打开环境变量对话框,控制面板>系统>高级系统设置>环境变量,选择“Path”这个环境变量,点击编辑,可以添加环境变量的值,添加Rscript.exe 所在的路径。
vim编辑器 复习pic1 图片 ·shell脚本为了之后可以看出使用shell写的后面加上后缀 .sh shell脚本解释器(shebang) pic2 图片 shebang扩展:如何解决不同的平台
上一期我们使用了Guitar包对Peak结果进行可视化,见:m6A图文复现07-Peak结果以及分布特征图
原文出处:https://www.danielecook.com/using-gnu-parallel-for-bioinformatics/
碎碎念:完蛋了,虽然补完了linux的课程但是感觉linux对我来说还像新的一样,完全不知道怎么用以及有什么用,唯一能记住的东西只有自己以前在书上学过的部分,现在回想起来觉得前面R的内容学的好,不会只是因为我本来就会吧!!!∑(゚Д゚ノ)ノ,突然就明白了曾老师在群里说完成Linux的题目需要至少1个月才能完成,简直保守了----
最近要处理一个100K*1M 左右大小的矩阵,这个矩阵的行为病人记录,列则是每个突变位点的突变信息,记录为0,1,2。
qiime2 有自带的差异分析工具的(composition ancom),可是,大家已经习惯了一直用的 lefse,于是,把 qiime2 的结果导出进行 lefse 分析,在某种程度上就是一个“刚需”啦!在希望 qiime2 官方或者 lefse 官方做一个 q2-lefse 之前,我们的解决方案有哪几个呢?这里分享下我找到的几个,欢迎补充。
到目前为止,我们已经完成了所有工作,并复制并粘贴了许多命令来完成所需的操作。这可行!但是也可能很耗时,并且更容易出错。接下来,我们将向你展示如何将所有这些命令放入Shell脚本中。
当需要一次执行多个命令的时候,可以同时输入,不同命令之间可以使用分号“;”隔开,示例如下:
大家在看高分文章时,总会惊叹于,为什么人家能做出那么好看而且高大上的系统发育树,而且好看的图也能直接提升文章的档次,冲击高分文章。人家的树不管是从配色还是各种注释信息都让人无可挑剔,而你每次花了半个月时间做的进化树不是被老板嫌弃配色丑,就是太单调,没有各种辅助的注释信息。然后你默默捧起别人的文章学习时发现他们绝大部分都是用iTOL这个在线工具来进行的系统发育树的美化的。
不得不说,用久了Rstudio 自己果然变笨了。之前竟然用了几天命令行下进入R 反复执行一段脚本,就在那里等着。
Comprehensive R Archive Network CRAN是R包的最大集合。除了成功构建和安装之外,上传软件包的要求很少,因此文档和支持文件通常都很少,并且弄清楚如何使用这些软件包本身就是一个挑战。CRAN是R将搜索以查找要安装的软件包的默认存储库:
1. 默认的参数commandArgs超简单 1.1 脚本示例 head.R 1args = commandArgs(TRUE) 2 3if(length(args) != 2){ 4 cat("运行命令方式:Rscript head.R dat.csv 5\n\thead.R 为脚本\n\tdat.csv 为数据\n\t5 为行数\n") 5 quit("no") 6}else{ 7 dd = read.csv(args[1]) 8 n = as.numeric(a
最近在看一个源代码:milo_analysis_2020/make_bm_data_clusters.R at 6a689681a577bf4585da94ac7389739a19ee2f39 · MarioniLab/milo_analysis_2020[1]
确实有的时候,我们需要结合python,R 或者一般shell 语法的特性,结合使用,甚至制作精巧的pipeline。
(1)shell 脚本:为了和普通文本文件区分开,通常shell脚本都会以 .sh 为后缀名(不写.sh也可以执行,能否执行取决于文件里面写了什么样的代码以及用什么解释器进行解释。)
crontab不是Linux内核的功能,而是依赖一个crond服务,这个服务可以启动当然也可以停止。如果停止了就无法执行任何定时任务了,解决的方法是打开它:
而在个人电脑,通常是Mac或者Windows,都是直接使用界面版本的rstudio更方便的交互式使用R语言。交互式的好处是所见即所得,每个代码随时响应随时看到效果,尤其适合各种各样的统计可视化需求。
其实前面我们已经分享了MiXCR,还有igblast,这两个免疫组库上游分析软件已经够用,如下:
写个脚本自动运行的时候偶尔会发生一种输出文件乱码或者找不到软件的情况, 很显然是由于sh文件运行环境和terminal运行环境不一致导致的, 因此只要指定本机的运行环境, 就可以使脚本正常运行.
