R画月亮阴晴圆缺：corrplot绘图相关系数矩阵

今天是十五元宵节，即是和家人团聚的机会，也是赏月的好日子。

但作为科研汪的我，在狗年应更加努力，争取在狗年旺旺，从加班狗中脱颖而出。

分享一个相关分析可视化实战，祝大家元宵节快乐！

先给大家送一个我画的假蓝月亮，不管你看着像不像，反正我觉得像。

之前我们分享了关于相关分析的原理，还有ggcorrplot包的使用。

今天推出相关分析的第三讲，corrplot实战与绘图。

corrplot简介与安装

corrplot是一个绘制相关矩阵和置信区间的包，它也包含了一些矩阵排序的算法。

安装也非常简单，如果在Rstudio中，直接安装：

本节选学内容，让工作体验更美好！

如果使用rstudio的数据源下载太慢，可以使用国内清华镜像安装，反正我在科技网，或方正宽带下载都会快10倍以上。

此外还可以devtools工具从作者的github源安装，名称为，追求最新版本的朋友自行尝试，这里不再赘述。

简单的相关分析及绘图实例

我们加载包，使用计算内部数据汽车数据列间相关系数矩阵，再绘图。

简单三句话，美美哒相关分析结果是出来了。

实例精华讲解

我们现在对原始数据、分析结果和可视化参数进行解释。

我们看一下输入数据格式：使用head查看数据前6行预览：

本质上是一个行为样本名，列为属性的数值表格。其实我们大部分的数据都是这种格式的文件，只需要使用读入。

函数对数据按列进行两两相关性计算，默认使用方法，当然理论解读中提前的和方法也都支持。

比如我们选方法计算相关系数矩阵：

相关系数矩阵的特点：

相关系数矩阵数值范围是-1到1，分别 代表完全负相关或正相关；

对角线全为1，因为自身完全相同即100%s相关；

矩阵中上、下三角阵中数值沿对角线是对称。

corrplot命令解释

可视化时，默认的方法为直接可视化矩阵即可，如下：

默认：圆形颜色渐变效果展示相关系数

示例中order按hclust聚类方式排序，addrect是添加分组矩形，可自定义分组类，类似于平时热图的kmean分组方式。用于表现研究对象可分类的特点，方便继续分类讨论或研究

corrplot中参数详解

是不是有点多，功能实在太强大了，我们挑几个常用的说明。

corr: 用于绘图的矩阵，必须是正方形矩阵，如果是普通的矩阵，需要设置is.corr=FALSE

method: 可视化的方法，默认是圆circle，还有正方形square、椭圆ellipse、数字number、阴影shade、颜色color和饼pie可选。文章开篇处的示例即为饼形，类似月亮周期的大小变化。

type：展示类型，默认全显full，还有下三角lower，或上三角upper可选。

col：颜色设置，可设置颜色起、中、终点颜色。

is.corr：逻辑值，若为TRUE，不强制要求矩阵是正方形的相关系数矩阵，图例范围也会随数据变化

diag：是否显示对角线值。因为对角线全为1，显示只是美观，实际意义不大

tl.cex：名称标签字体大小

tl.col：名称标签字体颜色

cl.lim：值域范围

addrect：设置分组数量，添加矩形

官方教程

公众号只是信息传播和推荐的作用，让你知道什么东西可以干什么事。具体更深入的学习，作者的官方教程一般都是比较不错的教材，很少有人比作者更了解它的软件使用。

作者在CRAN上包主页的vignettes中提供了非常详细的图片教程，有几十种画法展示，简直像自选超市，大家需要哪种选哪种。

下面我只举几个粟子：

1. 画上三角矩阵

2. 图形和数值混合矩阵

文字看不清，可以设置文字为黑色和大小

3. 修改颜色

4. 图例标签控制

关闭图例和标签

还可以控制对角标签旋转45度

修改图例范围

5. 显著性标记

设置没通过统计的相关性结果打X

还可设置不显著的空白，或显示p值；更可以利用此方法显示所有p值，或用数量代表显示性

6. 画蓝色亮30天的变化

文章开篇的蓝月亮是如何画的呢？

原理：生成一个1-15和15-1的30个数且每行10个的矩阵，利用corrplot可视，方法为饼形，矩阵为非对称，去除标签和图例，设置图例范围

今天就到这里，更多教程，请阅读引文链接。

Reference

如何引用

Taiyun Wei and Viliam Simko (2017). R package “corrplot”:

Visualization of a Correlation Matrix (Version 0.84).

Available from https://github.com/taiyun/corrplot

官方教程 https://cran.r-project.org/web/packages/corrplot/vignettes/corrplot-intro.html

孙老师相关性矩阵可视化工具corrplot https://baijiahao.baidu.com/s?id=1576699211067823610&wfr=spider&for=pc