代谢组学研究中常用的数据库（二）

METLIN

重要的是，METLIN数据库在三种不同的碰撞能量下（10、20和40V）系统地获得了超过13000种化学标准品的高分辨串联质谱信息。这些信息都是使用安捷伦公司的ESI-Q-TOF质谱仪分别在正负离子模式下进行采集，一共有超过68000张高分辨的二级质谱图，这使得METLIN成为了基于质谱的代谢组学研究中最大的质谱数据库之一。

研究者可以利用METLIN数据库进行单个质荷比搜索（Simplesearch）和批次搜索（Batch search），METLIN数据库允许最大为500个目标离子的同时检索。搜索的结果会以一个列表的形式呈现，并以质量偏差值（如ppm）的大小进行排序。在进行高级检索（Advancedsearch）时，当我们输入质荷比数据之后，还可以选择加合离子的类型、化学式、CAS号以及KEGG编号。检索结果可以下载为CSV格式的文件，其中包含了数据库匹配的信息以及相应的加合离子类型、质量偏差、代谢物名称、分子式、CAS号等信息，更重要的是还会告诉用户数据库中是否有该化合物的串联质谱信息。

METLIN数据库还提供了串联质谱信息匹配检索（MS/MS spectrum match search），在该菜单下，研究者可以上传自己实验中获得的串联质谱数据与数据库中存储的数据进行自动比对。据报道，METLIN数据库中的质谱图可以与一些不同的质谱仪产生的谱图进行很好的匹配，包括了其中包括AB公司的 Triple TOF 5600，安捷伦的 6460 Triple Quad，热电的 Q-Exactive和 LTQ Orbitrap Velos（使用任何一种CID 或HCD碰撞形式）。此外，该数据库还提供了碎片离子搜索“Fragment similarity search”和中性丢失搜索“Neutral loss search”研究者可以利用这两个功能进行碎片信息检索，即将实验中得到的碎片离子直接输入搜索框，来检索含有这些碎片或者某种特征中性丢失的代谢物。通过使用这些功能，可以根据特征的碎片离子或中性丢失对未知代谢物进行归类，例如酰基肉碱类化合物通常含有碎片离子m/z 85.0289和60.0813。

该数据库的不足在于所有的数据不支持下载，必须在线查看，这也使得研究者不能使用这些二级碎片信息来开发新的检索工具或者应用工具。虽然如果实验室拥有安捷伦公司生产的质谱仪器，用户可以向生产商购买METLIN的数据库，但是购买的数据库的并不能跟网络数据库同步更新。安捷伦的METLIN个人数据库中（personalmetabolite database，PMD）中包含有9083个化合物，其中4165个为代谢物，其他的为二肽或者三肽。而现在的METLIN数据库中含有大约13000个有串联质谱信息的化合物，以及相同比例的短肽类化合物。此外，从2011年开始，METLIN在线数据库的应用程序接口（applicationprogramming interfaces，APIs）已被禁用。

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