Blast2go安装之中间站：MySQL安装及修改数据保存路径

审校：大俞先生

书接上一回，本篇是 #在Linux系统上安装配置生物序列分析软件Blast2go系列# 的第二部分。MySQL是Blast2go本地化所依赖的数据库。本篇主要介绍它的安装配置、存储位置修改及新版中低级密码设置不允许的解决方法。

Blast2go的安装配置、导入配套数据到MySQL以及版本不兼容的解决方法请见下回分解。

车友请跳到需要部分阅读，老司机请跳车。

我的系统：Ubuntu17.10.1 （64 bit）（kernel 4.13）

MySQL 安装配置

以下操作步骤基于v.5.7，与较旧版本配置文件及部分命令差异较大。另基于用户有root权限，没有的话请直接跳到第二部分路径修改中、配置文件修改的那段黑体字，然后上网找篇没有root权限的安装MySQL方法配合服用。这里推荐Wei Shen的笔记（无root权限的安装MySQL）：

1. 安装MySQL

安装非常简单，两行命令就可以解决。命令行输入:

安装的版本是v.5.7。安装完成后按提示设置密码：

命令行输入：

如果希望使用MySQL图形界面，再安装mysql-workbench：

然后win键打开搜索，搜“mysql”就可以打开图形界面了。

界面很友好，可用图形化操作也可以写代码。画风是这样的：

2. 修改MySQL数据保存路径（需要root权限）

存储的MySQL数据非常大，我系统所在的固态硬盘只有240G，这就需要将数据储存在外加的机械硬盘中。由于MySQL版本更新，配置的文件也有变化，以前很多教程不适用于现在的版本。在v.5.7中设置数据保存路径操作如下。

先停止MySQL，命令行输入：

在想要存放MySQL数据的位置新建一个文件夹mysqldata（名字随意）。

以下命令需要root权限，进入root用户更方便。

输入:

输入密码后进入root模式。

打开目录后输入:

查看权限。

可以看到文件权限属于mysql用户和mysql组，所以迁移数据的目的文件也需要被赋予相同权限。命令行输入：

此处

为刚刚新建的mysqldata文件夹的位置。

上面mysql文件的权限为700（只有所有者有读写和执行的权限），所以将迁移目标文件（新建的mysqldata）也赋予相同或更高的权限（比如777，即每人都有读写和执行的权限），命令行输入：

然后用cp命令将/var/lib/mysql下的所有内容复制到mysqldata目录。-a参数用于保留文件属性、链接。这一步建议使用cp而不是mv（移动）命令，等确定能运行后再删除，因为这个文件如果出问题可能导致需要MySQL重装（如需要重装方法见此段第三部分）。

复制和改权限这两部分顺序可换。如果更新数据库内容或移动位置后不能启动MySQL，出现“can't connect to mysql server through socket…”报错也可尝试重新执行赋权那2步操作解决。

接下来还需要修改MySQL的配置文件，为了避免中文路径的影响，新建/media/hd1文件夹用于挂载机械硬盘。路径不存在此问题可忽略下面3张截图了。

接下来这一步是与其它版本修改差别最大的地方，新版的MySQL配置的文件变化了。网上很多说在/etc/mysql/my.cnf中修改，但进去后并没有匹配的字段。v.5.7要修改的第一处配在/etc/mysql/mysql.cnf.d/mysql.cnf中。到后面很多功能的配置都会用到这个文件，按网上攻略找不到时不妨试试从这里面找。

命令行输入：

打开后搜索字段“datadir”，加#注释掉原来的路径，补mysqldata所在路径。

还有一处需要修改的配置在/etc/apparmor.d/usr.sbin.mysqld（使用gedit命令，方法同上）中，搜索字段“datadir”，注释掉如图两行，补上:

至此，所有需要修改的部分都完成了。

Apparmor是Ubuntu中的安全控件。我们重启MySQL前需要先将它重启：

重启MySQL：

所有步骤完成了。试试登录吧：

后输入密码。

现在可以放心删掉原来/var/lib/mysql/里的文件了。

3. 卸载MySQL

如果需要重装MySQL需要先把原来的删除干净（'version'里填对应的版本）：

可能有多余的命令，只是为了删的彻底些。

网上还有说法包含命令“sudo apt-get remove apparmor”，别听他的，这条命令可能导致重装系统才能解决的问题。也别问我怎么知道的。

4. 密码限制参数修改

较新版本的MySQL中安装了validate_password插件，如果在安装后创建其它新用户时密码太简单，会报错并不允许创建。出现这个问题时可以修改以下参数。进入MySQL，输入：

完成。修改会在重新登入MySQL后更新。

"quit"退出后重新进入MySQL。输入：

匹配查找相关参数发现已经全被改过来了。

Blast2go的安装配置与配套数据导入MySQL配置欢迎关注后续文章。其它有关MySQL内容以后可能放在其它系列中。

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