创建函数:usethis::use_r() -> R/*.R -> 添加R函数脚本(合并因子)
NGS系列文章包括NGS基础、高颜值在线绘图和分析、转录组分析 (Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这)、ChIP-seq分析 (ChIP-seq基本分析流程)、单细胞测序分析 (重磅综述:三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程)、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘(典型医学设计实验GEO数据分析 (step-by-step))、批次效应处理等内容。
没有特别系统的学习 tidy evaluation 这方面的高级操作,最近有空准备补一补,学习下这方面的知识。
pacman包是一个整合了基础包library相关函数的包,用于更方便地对R包进行管理。该包可以添加到.Rprofile以便于显式地指定该包的函数,增加工作效率。其中关键函数p_load可以很好地提升论坛提问与博文,它会自动加载包,如果没有找到,会自动安装缺失包。
这里汇总的信息和视频解读推荐每个想要进阶和学习 R 包开发的读者看一看,是我两年开发经验的一个总结。R 包的开发目前是前所未有的简单,但大部分 R 用户不了解,无从下手,希望这篇文章可以为大家减少一些拦路虎(下方有二维码可以直达视频)。
R包的依赖处理非常奇怪,随着安装R包的数量变多,有较大概率会遇到R包依赖崩溃的情况。
参考:https://www.jianshu.com/p/cb16ded75672[1]
R是作为统计语言,生来就对数学有良好的支持,一个函数就能实现一种数学计算,所以用R语言做数学计算题特别方便。如果计算器中能嵌入R的计算函数,那么绝对是一种高科技产品。
《R for Data Science》: http://r4ds.had.co.nz/
这一步骤先检查上一步书写语法是否有误以及是否有遗漏等其他错,之后将注释信息和函数转换为Rmd文档。
该课程由 2 个部分组成。这将引导您完成正常 ATACseq 分析工作流程的每个步骤。它涵盖比对、QC、peak calling、基因组富集测试、基序富集和差异可及性测试。
本课程介绍 Bioconductor 中的 ChIPseq 分析。该课程由 4 个部分组成。这将引导您完成正常 ChIPseq 分析工作流程的每个步骤。它涵盖比对、QC、peak calling、基因组富集测试、基序富集和差异 ChIP 分析。
本课程[1]介绍 Bioconductor 中的 ChIPseq 分析。该课程由 4 个部分组成。这将引导您完成正常 ChIPseq 分析工作流程的每个步骤。它涵盖比对、QC、peak calling、基因组富集测试、基序富集和差异 ChIP 分析。
我们将实践、习惯、提升生产力的系统环境定义为工作流。项目管理和计划,这里使用DiagrammeR包。
参考:https://www.jianshu.com/p/797778c7703e
本文介绍了如何利用R语言中的hello包和R语言基础函数,实现向量化文本处理,并利用R语言中的可视化功能,进行数据可视化,实现数据科学中的数据处理、分析、和呈现。
遇到报错第一步肯定是先去浏览器查询啦。方法是:复制Error:后面的信息,黏贴到浏览器(必应或者Google),按搜索按钮就可以了。相信我,你并不孤独。果然有很多人遇到这个问题了,而且已经给出了解决方案,并在Seurat问答池中形成讨论:
这里记录一段时间我在互联网上看到的有意思的内容与信息,防止它们在我的脑袋里走丢了。
参见:https://www.omicsclass.com/article/517
单元测试是针对最小的单元编写测试代码。在 Java 中,最小的功能单位是方法,因此,对Java 程序进行单元测试就是针对单个 Java 方法的测试。
在实际工作中,每个数据科学项目各不相同,但基本都遵循一定的通用流程。具体如下: 数据科学工作流程: 1.数据导入 2.数据整理 3.反复理解数据 数据可视化 数据转换 统计建模 4.作出推断(比如
在实际工作中,每个数据科学项目各不相同,但基本都遵循一定的通用流程。具体如下: 数据科学工作流程 数据导入 数据整理 反复理解数据 数据可视化 数据转换 统计建模 作出推断(比如预测) 沟通交流 自动化分析 程序开发 下面列出每个步骤最有用的一些R包: 数据导入 以下R包主要用于数据导入和保存数据 feather:一种快速,轻量级的文件格式。在R和python上都可使用 readr:实现表格数据的快速导入。中文介绍可参考这里 readxl:读取Microsoft Excel电子表
PivotalR:用于读取Pivitol(Greenplum)和HAWQ数据库中的数据
最近看到很多人问下面这个图怎么绘制,看着确实不错。于是我查了一些资料,这个图叫split violin或者half violin,本质上是一种小提琴图。参考代码在https://gist.github.com/Karel-Kroeze/746685f5613e01ba820a31e57f87ec87
NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析 (Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这)、ChIP-seq分析 (ChIP-seq基本分析流程)、单细胞测序分析 (重磅综述:三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程 (原理、代码和评述))、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘(典型医学设计实验GEO数据分析 (step-by-step) - Limma差异分析、火山图、功能富集)等内容。
