snakemake输入函数出现奇怪的结果
snakemake是一个用于构建和管理复杂数据分析工作流的工具。它使用Python语言编写，旨在简化数据分析的自动化和重复性。
在snakemake中，输入函数用于指定工作流中每个规则的输入文件。它可以是一个字符串、一个函数或一个列表。当输入函数出现奇怪的结果时，可能是由于以下原因之一：
- 输入函数的逻辑错误：请检查输入函数的代码，确保它正确地返回所需的输入文件。可能需要检查文件路径、文件名生成逻辑或其他相关逻辑。
- 输入文件不存在：如果输入函数返回的文件在指定路径下不存在，snakemake将会报错。请确保输入函数返回的文件路径是正确的，并且文件确实存在。
- 输入函数的依赖项发生变化：如果输入函数依赖于其他文件或规则的输出文件，当这些依赖项发生变化时，输入函数的结果也会发生变化。请确保所有依赖项都已正确定义，并且在工作流中的正确位置。
- 输入函数的缓存问题：snakemake会缓存输入函数的结果，以避免重复计算。如果输入函数的结果已经被缓存，但您希望强制重新计算，请使用
--forceall或--forcerun参数运行snakemake命令。
总之，当snakemake的输入函数出现奇怪的结果时，您应该仔细检查输入函数的逻辑、文件路径和依赖项，并确保它们都正确无误。如果问题仍然存在，您可以尝试重新运行snakemake命令，并使用适当的参数来解决缓存问题。
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我试图提供一堆文件作为snakemake的输入，但由于某些原因，通配符不起作用：
rule cluster:
input:
script = '/Users/nikitavlasenko/python_scripts/python/dbscan.py',
path = '/Users/nikitavlasenko/python_scripts/data_files/umap/{sample}.csv'
output:
path = '/Users/nikitavlasenko/python_scripts/output
浏览 246提问于2018-06-13得票数 2
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Snakemake对我来说超级迷惑。我有如下形式的文件：
indir/type/name_1/run_1/name_1_processed.out
indir/type/name_1/run_2/name_1_processed.out
indir/type/name_2/run_1/name_2_processed.out
indir/type/name_2/run_2/name_2_processed.out
其中type、name和数字是可变的。我想聚合文件，使所有具有相同“名称”的文件都在一个目录中结束：
outdir/type/name/name_1-1.out
outdir/typ
浏览 0提问于2020-06-03得票数 0
我在snakemake中使用的一个工具可以在N个案例中的一个案例中对相同的数据返回一个奇怪的信号(非零状态)，并且不记录输出。根据这一点，每当我收到这样的信号并得到空输出时，我都想重新启动该规则。我认为这是一种"while-cycle“。我知道这种在没有明确DAG的情况下工作的逻辑与snakemake的想法相矛盾，但随着检查点的出现，我相信可以找到解决方案。 谢谢!
浏览 13提问于2021-07-22得票数 0
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我必须对遗传信息进行估算，但是脚本和文件位于不同的位置。还涉及到一些与are (集群)并行的作业。过多的人工运行等待是完成工作所必需的。
为了简化混乱，我想把这些bash脚本放到Snakemake管道中。预期的结果将是一个Snakefile，其规则仅由shell脚本组成，因为输入/输出文件已经指定。
为此，我必须运行以下简单示例：
假设我们有一个名为test.txt包含列表的输入：
13 234 34 4
以及用于排序的bash脚本，称为test.sh：
sort -n test.txt > test1.txt
为了通过Snakemake运行这个脚本，我制作了Snakefile：
rul
浏览 1提问于2019-08-08得票数 0
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我正在编写一个snakemake文件，它的输入文件位于特定的位置，具有特定的文件夹名(在本例中为barcode9[456])。我需要更改这些目录中的命名约定，因此我现在想要向我的snakemake添加第一个规则，它将把原始位置(FASTQ_PATH)中的文件夹链接到snakemake工作目录中的输出文件夹。此目录中链接文件夹的名称来自python dictionay d，在snakemake中定义。然后，我将使用这些目录作为下游规则的输入。 因此，我的snakemake的第一条规则实际上是一个python脚本(scripts/ln.py)，它将原始目录中的命名约定映射到所需的命名约定，并链接
浏览 50提问于2021-06-22得票数 1
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我想创建一个Snakemake规则，其中有:输入、日志、shell部分。没有输出，我只想捕获日志作为命令的结果。
浏览 5提问于2020-08-18得票数 1
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我写了我的第一个使用python脚本处理文件的snakemake规则：
rule sanitize_labels:
input:
"data/raw/labels/rois_essence_31_10_2019_final.shp",
"data/raw/labels/pts_carte_auto_final.shp"
output:
"data/interim/labels/rois_essence_31_10_2019_final.csv",
"data/
浏览 112提问于2020-02-10得票数 0
