画完gene map就过年啦！

祝大家新春快乐，大吉大利！

新闻越短事越大，推文越简情越真。要过年了，赶紧收藏年前最后一篇干货欢欢喜喜过大年啊~

直奔主题，在分析（宏）基因组/转录组等数据时，往往需要绘制如下图所示的gene map，以形象展示基因簇、操纵子以及基因之间的相互关系等信息。本文将推送一个python脚本和一个svg编辑工具，用于绘制矢量gene map（效果图见下方）。

当然，该方法属于“曲线救国”。可是，绘图工具千千万，为何非要如此“曲线救国”呢？原因很简单，重复性的工作交给软件，个性化的工作交给我们自己的脑袋。那么，接下来介绍的python脚本便可以完成重复性绘图工作，svg编辑工具则可以帮助我们完成gene map的个性化修改。

首先介绍一下第一个工具，get_SVG_code_for_gene_map.py。这是一个python脚本，用于获得svg代码。那么可能会有读者问“python脚本是啥？” “什么又是svg代码？” 所以为了帮助无生信基础的读者绘制自己的gene map（似乎有生信基础的朋友都可以自己码代码绘图，无所谓本文的工具了），先容我三言两语介绍一下：

python是一种非常受欢迎的编程语言，用python写作的可以实现特定功能的一段代码，即python脚本，也可以理解为一个小程序。svg即Scalable Vector Graphics (可缩放的矢量图)，是一种XML文件，可以由任何的文本编辑器创建，但需要严格遵循XML语法，因此，svg图可以笼统的理解为一串代码（关于svg的具体介绍大家可以自行检索）。获得这串代码是一个重复性的工作，我们交给python脚本来完成。

python脚本自然需要python解释器来运行，因此首先需要安装python3（python2和python3在语法方面有比较大的变化，本文脚本用python3写作，因此需要安装python3）。那么在windows系统下安装完python3，又如何使用python脚本呢？

1）运行（快捷键 win+ R），输入cmd，打开命令行，如下图

2）输入pythonget_SVG_code_for_gene_map.py [options]（脚本需要输入全路径，然后输入参数，例如查看帮助使用-h，如图所示）

一共有6个参数：

-h显示脚本说明及帮助文档；

-i输入文件，即基因列表，给定全路径，列表需要包含四列：第一列是基因ID，第二列是基因方向（+和-表示），第三列是基因起始位置，第四列是基因终止位置（列间要用“tab”键分隔，而不是空格键）;

-o输出文件，同-i 参数一样，需要指明全路径，文件名只要你喜欢就好；

-cgene map的配色方案，可以指定1-5中的一种，也可以缺省使用默认值；

-s基因编号的字号，给定类型为数字，也可以缺省使用默认值40；

-a不给该参数时，默认画幅为6000*500px，当给定genecluster过大或者过小使用默认画幅不合适时，可以给定该参数让程序进行自动调整。

下面是运行实例：

生成的svg_test.txt文件即svg代码，接下来我们该进行展示和个性化调整了，使用的软件是Inkscape。

Inkscape安装不再啰嗦，而对svg进行展示则更简单，直接将svg_test.txt拖到Inkscape的快捷方式即可，当然，期间会有下面的提示，甭管他，直接关闭提示就可以看到我们的gene map了。

接下来，如下图，更改关键基因的颜色，添加/删除文字描述，移动基因位置等等，只要你开心就好。

好了好了，在卢瑟菌的不停催稿不断施压下，终于码完文章，可以开开心心过年啦，哈哈哈哈哈哈哈。。。

温馨提示：

本期校稿：卢瑟菌 李小圆

本期排版：卢瑟菌