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Python中的分子动力学模拟
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我正在寻找一个python包，我可以用它来模拟非平衡情况下的分子动力学。我需要一个装置，它可以以主要的动力学理论方式处理相当多的分子，并且可以处理固体表面的存在。关于表面，我需要能够创建任意形状，并监控由分子作用产生的压力和其他变量。或者，如果我有可以处理它的分子，我可以自己添加表面部分。
有没有人知道什么包可能是合适的？
浏览 1提问于2010-03-03得票数 9
我正在写一份报告，我想知道，在你看来，哪些开源的物理模拟方法(如分子动力学，布朗动力学等)，还没有移植，将值得移植到GPU或其他特殊硬件，可以潜在地加速计算。提前感谢
浏览 2提问于2010-03-15得票数 0
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我有一个水箱中胶束的分子动力学轨迹。对于每一帧，我想要得到胶束的质心( COM )，并计算从COM到水箱侧面的水分子密度。有人知道最好的方法是什么吗？我想知道以前是否有人处理过这样的问题。
浏览 1提问于2016-03-28得票数 0
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这是代码：do.mv POSCAR slipped_112_111_$(( i*2 )).vasp我得到的错误如下0.05: syntax error: invalid arithmetic operator (error token is ".05")slipped_112_111_0.10.vaspslipped_112_111_0.20.vasp
slipped_112_111_0.30.vasp</e
浏览 0提问于2020-05-12得票数 0
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想利用分子动力学方法模拟Ta上Cu薄膜的电沉积，但lammps的input文件不太会编写，还望做过或懂得的大神帮助一下，万分感谢！急需！！！可以有偿！
浏览 282提问于2020-05-25
4回答
我正在使用一个只能在bash中运行的科学软件(名为vasp)，并使用Python创建一个脚本，该脚本将为我多次运行。subprocess.check_call('vasp') #this works
subprocess.check_call('vasp | tee tee_output') #this doesn't
浏览 2提问于2012-03-08得票数 4
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在用分子动力学模拟薄膜沉积时，其中的均方根粗糙度计算的lammps代码如何编写呢？备注：Ta上沉积Cu。
还请各位懂得的老师或同学们帮忙告诉一下吧，万分感谢！！！
浏览 669提问于2020-05-22
1回答
分子动力学模拟
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我正在寻找一些关于如何在我的C++代码中优化几个函数的新想法。我通过一个分析器运行代码，它显示了它们分别占用了20%和40%的时间。这些函数被多次调用，因为它们驻留在一个三重嵌套循环中(无法避免)。 void PairBlip::blip3_inner(int &i, int &j, int &k, int &e,double g[][2][3],
double gp[][2][3] ,double &blip_ijk
浏览 0提问于2020-03-19得票数 3
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我需要在fortran 2003/2008中为我的分子动力学代码实现一个链表数据结构。我使用的是最新的fortran编译器(英特尔)。
如何以最好的方式实现链表?
浏览 2提问于2011-12-28得票数 6
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LAMMPS是一个分子动力学模拟软件。我下载了这个软件，但是我无法安装LAMMPS。我在Windows中搜索像.exe这样的文件，但是我找不到它。
浏览 0提问于2016-05-08得票数 0
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从量子和分子动力学软件包的扩展列表中，哪些软件包可以轻松地“互连”到与排队系统PBS和Sun Grid Engine一起工作的集群？
浏览 0提问于2009-12-21得票数 0
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我一直在使用RobustScaler扩展数据，最近我们添加了额外的数据，这些数据突破了fit_transform的内存限制。我希望在子集数据中使用partial_fit，但看起来RobustScaler不提供该功能。大多数其他定标器(MinMax、标准、Abs)似乎都有partial_fit。我希望找到一种类似于其他定标器中的partial_fit的方法，来替代对大型数据集执行fit_transform。
浏览 1提问于2019-07-31得票数 1
我有一个分子动力学模拟数据。该体系有254个溶质分子和近12000个水分子。仿真有近4700帧。我提取了H键数据。数据显示，如果任何一个溶质分子与水分子都有H键，它就会显示1，否则0。
浏览 11提问于2022-03-15得票数 0
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我正在尝试创建一个脚本来创建脚本(并做其他事情)。我的问题是，创建的这些脚本包含环境变量，当实际运行我的脚本时，它们不会出现在脚本中。#PBS -l walltime=48:00:00cd $PBS_O_WORKDIR !d
浏览 2提问于2017-08-04得票数 0
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我有一个包含分子动力学模拟数据的hdf5格式文件Data File。为了进行快速检查，h5ls工具非常方便。
浏览 17提问于2021-09-16得票数 0
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###I want to write a command to submit vasp.sh to PBS queue within the loop. How can I do it?qsub vasp.sh###
E=`tail -n1 OSZICAR/cleanup.sh
嗨，我正在尝试编写一个Bash脚本，它循环在另一个名为
浏览 3提问于2021-03-05得票数 0
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