云平台 | 云工具之富集差异气泡图分析操作指南（16）

云工具之富集差异气泡图分析操作指南（16）

上一期，小编给大家分享了富集气泡图小工具的使用指南，本期，我们将给大家继续分享另一款小工具——富集差异气泡图。

富集差异气泡图通常伴随着统计分析，用于展示GO或者KEGG的富集情况。将富集结果中的富集通路、富集通路的分类、所要展现的数值以及上下调偏向，完美结合在一起。图形具有直观性和易读性，能够帮助用户快速理解富集的结果。通过观察气泡图中的气泡分布和特征，用户可以快速发现通路富集或者功能富集的模式和趋势，为进一步的生物学解释提供重要线索。综合气泡图的信息和布局，用户可以全面地了解此次分析中功能条目或者通路的显著性以及上下调偏向，从而深入挖掘数据中隐藏的生物学意义。

工具使用简介

步骤一

检索小工具

1、登录元莘生物云平台官网：http://cloud.origin-gene.com/（推荐谷歌浏览器打开链接），检索富集差异气泡图分析小工具。

（云工具界面）

2、点击对应小工具进入工具分析界面。分析界面内容如下图所示，左边是参数设置，可以上传文件，设置参数基础参数和高级参数；右边是任务结果和查看帮助界面，任务结果区域用于展示生成的结果图，点击查看帮助，弹出帮助说明界面，初次使用建议先仔细阅读帮助文档。

（富集差异气泡图分析界面）

（富集差异气泡图查看帮助界面）

步骤二

输入文件准备

根据设置的参数，准备对应的输入文件。可根据帮助文档中的输入文件说明或示例文件格式进行准备。文件要求如下图所示。

富集结果文件：第一列是TermID富集通路ID；第二列是Description此通路的描述；第三列是Category富集结果所属分类；第四列是P_value,；第五列是P_adjust；第六列富集到此通路的基因数目；第七列是富集到此通路的GeneIDs。这里的GeneIDs需要和上下调文件中的一致。此文件需要行头名称与示例文件一致即可。

富集结果文件

基因上下调文件：文件必须为txt格式。可以选择在excel中将数据打开，然后另存为"文本文件(制表符分隔)(*.txt)"。此表格没有行头，第一列为GeneID,第二列为log2FC，log2FC>0为上调，log2FC<0为下调。

（基因上下调文件）

或者第一列为上调GeneIDs，第二列为下调GeneIDs。

（基因上下调文件）

2.文件准备好之后，接下来是上传文件。云平台提供两种上传文件方式，一种是从“文件中心”上传，另一种是通过“云工具参数-选择文件”上传。在这里，我们选择通过“云工具参数-选择文件”界面上传文件进行演示。具体操作步骤如下：点击小工具参数的选择文件然后点击上传文件接着点击选择文件，上传需要的文件即可。这里需要注意的是，文件名只包含数字、字母、下划线，不能含有特殊字符，且不能是中文。

步骤三

使用小工具

1、首先输入任务名（编辑便于自己查找的任务名），然后上传数据文件。具体操作如下：点击“选择文件”，再选择上传好的输入文件，点击“选择”即上传成功。

（富集差异气泡图分析界面）

2、数据文件上传完成之后，接下来是设置小工具的参数，包括基本参数和高级参数，可调整气泡图的配色、显示的top个数、气泡标签个数等参数。若不修改参数，使用系统默认参数即可。参数设置完成后，点击提交，界面跳转至“分析中心”，等待运行即可。

到这里，我们的小工具运行操作就结束啦，接下来就是等待任务分析结果生成。

那如何查看分析结果？请接着往下看哦~

结果查看

继上一步说到提交后的界面会跳转到“分析中心”。分析中心是任务进度的体现，主要展示了任务名称、工具名称、任务时间、任务状态等信息。其中，点击查看，界面跳转文件中心，小工具分析所产生的所有文件都储存在对应的文件夹中，同时还提供结果下载；状态栏，显示任务完成与否；“眼睛”按钮，点击之后界面跳转到任务结果展示界面，可实时查看任务结果图（这里主要指的是该小工具会产生结果图），并提供两种结果图的下载方式；“删除”按钮，选择是否删除该任务。若您当前参数生成的结果图不满意，还可以在工具名称栏，点击小工具名称，即可重新输入文件、调整参数运行小工具。

结果说明

enrich_dotplot.pdf和enrich_ dotplot.png分别为富集气泡图小工具运行得到的不同的图片格式

注：横坐标为Z-score。其算法为,可以直观看出富集结果中通路的Gene上下调的占比。气泡大小为GeneCount，气泡高度为-log10(P_value)或者-log10(P_adjust),其中如果P_value或者P_adjust为0，将0值替换为除0值外，最小值*0.1.中间橙色线为-log10(0.05)可以看出有多少term是显著的。颜色表示Category的分类,右边是表格，第一列是TermID，第二列是TermID的描述，颜色表示Category分类颜色。其中TermID是先按照表格排序方式结合表格选择个数筛选出感兴趣的term。为了美观，最后再按照Category排序。

本期关于富集差异气泡图的使用指南到这里就结束了，下期再会~

下期精彩继续

上海市闵行区元江路3699号1号楼3楼

Origingene Bio-pharm Technology Co.Ltd.