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即使Snakemake构建的输出文件已经存在，Snakemake也只想重新运行我的整个管道，因为我已经修改了第一个输入或中间输出文件之一。
我用-n做了一次Snakemake预演，给出了以下更新输入文件的报告，解决了这个问题：
Reason: Updated input files: input-data.csv
和这条更新中间文件的消息
reason: Input files updated by another job: intermediary-output.csv
如何强制Snakemake忽略文件更新？
浏览 1提问于2019-06-28得票数 13
我试图将一个名为--config的参数传递给snakemake函数。似乎不管我怎么传递它，所有的下划线都被删除了？有什么建议吗，还是我做错了什么？
snakemake -s snakefile.py all --configfile /share/biocore/keith/dennislab/snakemake/templates/tagseq.json --config samples=60_3_6,
或
snakemake -s snakefile.py all --configfile /share/biocore/keith/dennislab/snakemake/templates
浏览 4提问于2019-10-20得票数 3
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从中，我知道我可以定义一个概要文件并通过
snakemake --profile <name>
我可以将其中一个配置文件设为默认配置文件(在输入命令snakemake时使用)吗？
在.bashrc中定义别名是一种变通方法。然而，我想知道是否有一个“官方”的snakemake解决方案。
Sideremark:我创建snakemake默认配置文件的最初动机是定义默认核心数，这样我就不必总是键入
snakemake -j [cores]
默认的内核数量是"None“(对于我使用conda安装的snakemake )。
浏览 1提问于2021-05-14得票数 1
我正在尝试使用snakemake自动化一个使用软件的shell命令： ./chopchop.py -G hg38 -o temp -Target chr16:46390060-46390782 在这个命令中，'chr16:46390060-46390782‘输入将会改变。所有不同的输入都在一个文件中，我必须在该文件中进行解析，以获得适当的输入格式 cat test.bed
chr16 46390060 46390782
chr21 33931554 33931728 我有一个运行shell命令简单的snakemake规则 rule run_chopchop :
浏览 52提问于2021-10-14得票数 0
我是蛇形蛋糕的新手。当我在“蛇形码头”( Docks of snakemake， )中阅读Snakemake教程时，我不明白它的含义。有人能解释一下吗，非常感谢！
如果一个输入文件比一个输出文件更新，或者一个输入文件将由另一个作业更新，Snakemake只会重新运行作业。
浏览 7提问于2018-01-05得票数 0
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这里没有经验，自认为是“编码器”，所以请理解:]
我正在尝试学习和使用Snakemake来为我的分析构建管道。不幸的是，我无法同时运行单个作业/规则的多个实例。我的工作站不是计算集群，因此我不能使用此选项。我花了几个小时寻找答案，但要么没有答案，要么我没有足够的知识来理解它。那么:有没有办法同时运行单个作业/规则的多个实例？
如果你想要一个具体的例子：
假设我想使用fastqc工具分析一组4个.fastq文件。所以我输入了一条命令：
time snakemake -j 32
从而运行我的代码，即：
SAMPLES, = glob_wildcards("{x}.fastq.gz"
浏览 0提问于2018-06-25得票数 1
有没有办法让snakemake在输入丢失的情况下表现得像make一样？snakemake当前的行为是bug还是一个特性？ $ ls
b Makefile Snakefile
$ cat Makefile
b: a
touch b
a:
touch a
$ make -n
touch a
touch b
$ cat Snakefile
rule b:
input: "a"
output: touch("b")
rule a:
output: touch("a")
$ snakemake -n
B
浏览 14提问于2020-08-14得票数 2
我有一个snakemake工作流，其中包含一个运行另一个“内部”snakemake工作流的规则。
有时内部工作流的某个规则失败，这意味着内部工作流失败。因此，内部工作流的output下列出的所有文件都会被外部工作流删除，即使创建它们的内部工作流规则成功地完成了它们。
是否有办法防止snakemake删除失败规则的输出？或者你可以提出另一个解决办法？
几个注意事项：
内部工作流的输出必须列出，b/c作为外部工作流中其他规则的输入。
我尝试将内部工作流的输出设置为protected，但这没有帮助。
我还尝试在调用结束时添加exit 0到内部工作流，以使snakemake认为它已经成功完
浏览 6提问于2020-12-22得票数 0
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我有一个奇怪的Snakemake规则，我想创建Snakemake文档没有描述的规则。我有规则picard_dupes，它产生三个输出、度量、bai和bai文件。但是，与通过输出创建的bai和度量不同，bai是在不包含在输出中的CREATE_INDEX中创建的。创建一个.bai而不是bam.bai文件。在规则中，picard_bai将此文件重命名为可在以后的规则中识别。但是，我收到了一个错误:丢失了规则picard_bai的输入文件。这告诉我的Snakemake正在尝试在picard_bai之前执行picard_dup。我如何才能让它工作在我的bai是输出，而不是在输出移动到下一个规则输入？
r
