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vasp-vtst过渡态计算过程

——课题组概况 vasp-vtst计算过渡态 1935年，Eyring，Evans和Polanyi在统计热力学和量子力学的基础上提出了过渡态理论，可以通过基本物性（分子震动频率、质量、核间距等）计算反应速率常数...NEB方法：撒点，弹簧力 CL-NEB方法：其中一个点跑到势能面鞍点，即过渡态 vasp-vtst提供的NEB优化算法（IOPT参数） VASP计算过程过渡态计算的收敛准则只与力相关，即设置EDIFFG...#通知VASP使用vtst计算； ICAHIN=0 #通知VASP使用vtst计算； IMAGES=7 #之前添加的图像数量N image number； IBRION =3...#specify that VASP does molecular dynamics； POTIM=0 #zero time step so that VASP does...not move the ions; 这里其实是抛弃VASP自带的优化，选用vtst的优化方法； IOPT=1 #LBFGS = Limited-memory Broyden-Fletcher-Goldfarb-Shanno

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Python量子力学计算模拟以及数据可视化

VASPy是一个纯Python编写的处理VASP文件数据以及进行数据快速可视化的库，基于OOP的思想提供了操作VASP文件的友好的接口，可以帮助使用者快速编写处理VASP相关文件的脚本，以提升效率。...VASP简介对于广大做计算化学或者材料模拟的同学肯定听说过VASP的大名或者其科学研究与其息息相关。...(http://www.vasp.at/) VASPy项目简介 VASPy的思想是将VASP相关的文件都视为可操作的对象，通过友好的接口对一个或者多个VASP对象进行快速的操作以提升工作效率。...安装 VASPy库已上传至PyPI可以通过pip来进行安装: $ pip install vaspy 从源码安装: $ git clone git@github.com:PytLab/VASPy.git...类可以抽取文件中的晶格结构信息并结合VASP相关的类进行VASP文件的创建，同样可以方便的讲VASP的文件生成相应的用Material Studio可以显示的文件包括讲XDATCAR生成相应的*.arc

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VASP软件在第一性原理计算中的应用-测试GO

VASP软件在第一性原理计算中的应用VASP是由维也纳大学Hafner小组开发的一款功能强大的第一性原理计算软件，广泛应用于材料科学、凝聚态物理、化学和纳米技术等领域。VASP的核心功能与应用1....电子结构计算VASP最突出的功能是进行高精度的电子结构计算，包括：能带结构计算：精确预测材料的电子能带结构，分析其导电性质态密度(DOS)分析：研究材料的电子态分布特征电荷密度分析：可视化电子在实空间的分布情况费米面计算...量子力学模拟作为基于量子力学的第一性原理计算软件，VASP能够：精确求解多体薛定谔方程采用平面波基组和赝势方法处理电子-离子相互作用实现杂化泛函计算，提高电子关联效应描述精度进行GW近似计算，获得更准确的准粒子能级支持自旋极化计算...分子动力学模拟VASP还具备强大的分子动力学模拟能力：第一性原理分子动力学(AIMD)：基于量子力学描述原子运动有限温度模拟：研究材料在非零温度下的动力学行为反应路径搜索：分析化学反应机制相变研究：模拟材料在不同条件下的相变过程缺陷动力学...：研究点缺陷、位错等缺陷的动力学行为测试狗拥有VASP软件的正规商业版权授权

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python利用pysvn发布lib的小程序

主要用到的是python和pysvn(python)的一个第三方库。...res: print("now start"); else: exit(); ###################创建文件夹和文件###################### vasp...= dest_path+'/'+"vasp"; vaspadp = dest_path + '/' + "vaspadp"; svn_txt = dest_path + '/'+"svn.txt";...) if not isExists: os.makedirs(vasp); isExists=os.path.exists(vaspadp) if not isExists: os.makedirs...",vasp,True,pysvn_current_br_num,None,False); client.export(code_path+"/product/ar/vaspadp",vaspadp,True

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哪些领域将成为下半年的监管关注重点？

该报告的发布标志着 FATF 于 2019 年首次发布的《加密资产和加密资产服务提供商（VASP）指南》已经经历了三个年头。...所以为了应对 DeFi 日益增加的风险，VASP 和金融机构应确保他们使用区块链分析功能来检测与 DeFi 混币器和跨链桥相关的风险。...作为核心，旅行规则要求 VASP 识别超过一定金额的交易的发起人和受益人，并将信息和数据安全的传输给其 VASP 交易对手。该规则的目的是帮助执法部门发现、调查加密资产领域的洗钱和其他金融犯罪。...FATF 的《最新报告》对未实施“旅行规则”的成员国和 VASP 提出了严厉警告——各国应根据 FATF 标准对 VASP 施加信息和数据共享要求。...跨链 DeFi、非托管钱包、NFT 和旅行规则合规性将是 VASP 合规团队的首要问题。

