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snakemake temp()导致不必要的规则重新运行

snakemake是一个用于构建和管理数据分析工作流的工具，它基于Python语言开发。在snakemake中，temp()函数用于创建临时文件，这些临时文件在工作流执行完毕后会被自动删除。

然而，使用temp()函数可能会导致不必要的规则重新运行的问题。这是因为snakemake会根据规则的输入和输出文件来判断是否需要重新运行规则。当一个规则的输入文件包含了temp()创建的临时文件时，snakemake会认为这个规则的输入发生了变化，从而重新运行该规则。

为了避免这个问题，可以采取以下几种方法：

避免在规则的输入中包含temp()创建的临时文件。可以通过在规则中使用其他文件或目录来存储临时数据，而不是使用temp()函数创建临时文件。
使用snakemake的checkpoint机制。checkpoint机制可以将一组规则封装成一个checkpoint，该checkpoint的输出文件会被自动删除。这样，即使在规则的输入中包含了temp()创建的临时文件，只要这些文件属于checkpoint的输出，snakemake会正确地判断规则是否需要重新运行。
使用snakemake的persistent模式。persistent模式可以将规则的输出文件保留在磁盘上，即使工作流执行完毕。这样，即使在规则的输入中包含了temp()创建的临时文件，snakemake也会正确地判断规则是否需要重新运行。

总结起来，为了避免snakemake中temp()函数导致不必要的规则重新运行的问题，可以采取避免在规则的输入中包含temp()创建的临时文件、使用checkpoint机制或者使用persistent模式等方法。这样可以确保工作流的执行效率和正确性。

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相关搜索:snakemake规则不会运行完整的命令组件中不必要的额外重新渲染导致正在删除字段的值强制snakemake在不使用--use-conda的规则中运行python2 Angular 2 URL栏的使用会导致不必要的应用程序重新加载 React路由器的useParams导致useEffect重新运行 Snakemake -运行给定通配符的所有规则，然后进入下一个“批处理”如果页面在上次运行后重新执行，则导致408超时响应的PHP PhantomJS 我想在第一次渲染时设置一次状态，而不会在后续更新时导致不必要的重新渲染在运行kafka的机器上，过于频繁地为重新分区主题滚动日志会导致内存不足重新启动使用pm2-run运行的Node应用程序会导致容器消失，但应用程序仍在运行在TPU上运行不同序列长度的HuggingFace转换器是否会导致每次都重新编译XLA？

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