浏览 4提问于2022-05-02得票数 0
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1回答
我有大量的输入文件组织如下：
data/
├── set1/
│ ├── file1_R1.fq.gz
│ ├── file1_R2.fq.gz
│ ├── file2_R1.fq.gz
│ ├── file2_R2.fq.gz
| :
│ └── fileX_R2.fq.gz
├── another_set/
│ ├── asdf1_R1.fq.gz
│ ├── asdf1_R2.fq.gz
│ ├── asdf2_R1.fq.gz
│ ├── asdf2_R2.fq.gz
| :
│ └── asdfX_R2.fq.gz
:
└── m
浏览 8提问于2019-08-02得票数 3
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在我的例子中，输入和输出文件的名称没有模式，所以我使用了一个dict将输出映射到输入文件，然后在函数中使用这个dict作为输入。下面是Snakemake文件的代码： in_files = ['in_a', 'in_b']
out_files = ['out_c', 'out_d']
out_to_in_dict = dict()
for in_file, out_file in zip(in_files, out_files):
out_to_in_dict[out_file] = in_file
rule all:
浏览 65提问于2019-10-02得票数 2
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我想使用snakemake实用程序(5.6.0)来使用存储在EGA上的文件。首先，我想尝试官方文档中编写的代码，所以我尝试了以下内容： import snakemake.remote.EGA as EGA
ega = EGA.RemoteProvider()
rule get_remote_file_ega:
input:
ega.remote("ega/dataset_id/foo.bam")
output:
"data/foo.bam"
shell:
"cp {input} {outp
浏览 7提问于2019-09-27得票数 1
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相关：
使用直接安装到计算节点上的简单命令或工具，没有问题。
我的测试Snakefile是：
rule bwa_sge_c_test:
conda:
"bwa.yaml"
shell:
"bwa > snaketest.txt"
Bwa.yaml文件是：
channels:
- bioconda
dependencies:
- bwa=0.7.17
我使用以下命令运行SnakeMake：
snakemake -d "/home/<username>" --use-c
浏览 11提问于2018-09-10得票数 1
3回答
我试着在本地电脑上运行Snakemake命令。即使我使用了最简单的代码结构，它也没有工作，如下所示：
规则fastqc_raw:输入：“原始/快速”输出：“输出/fastqc_raw/a.html”外壳："fastqc {input} -o {output} -t 4“
它显示了以下错误：
规则fastqc_raw: fastqc_raw:1输出: output/ fastqc _raw/A.html RuleException: CalledProcessError在/Users/01/Desktop/Snakemake/Snakefile:命令‘set -euo pipe
浏览 1提问于2018-10-03得票数 3
我试图在kubernetes集群(GKE)上运行snakemake管道。该作业是从GCE启动的。有时起作用，但大多数情况下不起作用。
我采取的步骤是
gcloud container clusters get-credentials snakemake-k8s-demo
kubectl delete pod $(kubectl get pods | grep snakejob|colprint 1)
snakemake --kubernetes --container-image eu.gcr.io/scailyte-is/snakemake-gsdk --use-conda --defaul
浏览 0提问于2020-04-09得票数 2
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感谢你继续在Snakemake上付出如此多的努力！
snakemake --no-shared-fs --default-remote-provider S3 --default-remote-prefix mybucket hellos3
所以这对我不起作用(MissingOutputException)
rule hellos3:
output: "hello_s3.txt"
shell:
"""
echo "hello world" > hello_s3_tmp.txt
浏览 1提问于2018-09-28得票数 0
我的项目可能有一些实例，在这些实例中，输入数据集被覆盖，但内容不会更改。Snakemake中是否有一种使用校验和而不是时间戳来检查构建更改的方法？
例如，Scon使用md5散列检查代码和数据中的构建更改(仅在时间戳更改的情况下计算哈希)。但我更喜欢使用Snakemake，因为它的其他杀手功能。
所需的行为类似于文档中描述的功能。文件上写着：
没有必要使用此特性来避免工作流中的冗余计算。Snakemake已经从盒子里拿出来做了。
但是，所有对此问题的引用都指向Snakemake，它只使用普通工作流中的时间戳。
使用ancient标记或者使用touch调整时间戳对我来说是行不通的，因为这需
浏览 5提问于2021-01-26得票数 2
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2回答
我从本地计算机与远程服务器上的ssh连接。
我在远程服务器上运行我的Snakemake。
我想使用作为规则的输入，该规则是我的本地机器上的一个文件.
