戳上面蓝字“育种数据分析之放飞自我”关注我呦 使用TASSEL学习GWAS笔记（6/6）：TASSEL结果可视化：QQ plot，曼哈顿图 #2021.9.04 笔记计划分为六篇： 第一篇：读取plink...TASSEL的GLM和MLM分析结果 质控后的plink数据和表型数据： 「GLM的GWAS分析结果：」 「MLM的GWAS分析结果：」 2....TASSEL中的可视化 TASSEL有对结果进行可视化的模块，包括qq图和曼哈顿图，但是图不方便调整。这里用TASSEL的分析结果，使用R语言进行绘制qq图和曼哈顿图。 3....R语言包安装及载入 需要用到： qqman tidyverse data.table 下面代码，会判断是否有这三个包，如果没有，就自动安装。然后载入软件包。 if(!...完整代码汇总 「GLM的可视化代码：」 ## 对TASSEL GLM 模型可视化 if(!
本文介绍如何tassel 和vcftools两个软件，将hapmap格式的数据转化为plink格式的数据。 环境：linux系统 2....安装软件 首先，要安装anaconda或者miniconda，然后使用conda install进行软件安装, 安装conda方法：https://docs.anaconda.com/anaconda/...install/linux/ 2.1 安装tassel tassel的按照方法，使用git将文件copy到本地，然后将里面的内容（可执行文件） copy到home下的bin文件中， 不用设置路径了。...git clone https://bitbucket.org/tasseladmin/tassel-5-standalone.git 2.2 安装vcftools https://anaconda.org...-out tassel.test.vcf2plink ?
TASSEL的GLM和MLM分析结果 质控后的plink数据和表型数据： 「GLM的GWAS分析结果：」 「MLM的GWAS分析结果：」 2....TASSEL中的可视化 TASSEL有对结果进行可视化的模块，包括qq图和曼哈顿图，但是图不方便调整。这里用TASSEL的分析结果，使用R语言进行绘制qq图和曼哈顿图。 3....R语言包安装及载入 需要用到： qqman tidyverse data.table 下面代码，会判断是否有这三个包，如果没有，就自动安装。然后载入软件包。 if(!...完整代码汇总 「GLM的可视化代码：」 ## 对TASSEL GLM 模型可视化 if(!...fwrite(d1,"y1_result.csv") fwrite(d2,"y2_result.csv") fwrite(d3,"y3_result.csv") 「MLM的可视化代码：」 ## 对TASSEL
之前写的Tassel说明文档，虽然我都是使用命令行相关的软件，但是我发现，Linux，命令行对大多数人还是可望而不可即，分享一篇我做的说明文档，用示例数据，一步一步进行GWAS分析。...下载安装软件 2. 导入数据 3....下载安装软件 下载地址：http://tassel.bitbucket.org/ 这里下载的是win的64为系统，截图如下： ? 安装成功后，打开菜单如下： ? 2....导入数据 数据下载地址：http://tassel.bitbucket.org/ 截图如下： ? 打开data，load，选择Make Best Guess ? 选择几个示例数据： ?