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使用PyVibMS可视化分子和固体中的振动模式

install -c anaconda pip conda install -c anaconda numpy conda install -c conda-forge pmw 来安装相关的python库，...4.2 VASP计算单晶硅的振动分析在对VASP计算的振动分析进行可视化之前，我们需要振动计算后得到的OUTCAR和CONTCAR文件（见PyVibMS-master/examples/VASP/original-data...然后我们把OUTCAR文件复制一份出来并给它一个.out的后缀，接着将CONTCAR的内容插入到这个.out文件的第一行（见PyVibMS-master/examples/VASP/Si_OUTCAR.out...在打开PyVibMS插件窗口后，点击Input File这一行中三个点(...)的按钮，然后选定 PyVibMS-master/examples/VASP/Si_OUTCAR.out文件，将文件类型调整为...接着，回到PyVibMS界面后，将文件类型XYZ调成VASP 5.x。因为这个VASP输出文件既包含了PBC盒子的信息，又包含了振动模式的信息，我们勾选 Has PBC 和 Has Vib.

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AbMole小讲堂丨Leupeptin（亮肽素）：广谱蛋白酶抑制剂，在炎症、抗病毒与脑损伤模型中的应用

并且，Zyxin与血管舒张剂刺激磷蛋白（VASP）存在共定位，而zyxin的缺失导致VASP分布弥散和细胞的肌动蛋白骨架紊乱。...实验人员认为Zyxin可通过VASP介导的细胞骨架重组调节血小板生成和GPIb-IX在细胞表面的表达。AbMole的Leupeptin和MG-132在本研究中作为蛋白酶抑制剂使用。

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Nat. Comput. Sci. | 通过图神经网络快速评估有机分子在金属上的吸附能量

图1 模型与数据部分密度函数理论：作者使用Vienna Ab-initio Simulation Package (VASP) 5.4.4进行了密度泛函理论（DFT）模拟。...这些几何文件被转换为VASP POSCAR文件，表示以20埃的立方单元进行建模的分子。对这些分子进行松弛计算，并将其放置在参考金属Rh表面的一定距离处。...通过VASP对这些结构进行松弛，并将松弛后的几何结构应用于其他金属表面。对于BM数据集，分子是手动构建的，并通过VASP进行吸附和松弛计算，包括气相分子。

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腾讯与清华大学物理系签署合作备忘录，探索材料计算新领域

6月16日，腾讯量子实验室与清华大学物理系在北京签署合作备忘录，双方就功能材料数据库、机器学习辅助的材料计算方法、材料虚拟筛选云平台等领域展开探讨，达成合作。...徐勇团队表示，最近使用腾讯云 GPU 加速的 VASP 第一性原理计算任务，可完成传统计算资源无法处理的超大体系的材料计算，引入 GPU 异构计算的效率提升非常可观，高度匹配了科研工作者日益增长的高精度高效率算力需求

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用Gaussian 16做二分量赝势自旋轨道DFT（SODFT）计算

如果把平面波程序也算上，还有VASP。注释 1. 二分量全电子SODFT是另一个话题，这里不涉及。 2....Gaussian基组库没有二分量赝势，必须通过genecp或gen pseudo从输入文件读入。...获得二分量赝势的方法见 http://bbs.keinsci.com/thread-5573-1-1.html 需要注意的是，这些基组数据库都不支持Gaussian格式的二分量赝势输出。...不过目前的赝势基组库网站都用了2/L换算后的定义，因此一般不用加这个选项。...唯一的例外是Clarkson大学的赝势基组库 https://people.clarkson.edu/~pchristi/reps.html 给了两种定义，建议用“Download for use in

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全球监管新政策下，加密企业如何满足合规要求？

VASP 能否可以快速、便捷地识别用户地址的风险性，就如同 Web2 的征信报告一样快速获取关键信息？...我们以 FATF（金融行动特别工作组）2021 年 10 月指南为例——这也是目前被广泛采用的监管策略——指南要求所有 VASP（即交易平台）必须制定 AML/CFT 措施。...指南要求所有 VASP（即交易平台）必须制定 AML/CFT 措施。在履行监管义务中，第一步就是了解客户身份。

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NVIDIA Tesla V100在高性能应用中到底有多强？一文让你知道

VASP 进行电子结构计算和量子力学-分子动力学模拟软件包版本：5.4.4 支持多GPU和单节点 ? ? ?