一个时间轴的组成 使用一个块级元素包裹内容,并未块级元素设置边框 定义圆形或者菱形等元素标签,子元素设置偏移或者定位元素将图标定位到边框上 使其中的内容不溢出,自动换行,内容自动撑高 英文自动换行:word-wrap:break-word;word-break:break-all 时间轴样式部分 使用时需要注意可能继承的样式会给li:after等伪类元素设置样式而造成效果异常 css中定义了一个圆形的图标class="yuan",一个菱形的图标class="diamond" <style>
package org.springframework.web.servlet {
本文素材的来源自业务部门技术负责人一次代码走查引发的故事,技术负责人在某次走查成员的代码时,发现他们的业务控制层大量充斥着如下的代码
本文主要讲一下session fixation attacks以及spring security对它的防范。
rocketmq-all-4.6.0-source-release/remoting/src/main/java/org/apache/rocketmq/remoting/netty/NettyRequestProcessor.java
在win10和11中可以分配工作空间,但是只能使用默认的ctrl+win+箭头。这需要使用两只手才能操作,不太方便。 可以使用windowAutoHotkey把快捷键改为 alt + 1/2/3/4 来快速切换到特定的窗口。 user_config.ahk
要想使用spring session,还需要创建名为springSessionRepositoryFilter的SessionRepositoryFilter类。该类实现了Sevlet Filter接口,当请求穿越sevlet filter链时应该首先经过springSessionRepositoryFilter,这样在后面获取session的时候,得到的将是spring session。为了springSessonRepositoryFilter作为filter链中的第一个,spring session提
flink-core-1.7.1-sources.jar!/org/apache/flink/api/common/restartstrategy/RestartStrategies.java
Session 是我们在做java web项目 或者是其他的web项目时 一定会接触的,在学习中,常常被我们用来存储用户的一些关键信息,如:登录状态等
所以我们重点关注的AbstractMessageSource的getMessage方法。以其中一个为例分析
(ps:前几个星期发生的事情)之前同事跟我说不要使用@Autowired方式注入HttpServletRequest(ps:我们的代码之前用的是第2种方式)。同事的意思大概是注入的HttpServletRequest对象是同一个而且存在线程安全问题。我保持质疑的态度,看了下源码,证明了@Autowired方式不存在线程安全问题,而@ModelAttribute方式存在线程安全问题。
rocketmq-all-4.6.0-source-release/common/src/main/java/org/apache/rocketmq/common/protocol/header/SendMessageRequestHeader.java
rocketmq/acl/src/main/java/org/apache/rocketmq/acl/AccessValidator.java
该文讲述了如何实现ios下滚动条默认显示,以及需要注意的样式和兼容性问题,并提供了一个demo示例。
网上有很多LaTeX软件,在线编辑器推荐Overleaf。但是我个人还是更喜欢离线写东西,所以尝试过各种编辑器,例如VSCode等等,这些编辑器都需要自己搭环境才能用,反正对于我们这种初学者而言门槛较高,而且浪费时间,所以下面介绍一个LaTeX组合可以让你直接上手体验LaTeX,而不需要挣扎在LaTeX的门口。
最近做的项目需要支持几十种语言,很多小语种在不认识的人看来跟乱码一样,翻译一般是由翻译公司翻译的,翻译完成后再导入到项目里面,这就容易存在一些问题。
在《Google Test(GTest)使用方法和源码解析——结果统计机制分析》文中,我么分析了GTest如何对测试结果进行统计的。本文我们将解析其结果输出所使用到的Listener机制。(转载请指明出于breaksoftware的csdn博客)
Cheddar/cheddar/cheddar-messaging/src/main/java/com/clicktravel/cheddar/infrastructure/messaging/MessageSender.java
TestRestTemplate和RestTemplate很类似,不过它是专门用在测试环境中的,本文我们将会讲述TestRestTemplate的一些常用方法。
Junit测试异常事件触发 下面的示例中测试在程序中触发异常事件的流程,流程如下 测试程序 public void testTimerBoundaryEventInterrupting() thro
this.getClass().getResource(resourceName)
org/apache/rocketmq/remoting/netty/RequestTask.java
session的作用是在一次会话中(从打开浏览器到关闭浏览器同当前服务器的交流)当客户端第一次请求session对象时候,服务器会为客户端创建一个session,并将通过特殊算法算出一个se
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