我们知道R语言在作图统计方面很是实用，但是在其他游戏开发、网页制作、人工智能等很多方面相对于python是很局限。今天我们来以weblogo为例展示如何在R语言中调用python。
seqlogo图可以直观清晰的反应序列偏好特征，每个位置出现的碱基或氨基酸类型反映了该位置序列的偏好性，每个字母的大小与该碱基在该位置上的出现频率成正相关。
在 EMBL Clustal Omega 比对结果的 Result Summary 标签下有Jalview按钮。这个按钮可以快速启动 Jalview，但这里启动的在线版本功能不完整。完全版的 jalview 可以从 Jalview 官网（http://www.jalview.org）在线启动，或者下载安装到本地。
WebLogo是一款经典的motif可视化软件，在很多的文章中都提到了使用该软件绘制motif的sequence logo。作为一个在线工具，其操作简单，易于使用，网址如下
转录因子（Transcription factor，TF）是一类能够以序列特异性方式结合DNA并对基因转录起关键调控作用的蛋白质，在各种生物过程和疾病发生中起非常关键的作用。鉴定、分类和注释转录因子以及分析转录因子的调控和功能等一直是研究的热点和基础，它们在生物体内形成一套指导基因表达的复杂系统引得众多科学家浓厚的研究兴趣。
在线工具一般具有“功能强大、操作简单、无需安装、用完就走”的特点，轻松实现“用别人的服务器分析自己的数据”。
motif在基因组上结合位点的查找是生信分析中的一项基本技能，在转录因子的chip_seq, m6A_seq等落雨都有广泛应用，之前也写了很多的文章来介绍motif
R包ggseqlogo 绘制seq logo图和Seq logo 在线绘制工具—Weblogo介绍了如何用R脚本和在线工具绘制seq logo图，用于展现转录因子或修饰酶等结合序列的偏好性。
简单说， Thymeleaf 是一个跟 Velocity、FreeMarker 类似的模板引擎，它可以完全替代 JSP 。相较与其他的模板引擎，它有如下三个极吸引人的特点：
ggseqlogo是一个motif可视化的R包，可以看做是seqLogo的加强版。除了基本的创建sequence logo的功能，新增了许多自定义的选项，灵活性更强，项目网址如下
四个碱基A T C G 犹如一个个字符，它们排列组合形成的基因像一串串代码，在赋予生命个体共性的同时却又不失独特性，吸引着一个个学者前来探索生命的奥秘。并开发了多种工具展示这简单的四个碱基（感兴趣的请戳下面的历史文章）：
这篇文章将更加全面详细的介绍thymeleaf的使用。thymeleaf 是新一代的模板引擎，在spring4.0中推荐使用thymeleaf来做前端模版引擎。 thymeleaf介绍 简单说， Thymeleaf 是一个跟 Velocity、FreeMarker 类似的模板引擎，它可以完全替代 JSP 。相较与其他的模板引擎，它有如下三个极吸引人的特点： 1.Thymeleaf 在有网络和无网络的环境下皆可运行，即它可以让美工在浏览器查看页面的静态效果，也可以让程序员在服务器查看带数据的动态页面效果。这
在上篇文章springboot(二)：web综合开发中简单介绍了一下thymeleaf，这篇文章将更加全面详细的介绍thymeleaf的使用。thymeleaf 是新一代的模板引擎，在spring4.0中推荐使用thymeleaf来做前端模版引擎。 thymeleaf介绍 简单说， Thymeleaf 是一个跟 Velocity、FreeMarker 类似的模板引擎，它可以完全替代 JSP 。相较与其他的模板引擎，它有如下三个极吸引人的特点： 1.Thymeleaf 在有网络和无网络的环境下皆可运行，即它可
ggplot2自从2007年推出以来，成为世界范围内下载最频繁、使用最广泛的R包之一。许多人包括ggplot2的创建人Hadley Wickham将这一成功归功于ggplot2背后的哲学。这个软件包的灵感来源于Leland Wilkinson编写的《图形语法》一书，在此书中将graphs 分解成scales和layers，并将原始数据与表现形式分离开。