当然，由于我在服务器上运行了我的Snakemake，服务器变成了本地机器，本地机器变成了远程机器(用于Snakemake)。
from snakemake.remote.SFTP import RemoteProvider
# I am not sure about the private key, is it the one I have on the server ?
# I have the same result with or wit
浏览 6提问于2020-03-03得票数 1
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我试图通过安装perl的conda环境中的cpanm安装perl模块。构建conda环境的定义如下：
name: perl_env
channels:
- bioconda
- conda-forge
- defaults
dependencies:
- perl=5.26
- perl-app-cpanminus
- perl-local-lib
- gcc_impl_linux-64
- gxx_linux-64
- openmpi=4.1.0
环境的结果是安装了以下软件包：
# Name Version
浏览 10提问于2021-01-14得票数 3
我在用snakemake来运行我的管道。
rule fisrt_rule:
input: "{sample}/path/to/{sample}.txt"
output: "{sample}/path/to/{sample}.stat"
shell:
"""
do something
"""
rule next_rule:
input:
folder="{sample}/path/to/"
浏览 2提问于2021-01-29得票数 1
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1回答
我试图运行一个snakemake文件，但是它产生了一个奇怪的结果。
refseq = 'refseq.fasta'
reads = '_R1_001'
reads2 = '_R2_001'
configfile: "config.yaml"
## Add config
def getsamples():
import glob
test = (glob.glob("*.fastq.gz"))
samples = []
for i in test:
samples.
浏览 11提问于2022-12-02得票数 2
首先，这可能是Snakemake and pandas syntax的复制品。然而，我仍然感到困惑，所以我想再解释一次。 在Snakemake中，我加载了一个包含多个列的示例表。其中一列名为“READ1”，它包含样本特定的读取长度。我想分别获得每个样本的这个值，因为它可能不同。 我所期望的是： rule mismatch_profile:
input:
rseqc_input_bam
output:
os.path.join(rseqc_dir, '{sample}.mismatch_profile.xls')
cond
浏览 10提问于2019-01-08得票数 2
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希望你能帮我解决我的问题或者告诉我提交报告。
我正在从另一个蛇形文件中的github“导入”一个snakemake模块，这是本地的。这似乎打乱了当地蛇形动物的目标。当第二个snakefile被导入时，目标不再是规则'all‘所指定的目标，而是由一些任意的(?)规则在导入的snakefile中，即使导入的snakefile不包含任何相关规则。
我已经在github上编写了两个回购的示例集，它们都遇到了这个问题(lpagie/repo1和lpagie/repo2)。从repo1/readme.md：
==============
这个回购是为了说明一个问题(?)使用github中的snak
浏览 4提问于2021-10-06得票数 1
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我对GCP非常熟悉，但对Snakemake还很陌生。 我有一个简单的工作示例，其中包含一个snakemake文件，该文件具有： rule sed_example:
input:
"in{sample}.txt"
output:
"out{sample}.txt"
shell:
"sed 'y/abcdefghijklmnopqrstuvwxyzABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ/nopqrstuvwxyzabcdefghijklmNOPQRSTUVWXYZ
浏览 27提问于2020-06-13得票数 0
我试图在snakemake中创建一个迭代规则。数据中有一个空文本文件/名为basic_0。我希望通过调用$ snakemake data/basic_<x>.txt --cores 1对其应用一条规则"x“倍(其中"x”是一个整数)，其中snakefile如下所示：
rule iterative_addHi:
input:
"data/basic_{iter}.txt"
output:
"data/basic_{iter+1}.txt"
shell:
"p
浏览 6提问于2022-06-29得票数 3
我是Snakemake的新手，我正在尝试开发一些管道。我在使用通配符时遇到了一些问题，试图尽可能地自动化我的生物信息学分析。当管道变得更加复杂时，我遇到了麻烦(如下所示)。看起来Snakemake没有正确解析通配符。在Snakefile的预演期间，通配符的值在某些规则的执行中看起来是正确的。但是，相同的通配符会在管道的不同步骤(规则)中导致错误，我无法找出原因。下面我提供了演练的代码和输出消息。 num=["327905-LR-41624_normal","327907-LR-41624_tumor"]
num_normal=["327905-LR-4
浏览 45提问于2019-04-08得票数 0
这是一个非常奇怪的问题。当我在rule部分指定的{input}是一个<200个文件的列表时，snakemake可以正常工作。但是当{input}有超过500个文件时，snakemake就会退出，并显示消息(one of the commands exited with non-zero exit code; note that snakemake uses bash strict mode!)。完整日志未提供任何错误消息。
日志请参考：
有效的规则是(请注意，input的上限是200个文件)：
rule combine_fastq:
input:
lambda w
浏览 2提问于2020-09-26得票数 4
