抗性基因也有这样一个数据库！

抗生素，是我们生活中很常听见的一个药物，很多人会用过注射相关药物来达到治疗的效果。但是，随之而发生的是，越来越多耐药菌株的出现。而耐药菌株的发展则会增加疾病治疗的难度和成本，因此耐药微生物的研究则显得尤为重要。

那对于如何知道我们所研究的基因是否是抗生素的抗药基因呢？其实一个数据库能帮到你！

CARD数据库（the Comprehensive Antibiotic Research Database），其包含了各种微生物中抗药基因的相关信息，并搭建了一个基于志愿者贡献的数据共享平台，做到了实时更新保证了数据的有效性。目前，CARD数据库收集了超过1600个已知的抗生素抗性基因。CARD数据库的核心是ARO，ARO包含了与抗生素抗性基因，抗性机制，抗生素和靶相关的term。

那今天，我们就到大家来看看这个数据库吧~

首先，打开首页

我们可以直接点击Analyze，进入耐药基因预测界面

耐药基因预测，是通过BLAST和RGI(Resistance Gene Identifier)两种模式来实现。BLAST是依赖NCBI中BLAST软件，将序列与CARD参考序列进行比对，获得相关的注释信息。

RGI是CARD数据库团队开发的基于蛋白预测抗性基因序列的软件，即通过蛋白同源和蛋白变异来预测抗性基因序列。但是目前，RGI仅能够分析蛋白序列，如果有基因组序列或组装后的contigs提交上来，那么首先需要使用软件Prodigal来预测开放阅读框，然后才能利用RGI进行分析预测得到的蛋白序列。

RGI接受多种格式的数据信息，包括：GenBank accession，GI号，fasta格式的序列信息等。在进行耐药基因预测时，提供了三种算法，即Perfect，Strict，and Loose。RGI一般默认Perfect，Strict。RGI结果可通过Resistance wheel可视化。图中内环表示抗性分类，外环代表抗生素抗性基因，例如抗性基因orf0_267表现氨基糖苷类（aminoglycoside）抗生素抗性。

当然，所有的ARO，靶，序列等都是能够被下载的。我们点击Downlaod，进入下载页面。

ARO以OBO格式存在，每个term都包含term id号，抗生素分类信息，抗生素描述信息等；序列数据以fasta格式存在。

CARD数据库下载之后，可以通过blastp将基因序列比对到CARD数据库，从而进行抗性基因的注释。如果给出的是组装后的scaffold序列，则需要先进行基因预测，然后将预测得到的蛋白序列比对到CARD数据库，从而获得抗性基因。

编辑：咸鱼君

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