前面关于TCGA的教程我介绍很多,包括数据下载和一些简单的分析以及数据的处理,这里介绍还是介绍数据的下载,前面介绍过从网页下载后直接整理,或者利用R包下载,这里介绍基于TCGA数据开发的一些工具——UCSC...从UCSC下载TCGA数据比较简单。 UCSC主页:https://xenabrowser.net 更多数据库,阅读文章【【收藏】生物数据库大合集】 ?...我们就会看到该数据库的数据集。也可以直接通过下面链接直达:https://xenabrowser.net/datapages/ ? 往下拉,就可以看见TCGA的数据集。 ?...其他数据下载也是一样的,需要注意的是看描述信息,该数据库对数据进行了怎样的处理。...还有就是时间,我们可以看到上面的数据是2019年7月份的,RNAseq数据,甲基化数据等时间上没有影响,因为这些就算TCGA数据库更新,它也不会变,重要的是临床数据,如果需要最新的临床数据,还是从官网下载临床数据
因此我们可以用UCSC开发出的genome browser,可以直接把数据信息写成track,连上genome browser 上查看,它还支持安装到本地服务器上(genome browser in box...> 定义要比对的数据库,比如hg18,mm8等 offset= 补偿,定义添加到全部坐标上的数值,默认0 maxitems...3 4 5 genome assembly_database_2 6 trackDb assembly_2_path/trackDb.txt 上面是两个不同的trackDb(track数据库...custom track: http://genome-asia.ucsc.edu/goldenPath/help/customTrack.html UCSC track hub : http://...genome-asia.ucsc.edu/goldenPath/help/hgTrackHubHelp.html UCSC hub track 定义文档 :http://genome-asia.ucsc.edu
这是从UCSC browser上可视化数据然后截图下来的,我们可以将数据传到UCSC上,制作自己的track hubs,然后选择我们想看的区域截图就可以了。 1....Track Hubs的介绍 简单来说,track hubs相当于在UCSC browser上的一个可网络共享的一个基因组可视化工具。 ?...UCSC上的例子: ?...然后我们将hub.txt的链接拷贝到UCSC的页面中就可以了。 另外,我们也可以通过链接访问到,比如如下链接: http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?...并且,最重要的是,如果我们使用亚洲版本的UCSC创建的hub的话,这个链接前面必须是http://genome-asia.ucsc.edu/,否则显示不出来。 3.
设置数据库配置文件 进入/var/www/gw/cgi-bin/目录,建立hg.conf文件并写入下列内容 db.host=localhost db.user=gw db.password=qazplm_gw...这时就应该能够访问了,成功的标志就是访问http://localhost/gw会看到UCSC常见的页面。 ---- 加载UCSC浏览器所需数据库内容 1....安装hgcentral数据库内容 wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/hgcentral.sql mysql -uroot -proot_passwd -...获取相关物种信息数据库 # 鉴于物种信息数据库比较大,可以在数据盘新建目录用于存储 #change datadir to /home/mysql /etc/init.d/mysql stop vim /...etc/mysql/my.cnf #下载数据库 rsync -avzP rsync://hgdownload.cse.ucsc.edu/mysql/mm9/chromInfo.MYD /home/mysql
UCSC xena如何下载TCGA临床数据...生信自学网 UCSC xena数据库对TCGA临床数据进行了整理,如果需要TCGA肿瘤全部的临床信息,可以通过UCSC xena网站进行下载。...以下是详细的步骤: 1.打开浏览器,复制网址: https://xena.ucsc.edu/,进入UCSC xena主页。 2....进入UCSC xena主页后,点击下图的”Launch Xena”按钮。 01.png 3. 然后点击下图“DATA SETS”按钮。 02.png 4.
Comparative Genomics Variation Repeats All Tracks All Tables GTF文件保存的是基因和转录本的结构信息,所以选择2,track选择对应的数据库和版本...FTP UCSC的FTP服务提供了物种的注释文件供下载,hg38的FTP地址如下 http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg38/database/ 但是FTP...更多的介绍可以参考官方文档 https://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat.html#format9 UCSC RefSeq这种信息对应的文件为refGene.txt.gz,...对于该文件,需要借助UCSC官方提供的格式转换工具转换为gtf格式。...UCSC提供了许多的工具,下载链接如下 http://hgdownload.soe.ucsc.edu/admin/exe/ 其中genePredToGtf就是把genepred格式转换为gtf格式的工具
这就靠今天介绍的UCSC XENA来实现了。 首先说下UCSC,对于生物、医学的研究者来说,并不陌生,无论是这个学校还是这个网站。...也可以在本地安装UCSC基因组浏览器,用于测序数据可视化 (三) - UCSC genomebrowser。 然后就是隆重出场的UCSC Xena了。...好在变化不是特别大,之前ICGC数据库的使用和TCGA数据库在线使用都还可以用。...数据库的使用主要靠自己去多操作,仔细读,多看文档,不要想着一下就可以找到想要的内容,尤其是刚接触时,就当看小说,多浏览几页,就知道都有什么了。...在熟悉了几个基本操作,几种常见的数据类型和展示方式之后,数据库再怎么改版也一样操作了。 XENA提供的这个视频对熟悉XENA的使用提供了很多帮助,剩下的就看你要解决什么问题了。 ? ?