我正在做snakemake，为我的工作做管道。我的输入文件是(示例fastq文件) /project/ateeq/PROJECT/snakemake-example/raw_data/H667-1_R1.fastq.gz
/project/ateeq/PROJECT/snakemake-example/raw_data/H667-1_R2.fastq.gz
/project/ateeq/PROJECT/snakemake-example/raw_data/H667-2_R1.fastq.gz
/project/ateeq/PROJECT/snakemake-example/raw_data/
浏览 136提问于2019-06-11得票数 1
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我在Snakemake上遇到了一个WildcardError: Wildcards in input files cannot be determined from output files问题。问题是我不想在输入文件名中保留变量部分。例如，假设我有这些文件。
$ mkdir input
$ touch input/a-foo.txt
$ touch input/b-wsdfg.txt
$ touch input/c-3523.txt
我有一个像这样的Snakemake文件：
subjects = ['a', 'b', 'c']
result_
浏览 9提问于2021-03-10得票数 1
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我创建了以下snakemake规则：
rule cutadapt:
input:
input
output:
output
log:
logs
params:
"-a 'A{100}' --nextseq-trim=20 -m 20"
wrapper:
"0.50.4/bio/cutadapt/se"
我得到以下错误消息：
不能从输出文件中确定params中的通配符。
由于{}，Snakemake将-a 'A{100}
浏览 9提问于2020-04-13得票数 4
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我想用一种非常简单的方式在Snakemake中使用通配符来启动两个数据集的脚本。不幸的是，我找不到合适的方法。
我的数据文件夹包含三个文件: gene_list.txt、expression_JGI.txt、expression_UBC.txt。
下面是我的蛇形图：
rule extract:
input:
genes="data/gene_list.txt",
expression="data/expression_{dataset}.txt"
output:
"data/expressi
浏览 13提问于2022-11-16得票数 1
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我对snakemake还是个新手，所以我仍然很难将shell命令和python代码结合起来。 我的解决方案是生成脚本文件，然后在此脚本中执行shell命令。 调用snakemake.shell和os.system来执行命令行有什么机械上的区别吗？ 示例： sample = ["SRR12845350"]
rule prefetch:
input:
"results/Metadata/{sample}.json"
output:
"results/SRA/{sample}.sra
params:
"prefet
浏览 29提问于2020-11-05得票数 0
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我有一个输入文件，每一行对应于一个序列，我需要对每个序列进行多次检查(已经使用python脚本，多个函数完成了)。其中一些检查(函数)不相互依赖，可以并发运行。所以我想用Snakemake
问题是，大多数示例使用这么多输入文件，而我只有一个文件，但需要在文件的每一行上运行不同的shell。有人想出了什么主意/例子吗？
我的第二个问题是，我的python脚本中的一些函数不打印文件，而是返回一些内容。虽然我已经看到大多数类似蛇形的例子都有一个输出(这是一个文件)。如何处理Snakemake工作流中的这些功能？我的意思是我如何在不同的函数/规则/.之间传递争论。等?我希望我的要求是清楚的。谢谢
我在
浏览 0提问于2019-07-07得票数 1
我正在练习用snakemake编写工作流。
我的Snakefile的内容
configfile: "config.yaml"
rule get_col:
input:
expand("data/{file}.csv",file=config["datname"])
output:
expand("output/{file}_col{param}.csv",file=config["datname"],param=config["cols"])
params:
col=
浏览 10提问于2020-10-28得票数 1
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我正在尝试让snakemake (运行在Ubuntu20.04上的5.20.0版本)的--profile参数正常工作。我设置了一个配置文件目录，其中包含一个config.yaml文件。如果我把这个放到config.yaml中
verbose: 1
然后运行snakemake --profile xxx target，一切都很顺利。但是，如果配置文件包含
set-threads: "trim=7 diamond_dna=5"
snakemake抱怨道：
MissingRuleException:
No rule to produce --set-threads=trim=7 di
浏览 0提问于2020-08-01得票数 1
我正在尝试创建一个snakemake管道，它的输出由特定文件夹中的一组序列文件决定。这里我的文件路径的结构类似于：
project_dir
> Snakefile
> code
> python_scripts
> ab1_to_fastq.py
> data
> 1.ab1_files
> A.ab1
> B.ab1
> C.ab1
> 2.fastq_files
这是我的实际Snake
浏览 8提问于2018-02-08得票数 2
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当最初的DAG作业生成时，我的Snakemake变体识别管道出现了一个错误。我认为这是内存问题；当我使用简短的输入文件列表进行测试时，DAG的构造是没有问题的，但是，当我尝试使用300+输入配对-fastq时，我会收到以下错误：
Building DAG of jobs...
