sequencing-workflow.../ion-torrent-next-generation-sequencing-run-sequence/ion-s5-ngs-targeted-sequencing/ion-s5-specifications.html

1.4K3 0

11-肿瘤外显子1.1-gatk 最佳实践：开篇

虽然我们在看各个肿瘤外显子的文章时，其未必用的是gatk 的软件，比如：Multi-region sequencing unveils novel actionable targets and spatial...output from SAMtools mpileup (1.0) All detected variants were annotated with Annovar 以及Whole-exome sequencing...最终得到的高频突变，也可以使用这样的瀑布图进行概况：引自：Whole-exome sequencing identifies somatic mutations associated with lung...比如这样的signature分析：拷贝数分析：以及多为点的进化分析： ps：上面的几张图均来自文章，Multi-region sequencing unveils novel actionable...参考资料 [1] Multi-region sequencing unveils novel actionable targets and spatial heterogeneity in esophageal

1.7K2 0

TCGA数据库简介

https://www.cancer.gov/about-nci/organization/ccg/research/structural-genomics/tcga 数据类型包括以下几种 RNA sequencing...MicroRNA sequencing DNA sequencing SNP-based platforms Array-based DNA methylation sequencing Reverse-phase

6.1K4 0

检查多个测序样本是否来源于同一个病人

多组学分析大行其道的今天，同一个病人我们可以对其做多次不同技术的测序，比如TCGA计划就有不下8种数据： DNA Sequencing miRNA Sequencing Protein Expression...array mRNA Sequencing Total RNA Sequencing Array-based Expression DNA Methylation Copy Number array

6503 0

Day-7：测序知识

一、二、三代测序二代基因测序第二代测序（Next-generation sequencing，NGS）又称为高通量测序（High-throughput sequencing），是基于PCR和基因芯片发展而来的...二代基因测序引入了可逆终止末端，从而实现边合成边测序（Sequencing by Synthesis）。

2840 0

跟着小鱼头学单细胞测序-如何选择适合的scRNA测序方法

根据不同的文库制备方法，主要有两种RNA序列（same as reads or tags）的获取方式：3’-end sequencing（应用于10X Genomics, CEL-seq2, Drop-seq..., inDrops）和 Full-length sequencing（应用于Smart-seq），它们各有所长并适用于不同情况： 3’-end sequencing: o 使用唯一分子标识（umi），...· Full-length sequencing: o 适合可变剪切差异表达（isoform-level differences）和等位基因差异表达（allele-specific differences...Single-cell RNA sequencing to explore immune cell heterogeneity. Nat Rev Immunol 18, 35–45 (2018)....Comparative Analysis of Single-Cell RNA Sequencing Methods.

6573 1

给你8个甲基化探针，你在tcga数据库进行任意探索

TCGA数据库是目前最综合最全面的癌症病人相关组学数据库，包括： DNA Sequencing miRNA Sequencing Protein Expression array mRNA Sequencing...Total RNA Sequencing Array-based Expression DNA Methylation Copy Number array 知名的肿瘤研究机构都有着自己的TCGA数据库探索工具

1.2K2 0

用WES和RNA-Seq数据提取到的somatic SNVs不一致

的一个文章在肿瘤病人里面做了这样的比较：Inconsistency and features of single nucleotide variants detected in whole exome sequencing...versus transcriptome sequencing: 有意思的是引用情况非常糟糕，截止到目前（2020-09-05）都不到20个引用！...sequencing: A case study in lung cancer[J]....大家可以下载全部的数据，走Inconsistency and features of single nucleotide variants detected in whole exome sequencing...versus transcriptome sequencing:提到的图表。

2.2K2 0

三代测序与单细胞转录组

for Corneal Epithelium”的研究论文，介绍了一种三代单细胞转录组测序技术-HIT-scISOseq（High-throughput single-cell isoform sequencing...”的研究论文，将单细胞转录组测序和Nanopore测序结合开发了ScNaUmi-seq (Single-cell Nanopore sequencing with UMIs)技术。...HIT-scISOseq: High-throughput and High-accuracy Single-cell Full-length Isoform Sequencing for Corneal...High throughput error corrected Nanopore single cell transcriptome sequencing....Single-cell RNA-seq analysis of mouse preimplantation embryos by third-generation sequencing.

2.2K1 0

甲基化捕获测序能否替代450K

Epigenetics . 2016; 链接 https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/26786415/，文章标题是：《Comparison of Methyl-capture Sequencing...association studies (EWAS) 时代到来了，但是临床上的EWAS研究要求成本可控，而且样品DNA起始量低，但是红极一时的450K芯片不尽人意，所以研究者们想试试看Methyl-Capture Sequencing...，whole-genome bisulfite conversion (WGBS) 是金标准，但是价格昂贵，数据处理消耗计算资源，而Reduced- representation bisulfite sequencing...(RRBS) 和Methylated DNA Immunoprecipitation Sequencing (MeDIP-Seq),都是片面的，只有 MC Seq 克服了它们其它这些技术的缺点： lower...设计实验来评估主要是采用 SureSelect Human Methyl-Seq panel (Agilent Technologies) 这个平台做 Methyl-Capture Sequencing

1.4K2 0

点击加载更多

图解三代测序（SMRT Sequencing）

图解三代测序（SMRT Sequencing）

图解三代测序（SMRT Sequencing）

Sentieon | 每周文献-Tumor Sequencing（肿瘤测序）-第三期

Sentieon | 每周文献-Long Read Sequencing（长读长测序）-第七期

Sentieon | 每周文献-Population Sequencing（群体基因组）-第一期

如何选择测序类型

加拿大生物信息学研讨会资源宝藏

生信入门第七天

单细胞转录组的质控降维聚类分群和注释哪个步骤最关键

2019年主流测序仪参数对比

11-肿瘤外显子1.1-gatk 最佳实践：开篇

TCGA数据库简介

检查多个测序样本是否来源于同一个病人

Day-7：测序知识

跟着小鱼头学单细胞测序-如何选择适合的scRNA测序方法

给你8个甲基化探针，你在tcga数据库进行任意探索

用WES和RNA-Seq数据提取到的somatic SNVs不一致

三代测序与单细胞转录组

甲基化捕获测序能否替代450K

相关资讯

热门标签

活动推荐

运营活动

社区

活动

圈层

关于

腾讯云开发者

热门产品

热门推荐

更多推荐