轨道基本操作 UCSC Genome Browser 是以轨道为单位来展示不同基因组信息的。其中每一个轨道也可以设置展示信息的复杂性。...在UCSC Genome Browser当中一共包括了5种不同的展示:hide、dense、squise、pack以及full。...在不同的轨道之间,可以通过拖拽的方式进行排序 UCSC Genome Browser使用 UCSC Genome Browser主要分成两个主要部分,一部分就是上面介绍的可视化部分。...在UCSC 当中集成了[[ENCODE-转录调控必知数据库]]数据库当中的测序数据。所以就可以展示里面的测序结果。 点击ENCODE Regulation可以设置要展示哪些ENCODE的数据。...以上就是关于UCSC Genome Browser的基本内容了。主要还是介绍了一下如何查看基因组浏览器以及在UCSC 怎么进行轨道的设定。其中只是以ENCODE数据距离。
UCSC(University of California Santa Cruz)作为生物领域里常用的数据库之一,整合了各大数据库的基因注释、基因表达、调控、变异等等各种基因组数据信息,不仅可以可视化浏览和数据挖掘...,还能下载用于生信分析的fasta、GTF或BED文件和比较作图,听到这里,研究转录调控并且手里有感兴趣基因的老师是不是想问:这个数据库能找到可能调控我的目标基因的转录因子吗?...过程是不是非常简单,但是要注意哦,这里只是列明ENCOOD数据库中不同样本在该基因序列上不同转录因子结合位点,自己实验样本中转录因子的实际结合情况还得做实验验证。...结果示例: 其实,除了调控信息,UCSC中还有表达、变异等等关于基因组的很多信息,感兴趣的小伙伴赶紧来自己动手尝试一下吧~
设置数据库配置文件 进入/var/www/gw/cgi-bin/目录,建立hg.conf文件并写入下列内容 db.host=localhost db.user=gw db.password=qazplm_gw...这时就应该能够访问了,成功的标志就是访问http://localhost/gw会看到UCSC常见的页面。 ---- 加载UCSC浏览器所需数据库内容 1....安装hgcentral数据库内容 wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/hgcentral.sql mysql -uroot -proot_passwd -...获取相关物种信息数据库 # 鉴于物种信息数据库比较大,可以在数据盘新建目录用于存储 #change datadir to /home/mysql /etc/init.d/mysql stop vim /...etc/mysql/my.cnf #下载数据库 rsync -avzP rsync://hgdownload.cse.ucsc.edu/mysql/mm10/chromInfo.MYD /home/
一、配置参数 UCSC基因组浏览器:传送门 1、点击配置 ? 2、进入配置页面: 点击刚刚运行的文件 BedGraph Format ? 2、轨迹配置页面 ?...三、常用文件 bigwig 文件绘制轨道 1、加入自定义轨道:https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgCustom track type=bigWig name="Example...One" description="A bigWig file" bigDataUrl=http://genome.ucsc.edu/goldenPath/help/examples/bigWigExample.bw...wig 文件绘制轨道 1、下载数据: wiggle 文件:http://genome.ucsc.edu/goldenPath/help/examples/wigVarStepExample.gz chrom.sizes...文件:http://genome.ucsc.edu/goldenPath/help/hg19.chrom.sizes 2、运行命令: wigToBigWig wigVarStepExample.gz
UCSC 在线基因组浏览器也可用来查看基因组数据,并且其上收集了ENCODE数据,重复序列数据,物种保守信息数据,MOTIF分布等信息,对于我们在公共数据中在线查看特定区域和基因的表达、修饰、保守性情况有很大的便利...相比于其它基因组浏览器,UCSC genomebrowser的一个特色是可以展示Track overlay,即把多个Track堆叠到一起,从而直观的看到峰的高和第,比如把ChIP的数据和Input的数据叠在一起...另外,在UCSC genomebrowser中进行的操作都会保存在当前的URL (浏览器中输入网址信息的输入框中的文本)中,可以分享给别人打开查看。...UCSC genomebrowser可以导出当前展示Track的PDF文件,方便后期使用矢量图编辑软件进行编辑,操作如下: ?...具体Trackhub的配置和UCSC genomebrowser的本地安装见原文链接http://blog.genesino.com/2013/04/install-ucsc-locally/。
TxDb.Drerio.UCSC.danRer10.refGene TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm6.ensGene TxDb.Celegans.UCSC.ce11.refGene...数据库来源可以是UCSC和BioMart。 基因类型的规律就是knownGene和ensGene。 实际上,bioconductor的这些注释包,就是把其它数据库资源包装了一下。...kegg数据库的物种列表 见:https://www.genome.jp/kegg/catalog/org_list4.html Homo sapiens 9606 Pan troglodytes...其中人类是Homo sapiens,后面的9606是NCBI数据库给的一个物种唯一ID。...所有的数据库,应该是说绝大部分知识点,都是有规律的, 所以虽然说我在生信技能树所写的1.3万篇教程是人类研究领域的, 但是其实可以比较方便的迁移到大家自己的领域。