今天给大家介绍澳大利亚蒙纳士大学ShuTao Mei等人在Briefings in Bioinformatics 2021上发表的文章“Anthem: a user customised tool for fast and accurate prediction of binding between peptides and HLA class I molecules”。为了提高在预测肽与HLA-I类分子预测任务中的精度，同时兼顾模型的效率，本文使用了多种评分函数进行特征提取，并使用AODE (Aggregating One-Dependence Estimators) 的机器学习方法，对所得的评分特征进行聚合，从而充分利用评分特征对数据进行预测。作者设计并搭建了快速准确预测肽与HLA-I类分子结合的可用户定制型工具Anthem，支持直接预测、用户模型训练和用户模型预测功能，实现了用户定制功能。作者开发的用户友好型的工具框架，支持用户模型的定制化需求，以更好地应对相关数据快速增加而带来的挑战。在实验数据集和独立数据集的评估下，相对于其它工具，Anthem获得了更高的总体相似度和AUC值。
用我人生中第一张学术墙报开篇。一年前的这张墙报不能展示出当前TBtools的成长状态，但整体感觉还是可以不错（虽然没有获得任何奖项，毕竟参与会议的其他墙报都过分优秀。或许有一天，我们能做出更好的墙报）。
一般来说，常用的模板引擎有JSP、Velocity、Freemarker、Thymeleaf 。
RNA修饰是很火的领域，前天推出的大神师弟Nature系列一作文章勤能补拙，过目不忘，提高m6A助力好记性？中科院王秀杰/杨运桂合作最新成果阐述了m6A在长期记忆调控方面的重要作用。想获得更好的记忆力，提高m6A的含量吧。
https://seananderson.ca/2013/10/19/reshape/
通知：这篇文章有9篇论文速递信息，涉及人脸、目标检测、显著性目标检测和图像分割等方向 往期回顾 TensorFlow.js人脸识别—玩转吃豆豆小游戏 [计算机视觉论文速递] 2018-03-31 YOLOv3：你一定不能错过 Face [1]《Learning to Anonymize Faces for Privacy Preserving Action Detection》 Abstract：人们越来越担心计算机视觉设备通过录制不需要的视频会侵犯用户的隐私。一方面，我们希望相机系统/机器人能够通
TF: transcription factor转录因子 TFBS: transcription factor binding site转录因子结合位点 TFBS是序列内的location，TF特异结合在这里，这个site有这种特点
基因序列特异性的预测无论是在基因分析领域还是基因调控领域都扮演着重要作用，DNA和RA结合蛋白的特异性模式序列对致病基因的发现也具有指导性作用。
转录因子(Transcription Factors, TFs)指能够以序列特异性方式结合DNA并且调节转录的蛋白质。转录因子通过识别特定的DNA序列来控制染色质和转录，以形成指导基因组表达的复杂系统。尽管众多科学家对理解转录因子如何控制基因表达有着浓厚的兴趣，精准定位转录因子在基因组上的特异性结合位点，以及转录因子结合后最终如何参与转录调节仍然具有挑战性。
生物信息学领域有许多在线工具和资源，这些工具提供了各种分析和可视化功能，无需用户进行大量的本地安装和配置。而且绝大部分都是大机构开发和维护，知名度比较好的大机构包括：
UML 中包括九种图:用例图、类图、对象图、状态图、时序图、协作图、活动图、组件图、 配置图。
数据可视化原来这么简单 使用tableau绘制条形图、线型图、饼图、条形图、热图、突显图、散点图、气泡图、甘特图、标靶图、盒须图、瀑布图、直方图、帕累托图、气泡图、文字云 文章目录 数据可视化原来这么简单 在这里插入图片描述 推荐阅读 条形图 线型图 饼图 条形图 热图 突显图 散点图 气泡图 甘特图 标靶图 盒须图 瀑布图 直方图 帕累托图 气泡图 文字云 推荐阅读 条形图 使用Tableau对产品销售额与利润额创建条形图进行比较。 线型图 对附件数据1创建各产品类别销售线形图。
3、UML中，对象行为是通过交互来实现的，是对象间为完成某一目的而进行的一系列消息交换。消息序列可用两种类来表示，分别是（ D ）。
ICLR2021投稿的3篇值得关注的图相关论文： 1.图-图相似网络——将图分类问题转化为一个经典的节点分类问题 2.如何找到你的友好邻里：自监督的图注意设计——提出了一种改进的噪声图的图注意模型——
软件工程中应用的几种图辨析：系统流程图、数据流图、数据字典、实体联系图、状态转换图、层次方框图、Warnier图、IPO图、层次图、HIPO图、结构图、程序流程图、盒图、PAD图、判定表、判定树、Jackson图、流图、甘特图、工程网络图
软件版本：OriginPro 2021b (64-bit) SR2 9.8.5.212 (学习版) 本期目标：
大模型是人工智能（尤其是机器学习）领域最具划时代意义的新突破之一。然而，相较于自然语言处理和计算机视觉等领域，大模型在图领域尚未达到相同的成功水平。
