MethSMRT：整合了三代测序中DNA 6mA和4mC的综合性数据库

1数据集和可实现功能

SMRT测序数据从GEO和SRA中下载得到，目前的版本囊括了156种物种，包括7种真核生物（没有人类）和149种原核生物。所有的数据统一使用PacBio SMRT数据分析平台处理。

数据库实现的功能如下：

点击search可以搜索感兴趣的基因和区域在浏览器中可视化。

点击”VIEW”可以在基因组浏览器中访问，主要包括6个方面的信息：

(1)6mA/4mC

(2)参考基因组

(3)IPD

(4)基因注释信息

(5)5mC

(6)SNP

1数据的下载

点击Browse可以浏览数据库中可提供的数据信息并提供SRA或GEO的链接。每一个物种都会显示出以下四种信息：

1、SMRT数据的元信息和基因组的位置

2、覆盖度的直方图

3、修饰得分的直方图

4、甲基化motif

当然也可以在Download界面下载GFF格式的结果文件。

参考文献：

Ye,P., et al.,MethSMRT: an integrativedatabase for DNA N6-methyladenine and N4-methylcytosine generated bysingle-molecular real-time sequencing.Nucleic Acids Res, 2017.45(D1): p. D85-D89.