平台教程丨含共晶配体蛋白的小分子虚拟筛选（DOCK 6.9）

前言

Introduction_

通过本教程，你将学会如何使用这些强大的在线工具，对你自备的化合物库进行筛选，以发现潜在的药物候选分子。

01结构信息

受体蛋白：人Serine/threonine-protein kinase B-raf蛋白；uniprot AC号：P15056；PDB编号：5ITA

化合物库：1000个有机小分子（从ZINC库随机抽取）

02准备受体结构

用途：处理受体蛋白PDB结构：修复残基、添加氢原子、分离受体和配体（若有）、剔除多余结构（如：水分子、助溶剂）。

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输入PDB编号5ITA，或上传PDB文件后，点击【确定】

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勾选B链结构和所有水分子，保留需要的蛋白和共晶配体，点击【删除】

当晶体结构为同源二聚体，含有A、B两条链，且各包含一个共晶配体时，研究需求明确时，删除不需要的一条链，研究需求不明确时，优先选择序列完整性更高的链；

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点击【准备】，下载受体和共晶配体文件

03虚拟筛选

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上传受体文件，上传配体文件或选择化合物库

上传的配体文件须为处理好的三维结构，化合物数量须介于100-10000（含）。点击这里查看配体文件处理教程，点击这里查看如何选择化合物库

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上传共晶配体或位点文件，也可以根据需要选择特定的残基或设定筛选参数，接着点击【显示盒子】

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若盒子过小，可增大盒子边缘，再次点击【显示盒子】。

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点击【提交】任务

04结果分析

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待任务完成，点击【查看】，进入分析页面。

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查看苗头化合物的打分数据表和分布直方图，下载文件

Grid Score：对接打分，Grid Score = Grid_vdw + Grid_es，数值越小，结合力越强

Grid_vdw：范德华力贡献，一般表现为疏水作用、π-π堆积等非极性作用

Grid_es：静电力贡献，一般表现为氢键、盐桥（离子键）、π-阳离子相互作用等极性作用

Int_energy，即内部排斥能，是衡量分子内原子间排斥程度的指标。其值越大，意味着原子间的排斥作用越强，相应地，分子的构象就越不稳定。

尽管如此，如果Int_energy的值远低于Grid Score，那么它对整体评估的影响可以忽略不计。Int_energy的主要作用是提醒我们注意那些可能表明分子构象存在异常的高值情况

平台还给出全部结果的打分分布频率直方图，可直观了解整体打分的分布情况

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查看相互作用，分析结合模式或挑选苗头化合物

该页面给出前1000个结果的结合模式；

右侧可调整视图样式，右下角可切换化合物和构象。

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挑选结果。设置过滤条件，点击【确定】

最终结果为各条件的交集，即条件越多，符合的越少；

selected-28.sdf中的28表示该文件包含28个化合物。

小

殷

有

话

说

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