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【双清论坛】国内计算化学方法与软件开发(Ⅲ)

此软件当前与VASP、CASTEP、Quantum Espresso、GULP、SIESTA、CP2K程序都有接口。小结本系列的三篇推文已经推送完成，小编其实只是担任了一个搬运工。

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库文件&静态库&动态库

库文件-百度百科库、动态库和静态库（.dll，.so，.lib，.a）知乎浅谈静态库和动态库_知乎

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撞库、拖库、洗库

撞库概念撞库是黑客通过收集互联网已经泄露的用户和密码信息，生成对应的字典表，尝试批量登录其它网站后，得到一系列可以登录的用户。...很多用户在不同网站使用的是相同的账号密码，因此黑客可以通过获取用户在A网站的账户从而尝试登录B网站，这就可以理解为撞库攻击防护撞库可采用大数据安全技术来防护，比如：用数据资产梳理发现敏感目录，使用数据库加密保护核心数据...，使用数据库安全运维防运维人员撞库攻击等拖库概念拖库是指黑客侵入有价值的网络站点，把注册用户的资料数据库全部盗走的行为，因为谐音，经常被称为脱裤洗库概念在取得大量的用户数据之后，黑客会通过一系列的技术手段和黑色产业链将有价值的用户数据变现...，这也通常被称作‘洗库’ 最后黑客将得到的数据在其它网站上尝试登录，叫做撞库，很多用户喜欢使用统一的用户名密码，‘撞库’也可以使黑客收获颇丰撞库常见姿势使用ssh登录到服务器中 ssh username

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Linux共享库、静态库、动态库详解

1、静态函数库，是在程序执行前就加入到目标程序中去了； 2、动态函数库同共享函数库是一个东西（在linux上叫共享对象库，文件后缀是.so ，windows上叫动态加载函数库，文件后缀是.dll）...共享函数库共享函数库中的函数是在当一个可执行程序在启动的时候被加载。如果一个共享函数库正常安装，所有的程序在重新运行的时候都可以自动加载最新的函数库中的函数。...不兼容的函数库如果一个新版的函数库要和老版本的二进制的库不兼容，则soname需要改变。...共享库是程序启动时加载的库。...这是加载所有其他库的库。 libc.so.N（N为6以上）。这是C库。即使是其他语言也倾向于使用C库（至少要实现自己的库），所以大多数程序至少包括这个库。

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香港证监会警示投资虚拟资产风险！明年6月发牌监管上路

据报导，香港立法会7日三读通过《有关打击洗钱及恐怖分子资金筹集制度的修例》，将设立「虚拟资产服务提供者(VASP》发牌制度」，定于2023年6月1日正式上路。

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库的概念：动态库与静态库

一、什么是库？库是一组封装好的函数或方法，它们可以被多个程序复用，从而避免重复编写相同功能的代码。例如，标准的数学函数库、字符串操作库都属于常用的库。...根据链接方式的不同，库可以分为静态库和动态库。 1. 动态库动态库（Dynamic Library）是一种在程序运行时被加载的库。...Windows 下的静态库后缀为 .lib。特点：静态库在编译阶段被复制到程序中，生成的可执行文件中包含库的内容。程序运行时不需要外部库的支持。二、动态库与静态库的链接过程 1....，库内容被复制到程序中程序体积小，库不被复制到程序中更新方式需重新编译程序动态库可独立更新，无需重新编译性能高（不需要运行时加载库）稍低（运行时需加载和解析库）五、动态库与静态库的实际应用...动态库的应用场景共享库：多个程序需要共享同一组函数或方法。库频繁更新：需要更新库的实现而不影响依赖库的程序。节省内存：适合运行多个实例的服务端程序。 2.

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动态库和静态库

静态库（Static Library） 1. 什么是静态库静态库是在编译时将所有需要的代码集成到可执行文件中的库。...更新库时需要重新编译所有依赖该库的可执行文件。动态库（Dynamic Library） 1. 什么是动态库动态库是在运行时被加载的库，通常后缀为 .so（例如 libmylib.so）。...更新库无需重新编译所有依赖该库的程序，只需确保新库的接口与旧库兼容。缺点：在运行时依赖于库的存在，如果库缺失或不兼容，程序将无法运行。加载速度较慢，相较于静态库，有一定的开销。...目标系统较为简单，库更新频率不高。使用动态库：需要共享库的多个程序。需要频繁更新库，而不想重新编译所有依赖的程序。...通过了解静态库和动态库的使用以及它们的优缺点，开发者可以根据项目需求选择合适的库类型，优化程序性能和维护便利性。

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Python基础库-json库

JSON的全称是JavaScript Object Notation"，是JavaScript对象表示法，它是一种基于文本，独立于语言的轻量级数据交换格式。

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