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沙龙
1
回答
没有连接到网络文件服务器上的
数据库
文件的sqlalchemy。不过,sqlite3正在连接
、
、
、
、
基本上,尝试使用烧瓶-sqlalchemy将烧瓶应用程序连接到联网的windows文件服务器上的sqlite
数据库
文件(充分了解在网络上使用sqlite
数据库
时的注意事项)。烧瓶应用程序没有连接到
数据库
,我使用sqlalchemy进行故障排除。我可以连接到下面的行:sq2_db = sqlite3.connect(r"//ppcou.
ucsc
.edu\Data\Archive_Data\archives_app.db")db = sqlalchemy.c
浏览 4
提问于2022-07-15
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1
回答
通过R3.0.2中的RMySQL包连接
数据库
、
、
我试图连接到
ucsc
基因组服务器,然后尝试在其中选择一个
数据库
hg19。方法我已经知道(工作非常好):我想知道另一种方法: ucscDb <- dbConnect(MySQL(),user = "genome",host = "genome-mysql.cse.
uc
浏览 1
提问于2014-09-10
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1
回答
连接到
UCSC
基因组MYSQL:“未能连接到
数据库
”
、
我在R中加载了RMySQL包,然后尝试运行以下命令:我得到的输出: 需要帮助绕过这个错误。
浏览 5
提问于2017-09-05
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1
回答
如何将字符保存在emacs中的点下?
、
我的一个文件中有一个常用的特殊unicode字符列表。为了避免总是键入(和学习) unicode数字,我希望在我的文件顶部有一行包含这些字符(只有25个符号),并在需要时保存/拖出它们。
浏览 2
提问于2013-05-05
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2
回答
包含数百个请求的大型SQL数据集
、
、
有没有人知道一个大型的sql数据集是免费的。如果它不是虚拟生成的数据就最好了,因为我会对它发出大量请求。
浏览 0
提问于2012-10-03
得票数 0
2
回答
背景处理时缺少模板错误
我不希望加载模板:后台进程从外部源检索数据,然后更新
数据库
表(这一切都在工作)。(Reqsue类) require 'bio-
ucsc
'
ucsc
_cosmic =
Ucsc
::Hg19::Cosmic.find_by_name(batch_detail.cosmic_
浏览 7
提问于2013-06-10
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3
回答
rsync:未能连接到hgdownload.cse.
ucsc
.edu (128.114.119.163)
、
、
昨天我在
UCSC
服务器上做了几个查询,所以可能他们的服务器阻塞了我的连接?我想要做的一个查询示例:rsync: failed to connect to hgdownload.cse.
ucsc
.edu (128.114.119.163): Connection refused (1
浏览 7
提问于2017-02-15
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2
回答
用conda安装构建Docker映像
、
ucsc
-bedsort homerExamining conflict for bedtools deeptools seacr python bowtie2 samtools
ucsc
-bedgraphtobigwig
ucsc
-bedsorExamining conflict for bedtools deeptools seacr bowtie2 samtools
ucsc
-bedgraphtobigwig
ucsc
-bedsorthomer: 38%|Examining conflict for
浏览 10
提问于2021-03-04
得票数 0
1
回答
使用reshape2或dplyr对同一单元格中的多个元素进行数据重组。
、
、
我需要根据“
UCSC
_RefGene_Name”和“
UCSC
_RefGene_Group”列上的值重新组织一个巨大的数据,同时维护“ID”列中的每个值。=c('TTTY18', 'TSPY4;FAM197Y2', 'DAZ1;DAZ4;DAZ5', 'EIF1AY', 'BCORL2', 'TTTY14'),
UCSC
_RefGene_Group =c('TSS1500','Body;TSS1
浏览 4
提问于2019-11-25
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1
回答
如何在R中合并FASTA文件
、
、
、
我有四个单独的FASTA文件,我想合并成一个大的FASTA文件。到目前为止,我已经使用生物字符串包分别读取了每个文件
浏览 107
提问于2020-05-11
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1
回答
输入读数为5500万次,但仅有100万次用于对齐
v2.1.0)运行此代码,以对齐从我的RNA-seq fastq文件读取(bowtie2 (v2.2.6.0)),使用bowtie2 genomes.bt2 indexes (Homo_sapiens_
UCSC
_hg19)(/U tophat2 -p 8 -G /home/ajsn6c/Desktop/Kumar_RNA-seq/Homo_sapiens_
UCSC
_hg19 /Homo_sapiens/
UCSC
/hg19/Sequence
浏览 1
提问于2018-02-27
得票数 0
1
回答
在Felix OSGi包中包括依赖项
、
、
、
、
(osgi.wiring.package=lk.
ucsc
.research.bellygraph):无法解决lk.
ucsc
.research.BellyRunner :缺少需求[lk.
ucsc
.research.BellyRunner] osgi.wiring.package;org.osgi.framework.BundleException未解决的需求:[[lk.
ucsc
.research.BellyRunner ] osgi.wiring.package;(osgi.wiring.package=lk.
ucs
浏览 8
提问于2016-10-23
得票数 0
1
回答
for循环的更快的处理替代方案
、
、
chr.alias.biomart$ensembl匹配的xen.biomart$chromosome_name (第3列)中的值,并在同一chr.alias.biomart行中替换chr.alias.biomart$
ucsc
chr.alias.biomart)){[1] "MT" &quo
浏览 7
提问于2022-09-08
得票数 2
2
回答
基于分隔符的分割和删除重复项
我的dataframe (Annot_Subset)如下所示:cg00050873 Body;TSS1500IlmID
UCSC
_RefGene_Groupcg00212031 TSS200Gene_Group_Split<-strsplit(Annot_Subset$
UCSC
_RefGene_Gro
浏览 9
提问于2015-09-16
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3
回答
在Python上使用rsync --递归只显示文件名吗?
、
sequence.txtrathi/20090729.02s4.2_sequence.txt.gzrathi/Homo_sapiens/
UCSC
/hg19/Annotation rathi/Homo_sapiens/
UCSC</e
浏览 1
提问于2013-06-14
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2
回答
从hg18到GRCh38参考人类基因组
有没有人知道是否有可能将SNP坐标从Hapmap
数据库
转换为新的参考基因组GRCh38。
UCSC
还没准备好升力器。有什么建议吗?
浏览 1
提问于2014-02-20
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1
回答
应用于生物字符串包函数的BSgenome数据加载问题
、
、
> require(BSgenome) > library(BSgenome.Dmelanogaster.
UCSC
.dm3) there is no package called 'BSgenome.Dmelanogaster.
UCSC
.dm3
浏览 4
提问于2011-09-18
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3
回答
将核酸酶表达从ASCII转换为
UCSC
.2bit
、
、
、
、
UCSC
常用的.2bit-format 使用如下编码:t= 0b00,C= 0b01,A= 0b10,G= 0b11。 const unsigned int
UCSC
_2BIT_C = 1; constunsigned int
UCSC
_2BIT_T = 0; case 'A': cas
浏览 18
提问于2022-01-09
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1
回答
Kernel.open中的Ruby内存问题
、
filename) Kernel.open(filename, 'rb') {|f| two_bit = f.read} tbq = Bio::
Ucsc
浏览 5
提问于2014-03-25
得票数 1
1
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Rcircos绘图包中出现错误
LOC643837(dist=12641),FAM41C(dist=1070)> library(RCircos) > data("
UCSC
.HG19Human.CytoBandIdeogram") > cyto.info <-
UCS
浏览 3
提问于2017-05-11
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