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人类胸腺发育的细胞图谱揭示了T细胞组库的形成

作者总共采集了 15 个胎儿胸腺(从 7 - 17 孕周)和 9 个出生后至成人期的胸腺样本,同时采用了不同的细胞分选策略保证细胞亚群的覆盖率。...RESULTS:作者从人类胸腺中鉴定出了超过 50 种状态的细胞。人胸腺中的细胞状态、丰度及基因表达谱随着胎儿及出生后发育呈动态变化。作者鉴定出了新的胸腺成纤维细胞和上皮细胞,并对其进行了定位。...1000 个细胞 从 HUGO Gene Nomenclature Committee 数据库获取趋化因子信息 通过在细胞-细胞对内将配-受体对的平均表达水平相乘,计算相互作用评分,并使用最大值归一化...作者将连接处的 Treg 定义为 Treg(diff),其表达低水平 FOXP3 和 CTLA4,而高表达 IKZF4、GNG8 和 PTGIR,这些基因均与自身免疫和 Treg 分化相关。...进一步地,作者推断 CD8αα+ T(II) 主要来自晚期 DP,而 NKT 样和 TH17 样细胞主要来自早期分化的胸腺细胞 ?

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细胞图谱 | Nature | 空间定位的人类胸腺细胞图谱映射到连续的组织轴上

罕见的ETP和DN(早期)阶段使用调整后的截止值绘制,以便于可视化。 f,从Visium数据中得出的CMA分箱中的趋化因子/细胞因子转录物的空间模式。根据胎儿胸腺中的空间模式对细胞因子进行聚类。...正在经历正向选择的 αβT(进入)细胞仍位于皮质,而成熟并承诺为 CD4 或 CD8 T 细胞谱系的胸腺细胞则在髓质中富集(图 3e)。...Visium 和 IBEX 映射显示 mcTECs 在儿童胸腺中的主要位置在被膜中。 此外,在髓质 CMJ 周围检测到第二个人群(图 4c,e),这与小鼠中的连接位置一致。...Para_06 总体而言,我们的数据揭示了胎儿胸腺囊状区域中假设的 TEC 前体细胞群的组织生态位,并表明其定位在儿童胸腺中部分转向连接区域和脉管周围空间。...简而言之,胸腺组织被精细切碎,使用 Liberase TH (Roche, 05401135001) 和 DNase I (Roche, 4716728001) 的混合物进行约30-60分钟的两轮细胞解离

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    NATURE|人类突变特征

    随后,包含聚类突变的SBS突变目录集进行了突变特征的从头提取。任何新的突变特征(以前在完整的SBS目录中没有看到的)都认为识聚集突变特征。 5....评估突变特征与年龄相关性 在评估年龄和突变特征之间的联系之前,将年龄和突变数量归因于癌症类型的特征的所有离群值从数据中移除。离群值定义为离均值三个标准差以外的任何值。...本工作使用了两种基于非负矩阵分解的方法(NMF): SigProfiler,是以前的COSMIC突变特征纲要框架的精进版本,以及SignatureAnalyzer,是基于NMF的贝叶斯转换。...这两种缺失模式可能是DNA双链断裂修复的特征,这种修复是基于非同源重组的末端连接机制,如果是这样,这表明至少有两种不同的形式在人类癌症中起作用。...ID8主要由≥5 bp缺失组成,其边界处没有或有1 bp的微同源性,可能是由于由非同源端连接机制修复的DNA双链断裂。结果表明,多个突变过程在正常细胞中运行。

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    综述:变温动物的适应性免疫

    VLR基因通过VLR盒的同源性连接在一个称为“copy choice”的过程中组装。...Fig 4 14 The thymus 胸腺存在于所有的有颚类,通常有典型的皮质和髓质组织。它可以从一个小叶到一个多叶甚至不连续的结构,取决于所观察的物种或发育阶段。...在无颚类中这一结构被命名为胸腺样体,并被认为是胸腺的等价物。...Fig 5 16 T helper cell subsets 哺乳动物T辅助细胞表型分类在过去10年中从经典的Th1和Th2细胞范式扩展到包括Th17细胞、T滤泡辅助细胞(Tfh)、调节t细胞(Treg...相反,很明显,鱼类和两栖动物体内有淋巴细胞,如切除胸腺的动物和没有携带任何类型的TCRs的动物,这些细胞仍然能够诱导细胞溶解。未来的挑战将是将这些受体与特定的细胞功能连接起来。