我们经常会碰到一个问题:用了复杂的GBDT或者xgboost大大提升了模型效果,可是在上线的时候又犯难了,工程师说这个模型太复杂了,我没法上线,满足不了工程的要求,你帮我转换成LR吧,直接套用一个公式就好了,速度飞速,肯定满足工程要求。这个时候你又屁颠屁颠用回了LR,重新训练了一下模型,心里默骂千百遍:工程能力真弱。
bookdown是一款及其方便的编写技术文档或教材的工具,语法简洁,数据处理灵活。支持Rmarkdown或普通markdown通过pandoc软件转换为HTML或PDF。 Here lists the usage of bookdown for writing documents. Get required information Install required software Rstudio或Pandoc二选一, bookdown必须安装。 Install Rstudio (version>1.0.0
crontab是Linux平台实现定时任务的服务工具,通常情况下该服务会预装在发行版中,直接使用即可。
先进入脚本目录,命令:cd /home/weblogic/Oracle/Middleware/oui/bin
首先声明,本文完美脚本来自于: P3TERX/aria2.conf,本文记录的是安装完美脚本 2020.08.08 版本时遇到的问题。
我们经常会碰到一个问题:用了复杂的GBDT或者xgboost大大提升了模型效果,可是在上线的时候又犯难了,工程师说这个模型太复杂了,我没法上线,满足不了工程的要求,你帮我转换成LR吧,直接套用一个公式就好了,速度飞速,肯定满足工程要求。这个时候你又屁颠屁颠用回了LR,重新训练了一下模型,心里默骂千百遍:工程能力真弱。 这些疑问,我们以前碰到过,通过不断的摸索,试验出了不同的复杂机器学习的上线方法,来满足不同场景的需求。在这里把实践经验整理分享,希望对大家有所帮助。(我们的实践经验更多是倾向于业务模型的上线流
作者简介 潘鹏举,携程酒店研发 BI 经理,负责酒店服务相关的业务建模工作,主要研究方向是用机器学习实现业务流程自动化、系统智能化、效率最优化,专注于算法实践和应用。 我们经常会碰到一个问题:用了复杂的GBDT或者xgboost大大提升了模型效果,可是在上线的时候又犯难了,工程师说这个模型太复杂了,我没法上线,满足不了工程的要求,你帮我转换成LR吧,直接套用一个公式就好了,速度飞速,肯定满足工程要求。这个时候你又屁颠屁颠用回了LR,重新训练了一下模型,心里默骂千百遍:工程能力真弱。 这些疑问,我们以前碰
昨天我们发现需要更新BioManager至3.18的话,就需要更新600多个r包。R包安装失败怎么办?(一)msigdbr
在Linux或者Unix系统中,你可以使用nohup命令和&符号来在后台运行R脚本。这样即使你关闭了终端,你的R脚本也会继续运行。以下是一个例子,假设你的R脚本名为myscript.R:
代码仓库:https://github.com/ShixiangWang/LeetCode[3]
bookdown是著名R包作者谢益辉开发的,支持采用Rmarkdown (R代码可以运行)或普通markdown编写文档,然后编译成HTML, WORD, PDF, Epub等格式。样式清新,使用简单,值得拥有。(点击阅读原文,跳转博客,所有外链可点) 在Bookdown的官网,有很多免费的用bookdown写的R书籍,如Hadley Wickham等撰写的《R for Data Science》,Roger D. Peng撰写的《R Programming for Data Science》, 陈总的《液
前面我们分享了 跟着Nature Medicine学MeDIP-seq数据分析,数据和代码都是公开,这个2G的压缩包文件,足以学习3个月,写60篇教程。同时也分享了 全套MeRIP-seq文章图表复现代码,其实MeRIP-seq其实就是RNA水平的,又叫做m6a测序。
