CRISPR文库筛选直播课精彩回顾解答实验难题,轻松掌握文库筛选技术!
4月18日16:00在露森科研直播平台,艾迪基因张旭博士围绕着CRISPR文库筛选的基本原理、实验操作步骤、常见的问题及解决办法的方面进行讲解。
在Q&A的环节中,许多科研er提出了在进行CRISPR文库筛选中遇到的问题,张旭博士针对这些疑问进行细致的解答。
精彩问答:
Q:Cas9细胞系是单克隆还是多克隆影响大吗?
A:如果把多克隆Cas活性验证的比较好的话,多克隆也可以的。如果对活性验证这一块不是很有底的话,做单克隆会比较靠谱一点。这跟所用细胞系的抑制性或别的问题也有一定的关系,具体问题要具体分析。
Q:请问一般文库质粒扩增多少量?
A:扩增多少量,取决于我们所需要的包毒量和文库的大小。文库越大,需要的质粒量越大,包毒量取决于细胞的MOI的情况。有些细胞比较好转,包毒量可能不需要特别大,有些不好转的细胞包毒量就比较大。我们正常进行一个全基因组文库的筛选的话质粒的用量要在几百微克左右。
Q:如何解决慢病毒的转染效率低?
A:转染效率低可能原因有很多,有可能是病毒不太行,还有一个就是细胞本身感染效率就比较低。像这种情况我们可能就需要做一个预实验,比如说用ST1080去做慢病毒的滴定,比如说可以用一定体积的慢病毒去进行浓缩,浓缩之后去干扰靶细胞,看有没有改善。
Q:三个重复是从感染开始就设置了吗?
A:从感染开始或感染完之后分成三组都可以,只要在药筛之前分开就OK。
Q:单细胞核测序能检测到sgRNA吗?
A:可以的。现在5’和3’测序可以sgRNA和转录组同时进行。这个完全没有任何问题的。
从理论到实验,从操作到应用,我们希望本次直播课能够让大家对CRISPR文库筛选有更加全面和深入的认识!
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