项目文章 | 林麝mRNA-miRNA血液转录组整合分析肺纤维化潜在免疫应答

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- 6月19日 -

Originegene

前言

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2024年5月30日重庆三峡大学生物与食品工程学院戚文华老师为第一作者，在医学2区期刊Frontiers in Immunology (IF=7.3)上发表了题为“Integrated mRNA–miRNA transcriptome profiling of blood immune responses potentially related to pulmonary fibrosis in forest musk deer”的文章，探讨了参与林麝免疫调控的mRNA和miRNA的分子机制，该研究中转录组测序和数据分析服务由元莘生物提供。

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文章内容

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林麝( FMD,Moschus Berezovskii)是世界范围内的极度濒危物种，在养殖场中可因肺部疾病导致死亡。肺纤维化(pulmonary fibrosis，PF)是对圈养FMD健康和生存的巨大威胁。MicroRNA ( miRNA )和信使RNA ( mRNA )参与免疫基因的调控和疾病的发生。

本研究通过转录组测序分析了健康和PF林麝血液的基因表达差异，鉴定出2744个DEGs，其中1657个上调，1087个下调，与免疫和凋亡相关。在功能富集分析中，这些DEGs主要富集在与免疫相关的通路，如CD分子、免疫疾病、免疫系统、细胞因子受体、T细胞受体信号通路、Th1和Th2细胞分化、细胞因子-细胞因子受体相互作用、NOD样受体信号通路。

本研究也发现356个差异表达的miRNA（DEmiRNAs），其中332个上调，24个下调。这些DEmiRNAs与免疫和凋亡相关基因的相互作用网络揭示了它们在调节免疫和凋亡过程中的潜在作用。let-7d、miR-324-3p、miR-760、miR-185、miR-149、miR-149-5p和miR-1842-5p等关键miRNA可能通过靶向DEGs参与免疫和凋亡的调控。这些DEmiRNAs与免疫相关DEGs的相互作用网络中，包括了如TYK2、TLR2、TLR4、IL18、CSF1、CXCL13、LCK、ITGB2、PIK3CB、HCK、CD40、CD86、CCL3、CCR7、IL2RA、TLR3和IL4R等基因，它们在免疫和凋亡通路中起着核心作用。

最后，通过实时荧光定量PCR（qRT-PCR）验证了部分DEGs和DEmiRNAs的表达变化，结果与RNA测序数据一致，进一步证实了研究的可靠性。

本研究通过RNA-seq分析了林麝肺纤维化中免疫和凋亡相关基因及miRNA的作用，发现这些基因和miRNA参与调控免疫反应、凋亡和疾病进程。let-7f-5p被识别为可能的生物标志物，其失调可能影响PF的发展。本研究也构建了DEmiRNA-DEG交互网络，揭示了涉及PF的信号通路和潜在治疗靶点，为林麝PF的分子机制提供了新视角。

参考文献

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Qi W-H, Hu L-F, Gu Y-J, Zhang X-Y, Jiang X-M, Li W-J, Qi J-S, Xiao G-S and Jie H (2024) Integrated mRNA–miRNA transcriptome profiling of blood immune responses potentially related to pulmonary fibrosis in forest musk deer. Front. Immunol. 15:1404108. doi: 10.3389/fimmu.2024.1404108