某项目使用的是AB的Studio 5000 Logix Designer V33.00.02版本（图1）；网络规划软件使用的是RSNetWork V28.01.00版本（图2）；此系统设备只涉及C网网络，采用ControlNet进行网络规划。
在大模型时代，图机器学习面临什么样的机遇和挑战？是否存在，并该如何发展图的大模型？针对这一问题，清华大学朱文武教授团队首次提出图大模型（Large Graph Model）概念，系统总结并梳理了图大模型相关的概念、挑战和应用；进一步围绕动态性和可解释性，在动态图大模型和解耦图大模型方面取得了研究进展。
UML（统一建模语言）是一种标准的建模语言，用于软件系统的规划、设计与文档化。UML中的图分为两大类：静态图和动态图。静态图表示系统的静态结构，动态图表示系统的行为和交互。以下是静态图和动态图的基本概念和类型。
图里最基本的单元是顶点（vertex），相当于树中的节点。顶点之间的关联关系，被称为边（edge）。而边可以分配一个数值（正负都ok），这个数值就叫做权重。
数据分析是通过对数据的收集、清洗、处理和分析，从中提取有用信息和洞察，为决策和问题解决提供支持的过程。下面是几种常见的数据分析方法及其表现形式：
在互联网时代，图数据越来越多地呈现出海量和动态等特性，静态图计算的模型和方法难以应对数据处理的需求。而流式图计算能基于实时变化的数据，流式地构建动态图数据关系，并基于动态变化的图数据之上实时地进行分析、计算和挖掘，是图计算主流技术分支。 InfoQ 作为技术媒体对技术趋势保持着格外的关注，本次我们采访了蚂蚁流式图计算团队负责人潘臻轩。流式图计算是蚂蚁大规模图计算系统 TuGraph 的重要组成部分，可以有效地挖掘数据关系变化的趋势和异动，承担着重要的近线异步图计算等功能。潘臻轩为我们分享了蚂蚁流式图计算的应用经验，以及图计算在未来的发展趋势。
这篇博客将介绍python中可视化比较棒的3D绘图包，pyecharts、matplotlib、openpyxl。基本的条形图、散点图、饼图、地图都有比较成熟的支持。
数据可视化，即通过图表形式展现数据，帮助我们快速、准确理解信息。好的可视化会“讲故事”，能向我们揭示数据背后的规律。
“大面积、炫酷动效、丰富色彩”，大屏易在观感上给人留下震撼印象，便于营造某些独特氛围、打造仪式感。
而自己在新年的头一周，一方面忙于工作，试着挑战一些更高难度的工作；另一方面在积极“充电”。自然而然公众号就拖更了。不过值得庆幸的是，今天更新了。今天给大家分享的内容是如何准确选择图表类型。
---- 新智元报道 来源：专知 【新智元导读】本文对用于图生成的深度生成模型领域的文献进行了广泛的概述。 https://www.zhuanzhi.ai/paper/a904f0aa0762e65e1dd0b8b464df7168 图是描述对象及其关系的重要数据表示形式，它们出现在各种各样的现实场景中。图生成是该领域的关键问题之一，它考虑的是学习给定图的分布，生成更多新的图。然而，由于其广泛的应用，具有丰富历史的图的生成模型传统上是手工制作的，并且只能对图的一些统计属性建模。 最近在用于图生成
Excel 基本可以实现一维和二维图表的绘制，今天先总体介绍Excel的基本图表类型和图表选择的基本原则。
\quad 如果能把图G画在平面上，使得除顶点外，边与边之间没有交叉，称G可以嵌入平面，或称G是可平面图。可平面图G的边不交叉的一种画法，称为G的一种平面嵌入，G的平面嵌入表示的图称为平面图。例如下图所示：
平面图，又称图则，是建筑物工程图的组成部分。当测区面积不大，半径小于10公里（甚至25公里）时，可以用水平面代替水准面。在这个前提下，可以把测区内的地面景物沿铅垂线方向投影到平面上，按规定的符号和比例缩小而构成相似图形，即为平面图。平面图以比例图绘制，表现该建筑物内的客厅、房间、空间及其它硬件的分布，其中包括主力墙、出入口、窗的位置图。
在维护维修过程中，考虑到PLC主控制系统稳定性、系统弊端等因素，于是对PLC主系统升级改造。
UML：统一建模语言(Unified Modeling Language，UML)是一种为面向对象系统的产品进行说明、可视化和编制文档的一种标准语言，是非专利的第三代建模和规约语言。UML是面向对象设计的建模工具，独立于任何具体程序设计语言。
“本来打算介绍ERS&FDS 在频域上的计算，因为一个算法始终和参考文献对不拢，所以拖了很久很久，最近疫情在家，电脑游戏也玩腻了，就找个新的主题梳理总结一下。本文主要介绍Butterworth滤波器的s函数及z变换，以期对Matlab，Python等软件自带程序有更深入的理解，从而实现自行编程进行滤波计算。本文有很多数学公式推导，希望可以把该滤波器讲清楚。”
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