空间转录组零代码全流程分析教程，代做各领域分析和辅导

空间转录组零代码全流程分析教程

filtered_feature_bc_matrix.h5+spatial图像文件夹的这种最优标准格式的数据读取(单个样本的情况)

10X空间转录组数据经过上游的定量分析后的输出数据最标准的格式应该每个样本都有一个目录，该样本目录内有一个filtered_feature_bc_matrix.h5+spatial图像文件夹

以GSE267029数据集的下载和里面的单个样本的分析为例

空间转录组数据的下载和解压

在该GEO数据集网页下方Download栏处我们点击http来下载GSE267029_RAW.tar这个压缩包。

该压缩包解压后的内容为：

该数据集是有两个样本，每个样本一个目录，每个样本目录里面的空转数据都是标准格式的空转数据。具体内容如下：

spatial目录里面存放了空间位置信息文件（tissue_positions_list.csv) 及 H&E 染色切片(png或jpg图片)

每个样本都有一个h5文件和spatial目录，我们一般会参考每个样本的切片在很多分析步骤里对每个样本都进行单独分析，这里以GSM8258690_ST_STD这个样本的读取和构建分析对象为例

spatial目录下面必须要有的文件包括:

scalefactor_json.json

tissue_hires_image.png

tissue_lowres_image.png

tissue_positions_list.csv

软件分析模块的位置和界面

分析模块位置

分析模块界面

执行结果

结果文件列表

分析结果中有一个空转的seurat对象的rds文件和一个meta.data文件。meta.data文件对于我们做空转的下游分析是非常重要的，我们可以看下meta.data文件中的内容。该结构的meta.data文件内容如下：

filtered_feature_bc_matrix.h5+spatial图像文件夹的这种最优标准格式的数据读取(多个样本的情况)

以GSE267029数据集的下载和里面的单个样本的分析为例

空间转录组数据的下载和解压

在该GEO数据集网页下方Download栏处我们点击http来下载GSE267029_RAW.tar这个压缩包。

该压缩包解压后的内容为：

该数据集是有两个样本，每个样本一个目录，每个样本目录里面的空转数据都是标准格式的空转数据。

spatial目录里面存放了空间位置信息文件（tissue_positions_list.csv) 及 H&E 染色切片(png或jpg图片)

软件分析模块的位置和界面

分析模块位置

执行结果结果文件列表

结果文件内容

可以看到结果生成了一个空转seurat分析对象的rds文件，还有两个meta.data文件。一个是GSM8258691.meta_data.csv,一个是GSM8258690.meta_data.csv。

对于多样本空转数据而言，sample.id即空转的样本编号就是meta.data文件的文件名中去掉.meta_data.csv前面的那一部分的名字，比如这里就是meta.data文件名前面的GSM8258691和GSM8258690就是样本编号名。

同时meta.data中的orig.ident列也能看到该样本的编号名。

h5+spatial_zip压缩包类型的空间转录组数据读取

该类型的空转数据集示例

软件分析模块位置和分析界面

运行完成的结果

h5+images类型的空间转录组数据读取

该类型的空转数据集示例

软件分析模块的位置和分析界面

运行完成的结果

10x+images类型的空间转录组数据读取

该类型的空转数据集示例

软件分析模块位置和运行界面

运行完成的结果

空间转录组的基础可视化

这一步使用的数据都是上一步读取空转数据构建的分析对象

初步使用小提琴图可视化空间转录组

软件分析界面

运行结果

初步使用FeaturePlot可视化空间转录组

分析界面

运行结果

空转数据处理和可视化

对空间转录组数据进行归一化处理

软件分析界面

运行结果

基因表达可视化

软件分析界面

运行结果

尝试不同分辨率对空转降维聚类

软件分析界面

运行结果

指定每个样本最好的聚类分辨率进行可视化

软件分析界面

运行结果

空转降维聚类结果可视化

使用UMAP或TSNE可视化空转降维聚类结果

软件分析界面

运行结果

在切片上可视化空转所有聚类结果

软件分析界面

运行结果

单独对每个cluster在切片上进行重点可视化

软件分析界面

运行结果

空间可变特征差异基因的识别和可视化

计算每个cluster的空间差异基因

软件分析界面

运行结果

可视化感兴趣的具有空间差异的基因

软件分析界面

运行结果

空转的单细胞分辨率预测和可视化

利用参考的单细胞数据来反卷积得到空间单细胞图谱

软件分析界面

运行结果

在空转切片上可视化指定的细胞类型

软件分析界面

运行结果

OmicsTools软件和分析教程介绍

前言和简介

OmicsTools全能医学生物生信分析电脑软件简介

我开发了一款全网最强大的本地电脑无限使用的零代码生信数据分析作图神器一站式全流程电脑软件OmicsTools，旨在成为可以做各种医学生物生信领域科研数据分析作图的的全能科研软件，欢迎大家使用OmicsTools进行生物医学科研数据分析和作图，该软件件能让大家在不需要任何编程和代码编写的基础上，分析次数没有限制，可以无限使用，让您在自己电脑上快速进行大量的生信分析和加速大家的科研。

OmicsTools生信分析电脑软件可以做医学生物生信各个领域的科研数据分析和作图，并致力于成为医学生物生信领域的综合全能分析软件，一个软件帮助大家做医学生物生信领域的各种研究，快速出成果。

现在1群满员，会提示加2群，2群也可以下载到软件。

持续整理的各领域生信分析文档和答疑文档

所有人可编辑提问我对各种问题跟答疑答疑的腾讯文档

所有大家遇到的各种生信分析问题都在我的这篇腾讯文档对应的答疑文档中进行，腾讯文档的答疑文档支持所有人编辑和提问。

这篇总的腾讯文档是各领域生信分析答疑指导汇总文档的入口，以后所有的生信分析教程资料都在这个在线word文档中就能检索到，答疑汇总也能在这个word文档中检索到，都在这个在线word文档对应的提问答疑文档文件中提问，提问的问题在文档中用红色字体显示，我答疑在文档中用黑色字体显示，提问答个疑的文档和教程的文档所有人都可编辑。大家在腾讯文档里提问好了之后，现在答疑文档也是比较多的，发个截图和答疑文档的链接网址给我看看，这样我能快速定位到你提问的是哪个问题。

平时有啥问题了，晚上11点-12点来我 b站”邢博士谈科教”直播间，我会进行教学和答疑，我一般晚上下班了会在11点直播答疑一会

可以提供的科研服务清单