UCSC Xena是一个癌症基因组学数据分析平台,支持对癌症样本的多种组学数据进行可视化和分析,网址如下 https://xenabrowser.net/ 该平台内置了一些公共数据集,比如来自TCGA,
上面的是最常见的5个细分数据库,对我们生信工程师来说还包括SRA等数据库也需要熟练使用。...同样齐全的UCSC系列工具 UCSC(University of California, Santa Cruz)提供了一系列生物信息学工具和数据库,其中一些是基于网页的工具。...UCSC Genome Browser: 用途:UCSC Genome Browser 允许用户查看和分析基因组序列信息。...Table Browser: 用途:Table Browser 允许用户从 UCSC 数据库中检索和下载数据。...UCSC BLAT: 用途:UCSC BLAT 用于在基因组中快速比对用户提供的序列。 使用方法: 在网页上访问 UCSC BLAT:UCSC BLAT 选择目标基因组。
今天给大家介绍一个R语言中的数据对象TxDb,此对象可以完美支持sqlite数据库导入,并且减少了检索的耗时,主要用来存储大量的基因信息数据。...此包可以操作sqlite数据库,并将其转化为TxDb数据对象。...至此TxDb数据就通过sqlite数据库文件构建好了。...同时包还带了对一些数据库的直接构建TxDb数据对象的函数:makeTxDbFromUCSC,makeTxDbFromBiomart, makeTxDbFromGFF。...#载入数据 library(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene)txdb <-TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene #数据信息描述seqinfo
前面我们介绍了MSKCC和Broad研究所的网页工具可以帮助我们探索TCGA数据库的多个癌症的多组学数据,见: 通过R包cgdsr链接cbioportal来探索TCGA等公共数据 通过R包RTCGAToolbox...链接FireBrowse来探索TCGA等公共数据 类似的机构其实还是 MD Anderson Cancer Center 和 UCSC,其中UCSC的XENA浏览器就把TCGA等公共数据整理的工工整整。...而UCSC的XENA浏览器来探索TCGA等公共数据对应的R包稍微有一点点不一样,它并不是官方团队开发的,而是在华语生物信息学知识整理圈子小有名气的长期主义者:王诗翔。那我们一起来看看这个包吧。
GtRNAdb收录了不同物种的tRNA序列信息,这些tRNA都是通过tRNAscan-SE 2.0软件预测得到,官网如下 http://gtrnadb.ucsc.edu/ 最新版本收录了超过4300个物种的...检索功能 支持通过物种进行检索,根据进化关系,筛选感兴趣的物种,链接如下 http://gtrnadb.ucsc.edu/browse.html ? 点击三角符号展开,然后筛选相应的次级分类即可。...以hg38为例,检索结果链接如下 http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/eukaryota/Hsapi38/ 通过左侧的菜单栏,可以详细查看对应的信息。...2. blast 比对功能 通过比对tRNA数据库,确定输入序列类型,链接如下 http://gtrnadb.ucsc.edu/blast.html ?...对于数据库中已知的物种,建议直接利用数据库中的序列就好;对于数据库中没有的物种,再直接用tRNAscan-SE 进行预测。
在进行区域相关注释时,需要各种数据库,不同的特征区域对应的数据库不同。annovar支持下列多种数据库 1....在UCSC网站上,提供了转录因子结合位点的数据库。...3. cytoband UCSC提供了cytoband的数据库。...microRNA和snoRNA UCSC提供了microRNA和snoRNA在基因组上的位置,叫做wgRna,通过这个数据库,可以查看变异位点是否位于microRNA和snoRNA对应的基因组区域上。...5. microRNA binding sites UCSC给出了TargetScanHuman网站预测的microRNA结合位点。
TCGA-COAD的RNAseq数据和临床数据可以从UCSC下载,可参考文章【UCSC数据库下载TCGA数据需要注意的细节】,也可以直接从TCGA数据库下载,自己整理,我之前也把处理过的数据处理过【TCGA...数据库33个Project的RNA-Seq转录组数据为你整理打包好了】。...下载的数据,从UCSC下载的数据需要自己注释。...3.读入临床数据 这里的临床数据我是从UCSC下载的【UCSC数据库下载TCGA数据需要注意的细节】,你可以自己去下载,我也会上传到文章【TCGA数据库33个Project的RNA-Seq转录组数据为你整理打包好了...得到分群后,就可以进行下游分分析了,可以参考之前TCGA数据库的相关文章【TCGA】 。
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