基本上，尝试使用烧瓶-sqlalchemy将烧瓶应用程序连接到联网的windows文件服务器上的sqlite数据库文件(充分了解在网络上使用sqlite数据库时的注意事项)。烧瓶应用程序没有连接到数据库，我使用sqlalchemy进行故障排除。我可以连接到下面的行：sq2_db = sqlite3.connect(r"//ppcou.ucsc.edu\Data\Archive_Data\archives_app.db")db = sqlalchemy.c
浏览 4提问于2022-07-15得票数 0
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我试图连接到ucsc基因组服务器，然后尝试在其中选择一个数据库hg19。方法我已经知道(工作非常好)：我想知道另一种方法：
ucscDb <- dbConnect(MySQL(),user = "genome",host = "genome-mysql.cse.uc
浏览 1提问于2014-09-10得票数 0
我在R中加载了RMySQL包，然后尝试运行以下命令：我得到的输出：
需要帮助绕过这个错误。
浏览 5提问于2017-09-05得票数 0
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我的一个文件中有一个常用的特殊unicode字符列表。为了避免总是键入(和学习) unicode数字，我希望在我的文件顶部有一行包含这些字符(只有25个符号)，并在需要时保存/拖出它们。
浏览 2提问于2013-05-05得票数 1
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我不希望加载模板:后台进程从外部源检索数据，然后更新数据库表(这一切都在工作)。(Reqsue类) require 'bio-ucsc' ucsc_cosmic = Ucsc::Hg19::Cosmic.find_by_name(batch_detail.cosmic_
浏览 7提问于2013-06-10得票数 1
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昨天我在UCSC服务器上做了几个查询，所以可能他们的服务器阻塞了我的连接？我想要做的一个查询示例：rsync: failed to connect to hgdownload.cse.ucsc.edu (128.114.119.163): Connection refused (1
浏览 7提问于2017-02-15得票数 0
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ucsc-bedsort homerExamining conflict for bedtools deeptools seacr python bowtie2 samtools ucsc-bedgraphtobigwigucsc-bedsorExamining conflict for bedtools deeptools seacr bowtie2 samtools ucsc-bedgraphtobigwig ucsc-bedsorthomer: 38%|Examining conflict for
浏览 10提问于2021-03-04得票数 0
我需要根据“UCSC_RefGene_Name”和“UCSC_RefGene_Group”列上的值重新组织一个巨大的数据，同时维护“ID”列中的每个值。=c('TTTY18', 'TSPY4;FAM197Y2', 'DAZ1;DAZ4;DAZ5', 'EIF1AY', 'BCORL2', 'TTTY14'),
UCSC_RefGene_Group =c('TSS1500','Body;TSS1
浏览 4提问于2019-11-25得票数 1
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我有四个单独的FASTA文件，我想合并成一个大的FASTA文件。到目前为止，我已经使用生物字符串包分别读取了每个文件
浏览 107提问于2020-05-11得票数 1
v2.1.0)运行此代码，以对齐从我的RNA-seq fastq文件读取(bowtie2 (v2.2.6.0))，使用bowtie2 genomes.bt2 indexes (Homo_sapiens_UCSC_hg19)(/U
tophat2 -p 8 -G /home/ajsn6c/Desktop/Kumar_RNA-seq/Homo_sapiens_UCSC_hg19 /Homo_sapiens/UCSC/hg19/Sequence&#
浏览 1提问于2018-02-27得票数 0
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(osgi.wiring.package=lk.ucsc.research.bellygraph)：无法解决lk.ucsc.research.BellyRunner ：缺少需求[lk.ucsc.research.BellyRunner] osgi.wiring.package；org.osgi.framework.BundleException未解决的需求：[[lk.ucsc.research.BellyRunner ] osgi.wiring.package；(osgi.wiring.package=lk.ucs
浏览 8提问于2016-10-23得票数 0
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chr.alias.biomart$ensembl匹配的xen.biomart$chromosome_name (第3列)中的值，并在同一chr.alias.biomart行中替换chr.alias.biomart$ucscchr.alias.biomart)){[1] "MT" &quo
浏览 7提问于2022-09-08得票数 2
我的dataframe (Annot_Subset)如下所示：cg00050873 Body;TSS1500IlmID UCSC_RefGene_Groupcg00212031 TSS200Gene_Group_Split<-strsplit(Annot_Subset$UCSC_RefGene_Gro
浏览 9提问于2015-09-16得票数 1
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sequence.txtrathi/20090729.02s4.2_sequence.txt.gzrathi/Homo_sapiens/UCSC/hg19/Annotation
rathi/Homo_sapiens/UCSC</e
浏览 1提问于2013-06-14得票数 0
有没有人知道是否有可能将SNP坐标从Hapmap数据库转换为新的参考基因组GRCh38。UCSC还没准备好升力器。有什么建议吗？
浏览 1提问于2014-02-20得票数 0
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> require(BSgenome) > library(BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3) there is no package called 'BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3
浏览 4提问于2011-09-18得票数 1
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UCSC常用的.2bit-format 使用如下编码:t= 0b00，C= 0b01，A= 0b10，G= 0b11。 const unsigned int UCSC_2BIT_C = 1; constunsigned int UCSC_2BIT_T = 0;
case 'A':
cas
浏览 18提问于2022-01-09得票数 4
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filename) Kernel.open(filename, 'rb') {|f| two_bit = f.read}
tbq = Bio::Ucsc
浏览 5提问于2014-03-25得票数 1
LOC643837(dist=12641),FAM41C(dist=1070)> library(RCircos) > data("UCSC.HG19Human.CytoBandIdeogram") > cyto.info <-UCS
浏览 3提问于2017-05-11得票数 0
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