Traceback (most recent call last):
File "/home//.conda/envs/snakemake/lib/python3.6/site-packages/snakemake/__init__.py", line 633, in snakemake
ke
浏览 15提问于2022-02-15得票数 0
我在集群模式下使用snakemake向HPCC提交一个简单的一个规则工作流，HPCC通过多个计算节点运行Torque。NFSv4存储安装在/data上。有一个链接/PROJECT_DIR -> /->/PROJECT_DIR/
我提交这份工作时使用：
snakemake --verbose --use-conda --conda-prefix /data/software/miniconda3-ngs/envs/snakemake \
--rerun-incomplete --printshellcmds --latency-wait 60 \
--configfile /PR
浏览 2提问于2021-03-30得票数 2
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我有两种可能的三位一体路径，基因组自由(GF)和基因组引导(GG)。为了决定该怎么走，我使用了从配置中引导的变量，并根据它给出了由GG或GF部分创建的文件的路径。 问题是无论输入函数返回什么，snakemake总是试图运行GG部分。(除了ofc的例外) def GenomeDependentInput()->str:
guided = config["GUIDED"]
if guided == "GF":
print(rules.aggregate_GF.output.fasta) #this print is run by snakemake
浏览 6提问于2020-09-03得票数 0
我想以与D3.js兼容的JSON格式导出我的工作流的DAG：
snakemake.snakemake(snakefile=smfile,
dryrun=True,
forceall=True,
printdag=False,
printd3dag=True,
keepgoing=True,
cluster_config=cluster_config,
浏览 5提问于2018-08-22得票数 0
我正在尝试构建一个用来分析RNAseq数据集的snakemake管道。有些数据集可能是(1)单端或成对端，(2)数据集之间的搁浅程度也可能不同。我希望snakemake管道自动检测这两个变量，并在RSEM输入中填充它。
我想出了一种使用infer_experiment.py从RSeQC中输出文件"strandedness.txt“的方法(注意前2行是空的)。
-这是PairEnd数据部分的读取失败无法确定: 0.0134 %的读取解释为“1++，1-，2+-，2-+”：0.0049部分读解释为“1+-，1-+，2++，2-”：0.9817
现在，我想使用AWK，例如，使用下面的AW
浏览 7提问于2022-05-19得票数 0
回答已采纳
主编辑：由于评论和编写了一个最小的可重复示例来帮助我的助手修复了几个问题，我将问题缩小到本地执行和使用DRMAA之间的区别。
是一个最小的可复制管道，它不需要任何外部文件下载，可以在git存储库中立即执行或克隆：
git clone git@github.com:kevinrue/snakemake-issue-all.git
当我使用DRMAA运行管道时，我得到以下错误：
Building DAG of jobs...
Using shell: /bin/bash
Provided cluster nodes: 100
Singularity containers: ignored
Job
浏览 3提问于2020-06-11得票数 1
回答已采纳
我有一个Snakefile，我想使用来自另一个Snakefile的规则作为一个模块。问题是，第一条规则没有修改输入，Snakemake抛出一个MissingInputException
这是我的蛇主人：
from snakemake.utils import min_version
min_version("6.0")
container: "docker://condaforge/mambaforge:4.12.0-0"
pepfile: "pep/config.yaml"
include: "modules/import/Snake
浏览 7提问于2022-05-19得票数 1
回答已采纳
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