conda布置环境

下一步开始需要安装一些软件。

做质量控制的fastq

去除接头和低质量的trimmomatic

转录组组装的hisat2

转换文件的samtools

比对的stringtie

…………

总不至于一个一个安装吧，况且还有依赖软件，人生苦短，我用python（不好意思跑错频道了）。当然需要一个conda。

wget 找到它的网址，不知道？百度一下。

是.sh文件。所以直接bash。

安装成功后

conda list

是不是出现好多东西（不一定和我的一样），恭喜你装对了。

然后安装一个清华大学的镜像

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

当然你要是觉得自家网速够快，忽略这条。

然后，开始安装你喜欢的软件。

conda install 你要的名字

基本上目前这么多就够用了，再进一步的操作用得着再说。

多谢关注