linux下，如何安装rpm命令？ 更新时间：2019-05-20 07:50 最满意答案 rpm默认就安装在了发行版本里，比如RedHat和centos。...RPM是一种用于互联网下载包的打包及安装工具，它包含在某些Linux分发版中。它生成具有.RPM扩展名的文件。与Dpkg类似。 RPM文件在Linux系统中的安装最为简便。...RPM是一种用于互联网下载包的打包及安装工具，它包含在某些Linux分发版中。它生成具有.RPM扩展名的文件。与Dpkg类似。 RPM文件在Linux系统中的安装最为简便。...RPM是一种用于互联网下载包的打包及安装工具，它包含在某些Linux分发版中。它生成具有.RPM扩展名的文件。与Dpkg类似。 RPM文件在Linux系统中的安装最为简便。...rpm软件包的信息 2 查询rpm软件包安装文件的信息 3 安装rpm软件包到当前linux系统 4 从linux系统中卸载已安装的rpm软件包 5 升级当前linux系统的rpm软件包 (1)#rpm
的下载地址 https://mirrors.edge.kernel.org/pub/software/scm/git/ http://mirrors.jenkins.io/war-stable/ 找到对应想安装的版本...下载下来 git使用make命令进行编译，可以指定路径也可以不指定目录 默认安装到了，usr/local/bin下面了，然后在root下加上软连接 ln -snf /usr/local/bin/git
Linux的使用相信大家都要用到java吧！...在使用java前我们得先安装jdk以及配置环境变量等工作；下面小编给大家分享关于Linux安装jdk的详细步骤： 一、登录虚拟机进入终端切换到root用户，输入：su 接着输入密码 再输入：cd … 回到...root用户 二、查看Linux系统是否有自带的jdk： 1、输入：java -version 2、发现有输入：rpm -qa | grep java 检测jdk的安装包，（注意：rpm命令符没有时记得下载一个输入...六、下载完后用FileZilla文件传输器，把jdk安装包传到虚拟机对应的文件夹当中；或者直接在Linux下载即可 七、在终端进入对应的文件的目录，进一步解压，输入tar -zxvf...、输入：javac 3、输入：java 到此Linux安装jdk就完成啦！
linux安装Node.js（详细）Node.js安装教程 文章目录 linux安装Node.js（详细）Node.js安装教程 1：下载 2：解压 3：移动目录 1：创建目录 2：移动目录并重命名 4...：设置环境变量 5：刷新修改 6：安装完成，查看版本号 1：下载 wget https://nodejs.org/dist/v14.17.4/node-v14.17.4-linux-x64.tar.xz...更多版本选择： ===》更多nodejs版本下载 2：解压 tar xf node-v14.17.4-linux-x64.tar.xz 可以查看当前目录下的文件，执行：ls （命令） 解压成功后可以选择删除压缩包...：rm -rf node-v14.17.4-linux-x64.tar.xz 其中：-f 会提醒是否删除 ；-rf 会强制删除，不会提醒。...5：刷新修改 source /etc/profile 6：安装完成，查看版本号 node版本号： node -v npm版本号： npm -v 注意：配合pm2使用npm可以让程序在后台运行。
1、安装zookeeper，将zookeeper上传到三个服务器，保存在/usr/local/zookeeper目录下，解压tar包 tar -xzvf zookeeper-3.4.6.tar.gz...ZOOKEEPER=/usr/local/zookeeper/zookeeper-3.4.6 PATH=PATH:ZOOKEEPER/bin 并执行 source /etc/profile 6、安装成功
linux安装.net 下载.net https://dotnet.microsoft.com/download/thank-you/dotnet-sdk-2.1.4-linux-x64-binaries...下载安装包后执行命令： dotnet-sdk-2.1.302-linux-x64.tar.gz yum install libicu -y cd /root ln -s /data1/soft /data.../soft tar zxvf dotnet-sdk-2.1.302-linux-x64.tar.gz -C /data1/soft/dotnet/ echo 'export DONET_ROOT=$PATH
wget命令是linux系统下的一个常用命令。下面由学习啦小编为大家整理了linux安装wget命令的相关知识，希望大家喜欢!...linux安装wget命令方法一 debian 或者 ubuntu : sudo apt-get install wget centos : sudo yum -y install wget linux...安装wget命令方法二 我们先安装linux系统比如centos7.1里面有的就没有wget下载工具。...07-30 03:09:43 (1.50 MB/s) – ‘lanmp_laster.tar.gz’ saved [81312101/81312101] [root@localhost ~]# 这个命令安装
本章节我们将为大家介绍 Linux 的安装，安装步骤比较繁琐，现在其实云服务器挺普遍的，价格也便宜，如果直接不想搭建，也可以直接买一台学习用用，参考各大云服务器比较。...-1503-01.iso : 网络安装镜像（从网络安装或者救援系统） CentOS-7.0-x86_64-Everything-1503-01.iso: 对完整版安装盘的软件进行补充，集成所有软件。...64位Linux系统。...旧版本下载地址：https://wiki.centos.org/Download 接下来你需要将下载的Linux系统刻录成光盘或U盘。...注：你也可以在Window上安装VMware虚拟机来安装Linux系统。 ---- Linux 安装步骤 1、首先，使用光驱或U盘或你下载的Linux ISO文件进行安装。 界面说明： ?
