Snakemake允许使用log参数为每个规则创建日志，该参数指定日志文件的名称。通过管道将结果从shell输出到这个日志相对简单，但是我不能想出一种方法来记录run输出的输出(即python脚本)。
浏览 164提问于2019-04-22得票数 4
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我试图在snakemake中运行一些picard工具度量集合。没有错误，干式运行很好.当我实际运行蛇文件时，由于我不明白的原因，我收到了一个MissingOutputException。alignment_summary.metrics" reference=config['reference']['file'], runsnakemake
浏览 3提问于2017-10-04得票数 1
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当我在snakemake中使用run指令(使用python代码)时，它不会产生任何用于故障排除的错误消息。这是你想要的行为吗？我是不是遗漏了什么？这里是一个使用snakemake 7.8.3和python 3.9.13的最小示例。我使用-p选项调用snakemake，该选项在shell指令中输出传递给shell的确切代码(但我猜不会对run<em
浏览 4提问于2022-07-25得票数 5
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有没有办法通过script指令轻松地保存执行python脚本的snakemake规则所产生的日志？该脚本使用库，这些库已经有一些集成的日志记录，我希望存储它们的日志。我不想使用shell或run指令，因为它们在使用python脚本时都不是很舒服。此外，我希望答案会要求对python脚本进行最少的更改，主要更改是在Snakemake文件中。dataset}/final.fasta"
浏览 3提问于2020-09-28得票数 0
编辑我现在已经将这个问题作为一个问题发布在Snakemake 上，因为这似乎是一种未知的行为。
singularity: mycontainer
input: shell:由于但是，当我需要在规则的运行部分中使用一些python代码时，就找不到命
浏览 1提问于2019-07-17得票数 3
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我的具体方法是使用pysam stream processing。".".join([flowcell, lane]) outfile.write(s) 这个脚本独立运行得很好，但是我还没有弄清楚如何通过snakemake script指令来集成它。我更喜欢这种方式来最小化IO和RAM的使用。 编辑:通过直接加载来修复RG标签。run:和shell:指令
浏览 26提问于2019-01-16得票数 2
我尝试了所有类型的方法，使用配置文件等，但没有工作，我不知道如何准确地检测错误检查逐行。trimmed/{sample}_2.fastq.gz" bam = "{sample}.bam", log: "/snakemake_log.txt" shell:
&
浏览 0提问于2019-11-07得票数 1
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我试着运行一个snakemake工作流。我想要做的是，如果一个给定的规则(rule a)计算出了一封电子邮件，上面写着这样的小文本，如果它失败了，那么发送另一封不同的电子邮件，指出一个错误。我想知道，在snakemake中是否有一种方法可以运行类似于“尝试”的东西--除了python块？我已经使用shell()指令中的一些命令尝试了try-除了块，但是似乎一旦编写了shell()指令，就不允许运行任何python代码(块的except部分)。
浏览 3提问于2022-08-17得票数 0
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我使用一系列R标记脚本在Snakemake管道的末尾生成报告。如果其中一个标记文件出现错误并失败，则错误不会保存到日志文件中，因此以后不可能进行调查。根据我的研究，我还没有找到一种方法来做到这一点，但是:在管道中运行减价文件时，是否有一种将R标记中的错误重定向到日志文件的方法？(我的管道使用SnakeMake作为管道，但我假设这适用于任何管道)。
浏览 4提问于2021-01-22得票数 1
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我习惯于使用nextflow，它会自动为每个进程生成报告，这样我就知道在工作流的每个部分中使用了多少时间、cpu和内存。蛇形蛋糕里有类似的东西吗？如果snakemake管道的作者没有手动报告这一点，是否有一种方法可以自动提取这些信息？
浏览 15提问于2022-08-23得票数 2
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我正在使用snakemake构建一个可以在SLURM集群上运行的可变调用管道。集群有登录节点和计算节点。任何真正的计算都应该以srun或sbatch作业的形式在计算节点上完成。传统的snakemake集群执行只在规则的所有依赖项完成运行后才会运行主线程，该主线程只向队列提交规则。我应该在一个计算节点上运行这个主程序，所以这将我整个管道的运行时间限制在48小时。我知道SLURM作业有依赖指令，这些指令告诉作业等待运行，