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    生化小课 | 免疫反应包括一系列特殊的细胞和蛋白质

    细胞免疫反应的核心是一类T淋巴细胞(T lymphocytes)或T细胞(T cells,之所以称为T细胞,是因为其发育的后期发生在胸腺中),称为细胞毒性T细胞(cytotoxic T cells,TC...除了细胞毒性T细胞外,还有辅助性T细胞(helper T cells,TH细胞),其功能是产生被称为细胞因子的可溶性信号蛋白,其中包括白细胞介素。TH细胞与巨噬细胞相互作用。...宿主需要时间(通常是几天)才能对新抗原产生免疫反应,但记忆细胞(memorycells)可以对以前遇到的病原体做出快速反应。...在随后的感染中,这些细胞可以与病毒结合并引发快速免疫反应。 导致AIDS(获得性免疫缺陷综合症)的病毒 HIV(人类免疫缺陷病毒)所引发的流行病就充分说明了TH细胞的重要性。...针对蛋白质连接的半抗原产生的抗体会以自由的形式与相同的小分子结合。这类抗体有时用于本章后面描述的分析测试的开发,或作为亲和层析中的特定配体(见图3-17c)。

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    springboot框架简介优点_springboot框架的优点

    这样虽然使用的还是默认配置,但是配置中的值改成了我们自定义的。 因此,玩SpringBoot的第二件事情,就是通过application.properties来覆盖默认属性值,形成自定义配置。...如果不支持H5,可以用data-th-来代替 th:each:类似于c:foreach 遍历集合,但是语法更加简洁 th:text:声明标签中的文本 例如th-text='${user.id...}'>1,如果user.id有值,会覆盖默认的1 如果没有值,则会显示td中默认的1。...如果不支持H5,可以用data-th-来代替 th:each:类似于c:foreach 遍历集合,但是语法更加简洁 th:text:声明标签中的文本 例如th-text='${user.id...}'>1,如果user.id有值,会覆盖默认的1 如果没有值,则会显示td中默认的1。

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    R语言航班延误影响预测分析:lasso、决策树、朴素贝叶斯、QDA、LDA、缺失值处理、k折交叉验证

    在Lasso中,通过调整正则化参数λ的大小,可以控制模型的复杂度和特征选择的程度。当λ越大时,模型的复杂度越小,特征选择的程度越高。...predict(m, data[notna 朴素贝叶斯 朴素贝叶斯是一种基于贝叶斯定理的分类算法。...它假设所有特征之间相互独立,即朴素贝叶斯算法中的“朴素”指的是这种独立性假设。该算法通过计算每个类别的先验概率和每个特征在每个类别中的条件概率来预测新数据的分类。...朴素贝叶斯算法在文本分类、垃圾邮件过滤、情感分析等领域得到了广泛应用。...、决策树、支持向量机、朴素贝叶斯模型和KMEANS聚类用户画像 2.R语言基于树的方法:决策树,随机森林 3.python中使用scikit-learn和pandas决策树 4.机器学习:在SAS中运行随机森林数据分析报告

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    CTPN论文翻译——中文版

    1.1 贡献 我们提出了一种新颖的连接文本提议网络(CTPN),它可以直接定位卷积层中的文本序列。这克服了以前的建立在字符检测基础上的自下而上方法带来的一些主要限制。...它包括三个关键的贡献,使文本定位可靠和准确:检测细粒度提议中的文本,循环连接文本提议和边缘细化。...为此,我们提出在conv5上设计一个RNN层,它将每个窗口的卷积特征作为序列输入,并在隐藏层中循环更新其内部状态:H_tH_tH\_t, H_t=φ(H_t−1,X_t),t=1,2,......H_tH_tH\_t中的内部状态被映射到后面的FC层,并且输出层用于计算第ttt个提议的预测。因此,我们与RNN层的集成非常优雅,从而形成了一种高效的模型,可以在无需额外成本的情况下进行端到端的训练。...如图4所示,当两个水平边的文本提议没有完全被实际文本行区域覆盖,或者某些边的提议被丢弃(例如文本得分较低)时,这可能会导致不准确的定位。

