小榴莲今天和大家分享一个circular RNA数据库,小伙伴们如果有更好的查询网站可以给我们留言奥,集思广益,方便科研。
中科院上海生科院计算生物所——德国马普计算生物学伙伴研究所杨力教授团队发布了升级版的circular RNA数据库
CIRCpediav2,
该结果发表在学术期刊《Genomics Proteomics Bioinformatics》上。该数据的登陆网址为:
http://www.picb.ac.cn/rnomics/circpedia/
在详细的为大家介绍这个数据库之前,榴莲小主先和大家聊聊最近五年circular RNA文章的发表情况。自2014年以来,影响因子在十分以上的circular RNA相关SCI发表数量还是呈现出上升的趋势,虽然2018年发表数量有所下降,但到年底为止可能年发表数也会维持在三十篇左右。作为RNA研究一个相对热门的领域,近年来高分文章不断,竞争压力不大,感兴趣的小伙伴们多多关注奥。
那么接下来小榴莲以环状RNAcir-foxo3为例简单为大家介绍一下这个数据库。
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这一步小榴莲不得不为了这个弱智网站打点文字解释下,大家点击基因组位置就可以显示接下来的页面,但是同时请记住,一定要同时将这个地址复制下来!
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六
点击进入,序列就在眼前啦!
RNA研究相关书籍资料
1,RNA Worlds
from life' origins to diversity in gene regulation
这份资料为大家提供了详细的RNA方面的知识,想了解这方面知识的同学可以留意下这份资料,小榴莲会提供下载方式。
2,RNA Methodologies
RNA研究方法
我们肯定会想到提供一些RNA的研究方法。需要注意的是我们在此提供的《RNA研究方法》是第四版高清pdf。与此同时,我们提供第三版的中文影印版本,如下:
3,RNA Methylation
-methods and protocols
RNA 甲基化研究方法
我们在本文中也谈到了m6A最近风头正盛,所以给大家找了一部关于m6A研究方法的书籍资料,希望对小伙伴们有帮助。
4,RNA and Cancer
RNA和癌症研究
《RNA and Cancer》中详细的讲述了RNA剪接与肿瘤信号通路,细胞坏死,细胞凋亡等的关系,涵盖了RNA剪接,microRNA等影响肿瘤发生发展的各种分子模式,我们lab的入门资料之一,推荐学习!
5,Non-coding RNA and Cancer
长链非编码RNA和肿瘤研究
6,circular RNA
-methods and protocols
环状RNA研究方法
谈起RNA研究,不得不谈的就是近年来的新宠circular RNA,相比起long non-coding RNA,大有长江后浪推前浪之势。那么对于刚刚接触circular RNA研究的小伙伴来说,使用什么数据库进行查询?怎样构建circular RNA表达载体?如何检测circular RNA的表达?怎样对circular RNA进行示踪?这本书里都进行了详细的描述。古语有云:临渊羡鱼,不如退而织网。还等什么?摩拳擦掌行动起来吧!
7,MicroRNA and Cancer
8,RNA-seq Data Analysis
说到关于RNA的资料,有一个内容无法绕过,那就是RNA-seq,当然关于资料,小榴莲当然也为大家准备好啦。另外,RNA-seq数据的分析对大家来说未免有点生涩难懂,小榴莲还为大家准备了一份简明扼要的中文资料,包括如何分析RNA-seq数据,如何做热图等等,三天速成!
9,RNA silencing
methods and protocols
RNA沉默实验方法
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