我想编写一个Snakemake管道来处理短或长读排序文件,或者这两种类型,这取决于输入文件中提供的文件类型。首先,我的Snakefile调用一个shell脚本,该脚本创建一个配置文件,其名称为输入目录中标题short_reads下的所有短读文件和标题long_reads下的所有长读文件。以下是我的全部规则:
rule a
我的Snakefile有一个print_to_screen规则,没有显式输出文件。以下是一个简化的示例: placeholder_output # What should I put here?rule has no output "file.txt" "cat {input}"
如何编写print_to_screen 规则,以便触发其他<em
这似乎是一个基本的问题,但我不断得到错误的一些变体:No values given for wildcard。我有一组名为Ne-sQTL_perind.counts.gz.qqnorm_chr{#}.gz的22个文件。我想在一条规则中对它们采取行动。我原来的样子是这样的: input:
file=expand("Ne-sQTL_perind.counts.gz.qqnorm_chr如何扩展此通
所以正如标题上说的,我不能带着我的工作流程去执行任何事情,除了所有的规则.当执行all规则时,它正确地找到所有输入文件,所以configfile是好的,每个路径都是正确的。当尝试在没有附加标记的情况下运行时,我会得到Checking status of 0 jobs.Nothing to be done
-f r校正器->只
我正在使用Snakemake编写我的RNA-seq流水线。当我写最后一部分rule fpkm时,我得到了错误: MissingInputException in line 3 of /root/s/r/snakemake/my_rnaseq_data/Snakefile:05_ft/wt2_transcript.gtf05_