9 个Jalview 的作图小技巧

1

如何预测得到蛋白的二级结构？

仍以lala.aln文件为例，Web Service\Secondary Structure Prediction\JPred SecondaryStructure Prediction，如果未选择序列或者选了多条序列，会直接使用比对后的文件，默认以最上边的一条序列进行预测，速度较快。如果只选择其中的一条序列，Jalview会自动提交到 JPred 服务器进行比对和预测，花费时间较长（需要几分钟）。最终的预测结果会在新的窗口显示，如下图。

JNetPRED （prediction）即为预测结果，α螺旋（helices）用红色的条形（red tubes）表示，β折叠（sheets）用绿色箭头表示（green arrows），JNetHMM 和JNETPSSM一样，只是基于HMM 和PSSM两种方法[1]。JNetCONF (confidence)是可信度估计，值越大越可信。

2

如何设置每行显示的残基数？

通过在Format 菜单下，点击Wrap ,可使序列窗口中的序列的展示方式由“单段”显示变为“分段”显示，用鼠标拖动序列窗口边缘改变窗口宽度的同时，每行显示的残基数随之改变，如下图。

3

不想看到序列下方的“一堆”怎么做？

在Annotations菜单下，点击Show annotations，取消显示annotations即可，如下图。

4

怎么拿到对位序列的Consensus Logo图？

在Annotations/AutocalculatedAnnotation/Show Consensus Logo即可，如下图。

5

如何让Logo字母下的“黑底”变成“白底”？

在Annotations/AutocalculatedAnnotation下，点击Show Consensus Histogram，取消显示即可，如下图。

6

如何移动序列的起始位置？

有时候为了美观或者可能会遇到序列遮挡到序列标签的情况，这就需要调整序列标签与序列的空隙。调整方法是鼠标指针移到序列其实出的顶部区域，会出现移动序列的图标，鼠标左右移动即可，如下图。

7

如何排列序列的上下顺序？

可通过 sort,依照序列ID、长度、相似性、进化树等对序列进行排序，如下图。当然也可以在用ClustalX等进行多序列比对前，通过修改fasta文件对序列名称进行自定义，这样会省事不少。

8

如何“剪辑”序列？

如果在文章中只展示感兴趣的区域，可以对序列进行裁剪，主要通过鼠标选择（可框选）相应的区域或序列，进行删除，方法如下图，最终保留感兴趣的区域导出图片即可。

9

如何做出“Consensus Logo+序列”的图？

利用PPT或PS的图片裁剪功能，保留自己需要展示的部分，重新组合一下就好啦，如下图。

今天的内容就到这里啦，周末愉快~