强大的分子结构可视化软件-PyMOL

强大的分子结构可视化软件--PyMOL

读文献是科研工作者日常生活不可分割的一部分。在一些文章中，我们可能看到类似下图这样赏心悦目的图片。比如全外显子测序捕获的突变位点展示（http://www.shbio.com/?page_id=829），全基因组测序突变位点分析（http://www.shbio.com/?page_id=831），蛋白结合位点突变分析，蛋白结构和功能预测，以及蛋白结构比较等等。

Shi Y, Liu H, Gai D, et al. A computational analysis of ATP binding of SV40 large tumor antigen helicase motor[J]. PLoS computational biology, 2009, 5(9): e1000514.

有心的小伙伴可能已经注意到了，大多数图形的编辑软件都是PyMOL，也就是我们今天要介绍的主角。

PyMOL可以拆分为py和mol，py代表python，提示他是主要由python编译的开源软件，mol代表molecule，表示这是一个分子结构可视化软件。利用PyMOL能生成高质量可发表的分子结构图，也可以制作动画，动态展示分子的结构。

由于PyMOL软件功能非常强大，本文仅对其基础功能做一些简单介绍。大家有兴趣了解更多的话，可以给小编留言，一起做更深入的探讨。

首先给大家展示一下Windows下的PyMOL。PyMOL提供命令行和鼠标两种操作方式。操作界面如下图：

因为PyMOL的功能很强大，因此操作界面展示的内容也比较多。

那么PyMOL到底有哪些具体功能，我们可以利用他来做什么呢？PyMOL最基础的操作包括如下六项：

一、提供多种分子展现形式，如线状模型，棍状模型，球棍模型，点云模型，带状模型，卡通模型等等。

The same protein structure (TEV protease - PDB: 1LVB) rendered in different modes. Standard cartoon, surface, cut-through of surface, highlighted barrels, 'QuteMol'-like, 'Goodsell'-like, glossy-surface, and b-factor putty. https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/f/f2/Pymol_8_view.png/1920px-Pymol_8_view.png

二、改变图片背景颜色，为了适应不同的杂志需求或者为了配合不同的展示方式，在PyMOL中我们可以非常方便的改变图片的背景颜色。

三、改变指定区域颜色,我们可以根据不同的二级结构，不同链甚至不同的原子对分子进行颜色设置。这样可以方便突出我们重点关注的结构域，链或者是某个原子。

6种不同颜色展示该分子的6条链

四、设置标签。我们可以给关键的氨基酸加上标签，从而起到更清晰的指示作用。PyMOL默认会给所有原子加上标签，因此需要一些加工编辑才可以得到比较清晰简洁的标记方式。

PyMOL默认的标签添加方式

加工后的电子密度图

五、PyMOL还可以对两个蛋白进行基于序列或者基于结构的比对，用于展示不同蛋白间的区别和联系。

六、当我们对图片进行编辑后，在保存之前可以对图像进行优化，PyMOL软件会自动调整图片的分辨率等，还可以使图像具有三维的反射及阴影等特效。

优化前

优化后

以上基本功能都可以使用命令行或者点击鼠标操作完成。学会这些基本操作之后，我们就可以对我们想要展示的分子进行编辑，这样的高质量图片放在文章中一定会锦上添花。

需要提醒大家的是，PyMOL没有撤回操作选项，因此在对图像进行编辑的时候需要小心谨慎，进行一些关键的操作之后及时保存中间文件，避免造成不必要的损失。

伯豪曾为客户提供全外显子组测序(

Ping N, Sun A, Song Y, et al. Exome sequencing identifies highly recurrent somatic GATA2 and CEBPA mutations in acute erythroid leukemia.[J]. Leukemia, 2017, 31(1):195.

如果大家想了解关于PyMOL的更多信息，欢迎给我们留言~或者您希望节省宝贵的时间用于研究上，那么数据分析和做图就交给我们吧~