小伙伴们,MS杨站长特训营继续发车,本期主题:LAMMPS、Materials Studio、Python强强联合,buff叠满!
带你入门分子动力学模拟、建模与分析!
特训收获
本期将为大家展示聚合物建模+LAMMPS分子动力学模拟+分析方法:
1. Materials Studio建模聚合物分子链;
2. CHARMM-GUI建模聚合物分子链;
3. Python生成随机分布的amorphous聚合物初始结构;
4. 聚合物的分子动力学模拟:包括软势,退火,动力学;
5. 采用Python和MDAnalysis对轨迹进行性能分析:包括MSD(和扩散系数有关),拉伸力学性能,和拉伸过程中链取向。
分子动力学软件中,LAMMPS大尺度原子/分子并行模拟工具,是名副其实的全能巨无霸,能够实现对百万级原子分子体系的计算。
LAMMPS应用范围极广,可以对气态、固态、液态进行分子动力学模拟,可调用多种势函数/力场,支持各种系综、粗粒化,能够实现对百万级原子分子体系的计算。
LAMMPS退火与动力学
本次特训营中,将包含Python建模和数据分析干货!LAMMPS与Python结合后,应用更加灵活。
Python+MDAnalysis随机填充构建聚合物薄膜
特训营另一个重点内容就是建模:可以通过Materials Studio、CHARMM-GUI构建聚合物模型,通过Python工具简单实现构建指定数量和密度的聚合物随机分布初始模型。
CHARMM-GUI建模聚合物
Materials Studio建模尼龙-66
本期课程将更加关注聚合物的模拟和分析,利用LAMMPS模拟可以从微观分子尺度上探究聚合物力学和动力学性能的变化,同时可以观察应变诱导聚合物链发生取向。
LAMMPS应力应变曲线
LAMMPS链取向分析
讲师介绍
王老师:华算科技LAMMPS授课老师,拥有六年以上LAMMPS软件使用经验。目前于荷兰格罗宁根大学进行交流访问学习。发表SCI共9篇,并参与编著英文书籍《Fundamentals of Multiscale Modeling of Structural Materials》。
主要研究领域为:利用分子动力学模拟方法, 研究金属(梯度和中、高熵合金)及其纳米复合材料的力学性能; 开发高分子和石墨烯的粗粒化模型,并研究高分子及其纳米复合材料的结构、力学性能。
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