snakemake temp()导致不必要的规则重新运行

snakemake是一个用于构建和管理数据分析工作流的工具，它基于Python语言开发。在snakemake中，temp()函数用于创建临时文件，这些临时文件在工作流执行完毕后会被自动删除。

然而，使用temp()函数可能会导致不必要的规则重新运行的问题。这是因为snakemake会根据规则的输入和输出文件来判断是否需要重新运行规则。当一个规则的输入文件包含了temp()创建的临时文件时，snakemake会认为这个规则的输入发生了变化，从而重新运行该规则。

为了避免这个问题，可以采取以下几种方法：

1. 避免在规则的输入中包含temp()创建的临时文件。可以通过在规则中使用其他文件或目录来存储临时数据，而不是使用temp()函数创建临时文件。
2. 使用snakemake的checkpoint机制。checkpoint机制可以将一组规则封装成一个checkpoint，该checkpoint的输出文件会被自动删除。这样，即使在规则的输入中包含了temp()创建的临时文件，只要这些文件属于checkpoint的输出，snakemake会正确地判断规则是否需要重新运行。
3. 使用snakemake的persistent模式。persistent模式可以将规则的输出文件保留在磁盘上，即使工作流执行完毕。这样，即使在规则的输入中包含了temp()创建的临时文件，snakemake也会正确地判断规则是否需要重新运行。

总结起来，为了避免snakemake中temp()函数导致不必要的规则重新运行的问题，可以采取避免在规则的输入中包含temp()创建的临时文件、使用checkpoint机制或者使用persistent模式等方法。这样可以确保工作流的执行效率和正确性。

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