    1.3K10

    NatGenet | 细胞注释新工具,使用 popV 在单细胞数据中进行细胞类型标签的共识预测

    b,UMAP 图上的 popV 预测得分覆盖图。对于胸腺细胞,预测得分较低,而对于大多数其他细胞类型,预测得分较高。 c,popV 预测的准确性突出了发育中的胸腺细胞的低准确性。...此外,我们筛选了用于构建肺细胞图谱的所有血液样本。 我们创建了一个样本 ID 和检测方法的连接列,并使用这个连接的元数据作为 popV 中的查询批次键(补充表 5)。...基于这两个值计算精确率-召回率曲线。...我们在相应的图表中提供了等于或高于边界的细胞比例、这些细胞的准确性以及边界值。...在这些图的标题中,我们展示了原始 popV 算法中的值,而在每个结果热图的字段中,我们展示了完整 popV 算法与五个预测因子集合之间相应分数的差异。

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    Pandas 2.2 中文官方教程和指南(十九·一)

    为了控制显示值,文本在每个单元格中以字符串形式打印,我们可以使用.format()和.format_index()方法根据格式规范字符串或接受单个值并返回字符串的可调用对象来操作这一点。...在这里要小心,因为我们正在链接方法,我们需要明确指示方法不要覆盖现有样式。...我们将像以前一样使用表格样式创建内部 CSS 类。设置类总是覆盖,因此我们需要确保添加先前的类。...要控制显示值,文本以字符串形式打印在每个单元格中,我们可以使用.format()和.format_index()方法根据格式规范字符串或接受单个值并返回字符串的可调用对象来操作。...在这里要小心,因为我们正在链接方法,我们需要明确指示方法不要覆盖现有样式。

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    明月机器学习系列020:图像处理入门篇

    这个小功能来源一个实际的产品项目: 问题背景 ---- 以前很少接触合同,对合同没有多少了解,原来到了今时今日,合同的审核都还是需要花费大量人工去处理的,例如一份60页的合同,发出去给客户签名,客户签完名又发回来...图像二值化 ---- 例如一个合同文档的图像如下: 通过观察,我们也能知道,我们的合同文本都是一行一行的,行与行之间有间隙,我们就可以利用这个特征,进行文本行的检测。...(img) # 几种不同的二值化 ret, th_img = cv2.threshold(img, 40, 255, cv2.cv2.THRESH_BINARY) ret, thtru_img = cv2...OTSU生成的二值化,展示效果如下: 看起来字有点模糊,不过这并不影响我们实现文本行的检测,因为我们要的效果就是黑白足够分明。...项目整体效果 ---- 产品上线之后,预计节省10+个实习生的工作量,节省企业成本,关键还是原来无法保证的合同篡改,现在能全量进行覆盖了。

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    前端学习(48)~通过style对象获取和设置行内样式

    我们在上方已经打印出来,typeof的结果是Object。 (3)值是字符串,没有设置值是“”。 (4)命名规则,驼峰命名。 (5)只能获取行内样式,和内嵌和外链无关。...(IE8以前是filter: alpha(opacity=xx)) 注意DOM对象style的属性和标签中style内的值不一样,因为在JS中,-不能作为标识符。...的大小和透明度 举例2、当前输入的文本框高亮显示 举例3、高级隔行变色、高亮显示 下面来逐一实现。...注意单位是百进制 12 } 13 14 15 16 举例2:当前输入的文本框高亮显示 1 正在显示的样式 (1)w3c的做法: window.getComputedStyle("要获取样式的元素", "伪元素"); 两个参数都是必须要有的。

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