官方下载: 最新版下载地址: http://nodejs.cn/download/ v14.3.x 下载地址： https://nodejs.org/download/release/v14.3.0/ 安装...Node环境 我们下载Linux 二进制文件进行安装： # 下载 wget https://nodejs.org/download/release/v14.3.0/node-v14.3.0-linux-x64....tar.gz ## 解压 tar -xzf node-v14.3.0-linux-x64.tar.gz ## mv node-v14.3.0-linux-x64 /usr/local/node 环境变量配置...NODE_HOME=/usr/local/node export PATH=$PATH:$NODE_HOME/bin 查看是否生效 source /etc/profile ## $ node -v v14.3.0 安装...安装方式如下: $ npm install -g cnpm --registry=https://registry.npm.taobao.org npm WARN deprecated request@
文章目录 一、下载Python包 二、安装依赖环境 三、安装Python3 四、建立Python3和pip3的软链 五、检查是否安装成功 ---- 【Python测试交流群:8140 78962】 --...所以这里建议通过国内镜像进行下载 例如：淘宝镜像 http://npm.taobao.org/mirrors/python/ ---- 大部分版本和各系统包都提供，这里的教程用Python3.9.6来举例： 1）Linux...可以通过wget命令进行下载（在任意目录执行下面的命令,如果找提示找不到wget可以使用yum -y install wget进行安装）： wget http://npm.taobao.org/mirrors.../python/3.9.6/Python-3.9.6.tgz ---- 2）如果没有wget又不想额外安装的话可以先通过网页下载到本地，然后上传到Linux服务器： ---- 二、安装依赖环境 1...gcc：yum install gcc 3.Python3.7版本之后需要安装libffi-devel：yum install libffi-devel -y ---- 三、安装Python3 1.创建
Gothic Medium', 'Arial Narrow', Arial, sans-serif; text-align: center; color:#dc8f03; } .lantern-tassel-top...position: relative; margin:-5px 0 0 59px; animation: swing 3s infinite ease-in-out; } .lantern-tassel-middle...,.lantern-tassel-bottom { position: absolute; width: 10px; left: -2px; } .lantern-tassel-middle...{value} <div class="lantern-<em>tassel</em>-bottom
问题来源：TASSEL的google group： https://groups.google.com/g/tassel/c/v1aOPCYFyJE/m/HromqNnNIyMJ 问题描述： Dear...In association mapping results in Tassel by MLM model gives Marker R2 values....张志武老师回复： The association studies in TASSEL (MLM or GLM) are performed on markers one at a time....在TASSEL中GLM或者MLM模型中，是单标记扫描，之所以SNP的R2（R square）之和会大于1，因为标记间存在LD，比如一个标记关联的基因能解释20%的变异，这个位点附近有6个标记都存在LD状态
#解决搭建LAMP环境遇到编译错误 #请将Linux系统盘放入光驱 #以下为Shell脚本 #此脚本功能为安装gcc等解释器 mkdir-p/root/iso mount/dev/cdrom/root/
昨天，星球内有老师问了一个问题，关于TASSEL中计算kinship异常的问题，讨论了kinship是怎么计算的？怎么判断是否异常？...我做了简短的回答： 今天做了一下测试，写篇博客总结一下，TASSEL的MLM模型构建的kinship矩阵是如何计算的。 1. 导入基因型数据 这里导入vcf格式的数据： 2.
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