上传Linux.zip(LoadRunner Generator for Linux.zip,后台回复loadrunner获取下载地址),然后通过如下命令:
并且因为 curl 执行失败就会安装到稳定版的 node 而不是最新版的 node
https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1008370
DECoN是一款CNV检测工具,适用于exon-based的panel测序,可以识别single exon CNV, 文章链接如下
wget -c https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
忽略提示。先从第一行开始,一行行run,每run一行观察左下角窗口的输出信息,没有关键词 error 且返回一个大于号 > 再run下一行
gff/gtf:9列,序列名字,注释来源,基因结构,起始位置,终止位置,碱基测序结果可信度,链的+向与-向,密码子偏移,其他属性
FUSION是一款进行TWAS分析的软件,对应的文章发表在nature genetic上,链接如下
申威 CPU 是从指令集(派生自 Alpha )层面就是自成体系,区别于当前主流的 X86 架构或是 Arm 架构,故当前人们常用的软件均无法直接在申威架构CPU上使用,必须基于源码重新编译、移植甚至重新适配开发。
前三章中列出的大多数示例代码都很短,并没有涉及到复杂的操作。从本章开始将会把前面介绍的数据结构组合起来,构成真正的程序。大部分程序是由条件语句和循环语句控制,R 语言中的条件语句(if-else)和 C 语言中类似此处就不再介绍,循环语句包括 for 和 while 控制块。循环是社交网络分析的主旋律,比如使用 for 循环遍历分析网络中的每一个节点。当网络规模足够大时,并行处理又变得十分必要。熟练掌握本章的内容后,你的程序将会优雅而自然。
我知道 rm -rf / 是不可取的,因为我测试过 但我却遇到了一次类似的经历 整个虚拟机直接挂了
我们可以用它来为[[24-DIY一个linux的回收站及好用的alias]] 中创立的回收站增加每周清空垃圾的功能。
.NET Core 目前更新到2.2了,但是直到现在在 .NET Core 本身依然不包括和图片有关的 Image、Bitmap 等类型。对于图片的操作在我们开发中很常见,比如:生成验证码、二维码等等。在 .NET Core 的早期版本中,有 .NET 社区开发者实现了一些 System.Drawing 的 Image等类型实现的组件,比如 CoreCompat.System.Drawing、ZKWeb.System.Drawing等。后来微软官方提供了一个组件 System.Drawing.Common实现了 System.Drawing 的常用类型,以 Nuget 包的方式发布的。今天就围绕它来讲一讲这里面的坑。
通过前几篇文章我们知道在Partition中,消息是不会删除的,所以才可以追加写入,写入的消息是连续并且有序的。
我们通过求助chatGPT,通过BioinfoArk提供的中国区chatGPT查询,发现它给出来的options命令里面的max.print设置 并不是我们需要的
在IDEA的maven项目中编写Topology出错: NoClassFound找不到主类:解决– 在pom.xml中,找到中的storm,添加<>compi<>
当系统环境配置完成之后就可以开始安装生物软件了。生物软件安装有多种方式,可以直接使用源代码编译,也可以直接下载安装编译好的版本。当前还有 bioconda 方便管理生物软件。如果以上方式都很难安装成功软件,还可以使用 docker 的方法。如果是 ubuntu 系统,还可以直接使用 apt 命令安装生物软件。
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