蛋白质组学纯生信 / 免疫分型纯生信 ——文章分享、复现 （一）

   这项研究基于公共数据库蛋白质组学数据，结合已发表文章中免疫特征基因集，识别了早期肝细胞癌（HCC）的三种免疫亚型（IM1-IM3），每种亚型具有独特的临床、免疫和代谢特征。研究发现，IM3亚型预后最差，具有最高的免疫浸润水平，且表现出糖酵解增加和胆汁酸代谢降低，密切相关于CD8 T细胞耗竭和调节性T细胞积累。

仅仅是纯公共数据库蛋白质组的数据即发表了7分文章，我们将在接下来的篇幅中简单介绍并基于R语言代码复现这个文章。

01 基于免疫特征基因对组学数据分型

1、 先从nature文章中下载了公共蛋白质组学的数据。下载的是maxquant的输出,使用iBAQ intensities作为定量值进行后续的分析。

2、 收集了不同文献免疫特征基因集（ signature ）

3、ssGSEA计算蛋白质组的免疫特征评分

4、WGCNA将不同的signature聚成了不同的模块、选用模块中评分最高的signature，mclust聚类为3个亚型

至此，完成了免疫分型。三种亚型具有显著生存差异：

使用相同的免疫分型策略对另外三个蛋白组和转录组数据集进行免疫分型，作为验证。均可划分为3组具有生存差异的的免疫亚型。：

02 三种免疫亚型的免疫微环境特性

03 代谢重编程对免疫微环境的影响

04 代谢重编程对免疫微环境的影响

05 初级胆汁酸生物合成及其与免疫浸润的关系

文章中最关键的部分是 第一步的免疫亚型分型。通过蛋白质组学数据，研究人员成功地将早期肝细胞癌（HCC）患者分为三个不同的免疫亚型（IM1、IM2、IM3）。每个亚型具有独特的临床表现、免疫特征和代谢特征，尤其是 IM3亚型，其预后最差，且免疫浸润水平最高，伴随有糖酵解升高和胆汁酸代谢下降。

我将在下一篇文章中分享该文章中分型的R语言代码，复现文章中最关键的第一步的免疫亚型分型！