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伯豪全外分析小工具上线啦

全外报告系统小工具首发

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告,当然包括了基本的项目流程、实验报告和分析结果。

本网页系统报告包括了基本的项目流程、实验结果及分析结果等等。

除此之外,贴心的我们连同个性化分析小工具一并奉上,助您成就科学发现!

项目流程

总体来看,整个项目流程包括了DNA抽提、文库构建及质检、捕获测序、变异检测与注释。同时我们在每一个步骤都附上了较为详细的中英文说明,以供参考。

样本DNA及数据质控

获取项目结果后,如何判断结果是否靠谱呢?就取决于实验结果和分析结果。实验方面就看DNA质检报告和文库质检报告。使用Qubit2.0对DNA进行质检,检测DNA浓度、总量、OD值等,并给出DNA质量等级。判定为A的样本可以进行后续实验。符合DNA质控要求的进行后续建库测序。构建好的文库用Qubit® 2.0 ,Agilent 2100检测文库的浓度、纯度和片段大小,质检合格的用于后续测序。分析方面,是否可靠呢,首先看测序得到的数据是否合格。评估数据的重要指标是总的数据量、Q20、 Q30,一般要求Q20大于90%。我们现在是用hiseqX或nova进行测序,目前的测序质量Q30一般也可以达到90%以上,所以测序质量是可以得到保证的。

基因组比对

数据质控合格后进行基因组比对,然后可以获得mapping率、覆盖度和测序深度等信息。

mapping率,代表了测序数据中有多少成功比对到了基因组上。如mapping率过低,则可能存在污染情况。

Unique Mapped Ratio(%)是去掉PCR重复后比对上的Reads数目的比例。因此这个值越高,代表数据利用率越高。

Ontarget衡量捕获效率,数值越高代表捕获效率越好,一般达到70%左右。

测序深度就是测序得到的碱基总量(bp)与基因组大小的比值,理论上测序深度越高,支持突变的reads数更多,检测的突变越准确。尤其是肿瘤样本,具有异质性,需要的测序深度需适当加深,例如150×以上。

覆盖度是指捕获区域中有碱基比对上的区域占总捕获区域的比例,越高越好。一般外显子组测序的覆盖度都可以达到95%以上;Coverage越高,则代表漏掉位点的假阴性可能越低。

检测结果

(一)SNV、InDel检测及注释

目前,我们的全外基础报告里提供了以下4方面内容:包括变异标准命名、人群数据库频率、疾病数据库注释和突变功能性预测。

1. 变异的检测结果和突变命名:给出每个个体的野生/杂合/纯合突变情况,给出标准突变命名;

基本突变信息如下:染色体ID,位置,参考基因组碱基,call出的突变的的碱基,每个样本中对应的突变情况,0/1 杂合突变,1/1纯合突变。Filter对突变进行打分,pass的可靠性高。

基本位置和功能注释如下:

2. 人群数据库的注释:注释1000G、 EXAC、dbSNP等数据库,观察这个突变在人群中是否罕见。通常会筛选人群频率小于1%的位点。

3. 疾病数据库的注释:观察这个突变是不是已经有人研究过,是不是与某些疾病相关,有无危害;其中,Cosmic数据库主要收录肿瘤体细胞突变;ClinVar收录遗传致病位点,是最常用、更新最快的位点数据库,也收录了部分体细胞突变的位点;OMIM数据库主要收录遗传病,特别是孟德尔遗传病;GWASCatalog数据库收录了GWAS研究得到的显著性位点。

4.变异危害度预测:通过生信软件计算,预测这个突变是否造成蛋白功能损害。常见Missense mutation评估软件:SIFT,PolyPhen-2,MutationTaster等。

(二)CNV检测及注释

得到的变异区段结果用数据库DGV注释,CNV结果表格包含了CNV的起始位置、结束位置、大小,类型,编号以及CNV区段相关的基因等信息。

个性化分析小工具

为了有助于全外数据挖掘,我们还新增了个性化分析小工具(后续会继续更新)。目前已有表型打分系统,输入表型关键词,综合多个软件评分和1000G数据库信息,即可得到评分较高的基因列表,可作为验证的参考。

举个例子,某个血液样本来源于患者,患者表现为癫痫(epilepsy)。我们选择这个样本,输入关键词epilepsy,提交,进行表型打分,按照分值由高到低展示基因列表。

欢迎点击项目流程栏目中的报告视频解读,查看报告解析。

  • 发表于:
  • 原文链接http://kuaibao.qq.com/s/20180423G0VF9500?refer=cp_1026
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