浏览 0提问于2019-12-30得票数 5
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我正在将我在LSF集群环境(例如bsub)中开发的Snakemake工作流移动到SGE集群环境(例如qsub)。我以前在规则中使用resources关键字指定了作业的内存需求，使用了中建议的变量mem_mb。我还使用threads关键字指定了希望为作业提供的线程数。我在将集群提交配置文件/脚本的内存需求规范转换为qsub (每个作业的内存需求由每个内核指定)与bsub (每个作业指定内存需求)时遇到困难。在过去，我的bsub集群命令会
浏览 0提问于2019-04-19得票数 2
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在snakemake中，我想从config的shell:指令中访问密钥。我可以使用{input.foo}、{output.bar}和{params.baz}，但不支持{config.quux}。/scripts/do.sh --tmpdir {params.tmpdir} {input} > {output}; "
我可以将我想要的配置的部分分配给params下的一个键，然后使用一个{param.x}替换，但是这会产生不必要的副作用(例如，参数保存在snakem
浏览 0提问于2018-03-06得票数 5
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我正在寻找一种以编程方式关闭/退出/停止运行的snakemake工作流的方法--本质上使用在工作流中调用的python函数，但是可能会遇到一个无法恢复的错误，要求工作流停止以进行人工干预。我实际上想要做的是:我在GPU节点上启动(guppy )作业，并且必须在命令中指定要使用哪个cuda核心。该函数检查是否存在锁文件，以指定正在使用的核心和可用的核心。使用资源，并行gpu作业的数量仅限于可用的核心数量。这是可行的，但我希望能够捕捉意外的问题，例如，一个gpu_lock
浏览 10提问于2022-10-11得票数 6
背景：我必须将我的Snakemake管道从一个节点的使用调整到一个具有资源管理的集群。使用特定于SLURM的Snakemake配置文件，我的规则成功地作为SLURM作业提交，因此我继续将Snakemake指令resources添加到每个非本地规则中，以优化队列调度。问题：我的管道有许多小的单CPU作业，我用Snakemake规则指令group绑定了这些作业。以下是错误：Failed to group jobs toget
浏览 5提问于2021-11-12得票数 0
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对于snakemakev5.27+
有没有办法用指向本地镜像的容器指令来运行snakemake？例如，如果我将Docker容器存储在Dockerhub上，并且我在本地也有一个副本，当运行snakemake时，如果本地已经存在完全相同的副本，我不希望规则从DockerHub中拉出一个奇点镜像副本。
浏览 16提问于2021-01-10得票数 1
我开始尝试在Snakemake中使用容器，我有一个问题，什么需要预先构建到容器中，什么不需要。我是否需要将python脚本构建到容器中，将其声明为输入文件，或者可以从容器中访问该脚本(以及如何指向它)？(我也想使用ensemble-VEP，它有自己的大型参考数据库来处理)。我想我的问题可以归结为: Snakemake将哪些文件/位置挂载到容器中，当我编写涉及shell命令的规则时，我在哪里可以找到它们？文档似乎对此并不是很清楚，如果能够在不做
浏览 9提问于2021-10-06得票数 4
2回答
我正在使用Snakemake，我无法找到访问当前规则的名称的方法。，EDIT1，
只有当snakemake解析了{rules.myrule.name}和output语句时，才能通过input访问规则名。因此，{rules.myrule.name}在input/output定义中是不可能使用的。
浏览 0提问于2016-12-05得票数 10
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我写了我的第一个使用python脚本处理文件的snakemake规则： input:Complete log: E:\code\projects\essences\.snakemake\log\2020-02-10T025157.458955.
snakemake.
浏览 112提问于2020-02-10得票数 0
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test_input = "ref/" + test_file """ user anonymous " " cd {test_path}第二:如果我取消注释quit -
浏览 17提问于2021-09-09得票数 1
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